У 1925 році батьки Анни, Отто Франк і Едіт Холландер одружилися і оселилися у Франкфурті, Німеччина. Анна народилася в 1929 році. Батько Анни був успішним бізнесменом, а мати Анни була дочкою промисловця.
У 1934 році Отто із сім'єю перебралася в Амстердам, де він купив фірму Opekta, основною продукцією котрої був гелеутворюючий агент пектин, що є рослинним замінником желатину і використовується в домашньому господарстві при виготовленні желе та джемів, а також з метою дотримання кашруту.
У травні 1940 року, після того як німці окупували Амстердам, Отто залишився в цьому місті, в той час як його мати і брат переїхали до Швейцарії. Отто залишився в Амстердамі через те що його фірма робила вдалий бізнес з німецьким Вермахтом — з 1939 по 1944 рік Opekta продавала пектин для німецької армії. Пектин використовувався як харчовий консервант, протиінфекційний бальзам для ран, колоїдний кровозамінник та загусник, що значно збільшує строк зберігання донорської крові. Пектин також застосовувався як емульгатор для нафти та згущеного бензину для запалюючих бомб. Забезпечуючи Вермахт, Отто Франк перетворився в очах голландців на нацистського посіпаку.
Вид на сховище з боку 50-и квартирного будинку
6 липня 1942 Отто Франк перевіз свою сім'ю до «таємного сховища» (так називала його Анна Франк: «het achterhuis» — буквально: «задній дім», часто перекладається як «секретна прибудова», «сховище»). Це був триповерховий флігель із великим скляним таунхаусом, розташований перед великим п'ятдесятиквартирним будинком майже в центральній частині Амстердаму на каналі Прінсенграхт. Крім заможної сім'ї Франк в цьому комфортному і просторому сховищі також ховалися інші євреї (всього — вісім, а ще домашні тварини).
Дехто називає ці приміщення коморою, але ось так їх описує дівчинка:
"А за правими дверима розташовується задня частина будинку, яка і служить тепер нашим притулком. Ніхто б не подумав, що за простій сірими дверцятами стільки кімнат. Минаєш маленьку сходинку, і ось ти всередині. Праворуч від входу круті сходи нагору, ліворуч маленький коридорчик і кімната подружжя Франк. Кімнатка поруч — спальня і кабінет двох молодих панянок Франк.
Праворуч від сходів кімнатка з умивальником і окремим туалетом, з другим виходом в нашу з Марго спальню. А якщо піднімешся сходами, то здивуєшся ще більше, побачивши великий і світлий зал. Це колишня лабораторія, тому там є плита, раковина і робочий столик. Тепер вона буде служити спальнею подружжя ван Даан, і так само спільною вітальнею і їдальнею. Крихітна прохідна комірчина надійде в розпорядження Петера ван Даана. Крім того, є горище і мансарда, як і в передній частині будинку. Ось я й закінчила опис нашого чудового притулку!"
Укриття було частиною офісних приміщень фірми Opekta, і поки Отто Франк переховувався, він продовжував вести свій бізнес з цієї будівлі, спускаючись вниз по сходах до себе в кабінет у нічний час і у вихідні. Анна та інші також спускалися в офіс Отто і слухали радіопередачі з Англії.
У 1944 році німецька влада окупованої Голландії дізналася про шахрайства Отто Франка при виконанні великих і дуже вигідних контрактів із Вермахтом. Німецька поліція вчинила наліт на його квартиру на горищі, і вісім євреїв в серпні відправили до транзитного табору Вестерборк, адже Німеччина в той момент вкрай потребувала робочої сили.
Пізніше Анна Франк потрапила в табір Аушвіц-Біркенау, потім її разом з іншими в'язнями евакуювали до табору Берген-Бельзен, де вона у віці 14 років померла від тифу вже після звільнення табору англійцями (епідемія тифу спалахнула в таборі через нестачу інсектициду «Циклон Б»). Її батько, Отто, захворів в Аушвіці, але був вилікуваний у табірному шпиталі. Ближче до кінця війни німці евакуювали його в Маутґаузен, де його й звільнили.
Наприкінці війни Отто Франк повернувся в свій амстердамський будинок і розповідав, що нібито знайшов щоденник своєї доньки захованим під кроквами даху будинку-сховища. Насправді щоденник знаходився в однієї з підлеглих Отто Франка, яка обслуговувала його сім'ю: постачала продовольство, одяг і книги з 1942 року до самого арешту Франків у 1944 році, а потім зберігала їх речі. На той час щоденник Анни Франк містив лише близько 150 фраз 13-річної дівчинки (The New York Times, 02.10.1955).
Записи починаються 12 червня 1942 р. і ведуться до 5 грудня 1942 р., пізніше вони були доповнені особистими листами Анни. Вона також написала декілька автономних історій, фантазій і анекдотів про життя в сховищі. Потім Отто розповідав, що в 1944 році Анна почула по радіо як міністр освіти Нідерландів у вигнанні Герріт Болкштейн закликав вести щоденники, щоб опублікувати їх після війни — саме це, за словами батька Анни, стало причиною того, що в 1944 р. вона переписала свої записи вдруге.