В церковном управлении баптисты держатся, так сказать, конгрегационного принципа, то есть что всякая местная благоустроенная церковь или община имеет свое самоуправление с пресвитером во главе и не состоит в органической связи с другими общинами.
Баптисты признают только две степени церковных чинов: пресвитеров или епископов и дьяконов. Между пресвитерами и епископами они не видят разницы по учению Священного Писания. Все дела решаются простым большинством голосов. Женщины также участвуют в голосовании и во всем равноправны, они только не могут занимать должности пресвитера или учителя.
Все баптистские общины имеют братские сношения между собою, но не подчинены одна другой. Они стараются вести соединенными силами большие предприятия, как то: образование проповедников, книгоиздательства и внутреннюю и внешнюю миссии, для чего они образовывают союзы. Но союзы суть частные общества, существующие сами по себе со своими уставами и постановлениями, которые не имеют для общин обязательной силы. Баптисты не признают национальных церквей: в одной стране не может быть одной церкви, соединенной под управлением одного лица или коллегии. Так, мы видим, в Новом Завете, что есть церкви галатийские, а не церковь, церкви Македонии и прочее.