Полномочия органов военной прокуратуры осуществляются в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах, созданных в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами.
Систему органов военной прокуратуры составляют: Главная военная прокуратура; военные прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Московская городская военная прокуратура и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов РФ; военные прокуратуры объединений, соединений, гарнизонов и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам городов и районов.
Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генеральным прокурором РФ.
Органы военной прокуратуры возглавляет заместитель Генерального прокурора РФ – Главный военный прокурор, который руководит деятельностью органов военной прокуратуры, обеспечивает подбор, расстановку и воспитание кадров, проводит аттестацию военных прокуроров, издает приказы и указания, обязательные для исполнения всеми военными прокуратурами.
Главный военный прокурор назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации Федерального Собрания РФ по представлению Генерального прокурора РФ. Главная военная прокуратура. Главный военный прокурор имеет первого заместителя и заместителей, старших помощников по особым поручениям – начальников управлений, и помощников по особым поручениям – заместителей начальников управлений.
Структуру Главной военной прокуратуры составляют управления, отделы (самостоятельные и в составе управлений), канцелярия и приемная.
В управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров.
В Главной военной прокуратуре образуется коллегия в составе Главного военного прокурора (председателя), его первого заместителя и заместителей (по должности), других прокурорских работников, назначаемых Главным военным прокурором. Персональный состав коллегии утверждается Генеральным прокурором РФ по представлению Главного военного прокурора.
Полномочия военных прокуроров: 23) участвовать в заседаниях коллегий, военных советов, служебных совещаниях органов военного управления;
24) назначать вневедомственные ревизии и проверки;
25) по предъявлении служебного удостоверения беспрепятственно входить на территории и в помещения воинских частей, предприятий, учреждений,организаций и штабов независимо от установленного в них режима, иметь доступ к их документам и материалам;
26) проверять законность содержания осужденных, арестованных и задержанных военнослужащих в дисциплинарных частях и других местах их содержания, немедленно освобождать незаконно содержащихся там лиц; требовать обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц, находящихся в местах содержания задержанных и заключенных под стражу, соответственно воинскими частями, военными комендантами, караулами по конвоированию внутренних войск МВД РФ, органами и учреждениями внутренних дел РФ.