Система прокуратуры РФ – возглавляемая Генеральным прокурором РФ единая централизованная совокупность федеральных органов и учреждений, выполняющих взаимосвязанные задачи и функции, направленные на обеспечение единой законности, правопорядка, федеральной государственности России, построенная на единых принципах, с учетом федеративного устройства и административно-территориального деления государства.
Система прокуратуры закреплена в Законе о прокуратуре и делится на территориальные и специализированные прокуратуры.
Возглавляет систему прокуратуры Генеральная прокуратура РФ, в состав которой входит Главная военная прокуратура, возглавляющая систему органов военной прокуратуры.
К территориальным прокуратурам относятся: прокуратуры субъектов РФ (республик в составе РФ, краев, областей, городов Москвы и Санкт-Петербурга, автономной области, автономных округов); прокуратуры городов и районов, иные территориальные прокуратуры (межрайонные).
Специализированные прокуратуры действуют на правах областных и районных прокуратур и подразделяются на военные и иные специализированные прокуратуры.
Военные прокуратуры: Главная военная прокуратура; прокуратуры военных округов, флотов, групп войск, армий, флотилий; прокуратуры соединений, гарнизонов.
Иные специализированные прокуратуры: природоохранные; по надзору за исполнением законов на особорежимных объектах и в закрытых административно-территориальных образованиях (ЗАТО); по надзору за исполнением законов в исправительных учреждениях; иные специализированные прокуратуры.
Приказом Генерального прокурора РФ от 12 апреля 2001 г. № 23 «Об организации надзора за исполнением законов на транспорте и в таможенных органах» транспортные прокуратуры, действовавшие на правах прокуратур субъектов РФ, были ликвидированы, а их полномочия переданы территориальным прокуратурам.
Транспортные прокуратуры (на правах районных и городских) подчинены территориальным прокуратурам субъектов РФ и осуществляют надзор за исполнением законов на транспорте и в таможенных органах в соответствии с ранее установленной компетенцией.
В систему прокуратуры также входят Следственный комитет при прокуратуре РФ, научные и образовательные учреждения (НИИ проблем укрепления законности и правопорядка при Генеральной прокуратуре РФ, Академия Генеральной прокуратуры РФ и др.) и редакции печатных изданий прокуратуры (журнал «Законность»).
Создание и деятельность на территории РФ органов и учреждений прокуратуры, не входящих в единую систему прокуратуры, не допускается (п. 3 ст. 11 Закона о прокуратуре).