И вот с конца 1309 г. судьбой тамплиеров занялись две разные, не связанные друг с другом инстанции. Общее следствие по делу ордена папа возложил на особую церковную комиссию, начавшую заседать в Париже 21 ноября. Комиссии было предписано действовать мягко, без применения пыток. Кроме того, она не имела права вынести окончательное решение: ей надлежало только собрать и подготовить материалы, которые она вместе со своими рекомендациями должна была передать будущему Вселенскому собору.
Одновременно с этим, согласно договоренности с папой, король предписал епископам Франции преследовать «отдельных» тамплиеров на основании обвинительного акта, составленного инквизитором Имбером еще в ноябре 1307 г. Таким образом, французские инквизиторы вопреки недавнему запрету папы получили возможность продолжать первый (предварительный) процесс, перейдя к его основной фазе.
У каждой из этих двух церковных инстанций была своя цель, причем эти цели оказались противоположными: комиссия должна была спасти тамплиеров, епископы и соборы — погубить их.
В соответствии со своей задачей папская комиссия действовала не спеша и явно тенденциозно: ее агенты тщательно отобрали материалы и дали ход лишь тому, что могло послужить славе ордена или хотя бы его оправданию. Заново допрашивая многих тамплиеров, в том числе и Жака де Моле, отцы церкви не скрывали от них, насколько те повредили себе предыдущими показаниями инквизиционному трибуналу. Только теперь магистр осознал, какую ошибку совершили он и его собратья, добровольно признав «небольшие уклонения»: все объяснения, которыми Моле пытался их оправдать, из протокола изъяли, оставив голые факты кощунства! Теперь, по совету членов комиссии, Моле утверждал, что у него и у других были вырваны ложные показания. Он требовал даже, чтобы его снова пытали, заявляя, что и в руках палача он не изменит истине... Вместе с тем Моле, как и другие допрашиваемые, не пожалел красок, восхваляя заслуги ордена.
В отличие от папской комиссии епископы Филиппа IV, издавна ненавидевшие тамплиеров, действовали уверенно и быстро. Следует отметить, что деятельность комиссии косвенно даже помогала агентам королевской власти. Поскольку среди тамплиеров, арестованных в разных провинциях Франции, стали распространяться слухи, что орден будет оправдан, они отказывались от своих прежних показаний и этим как «вновь впавшие в ересь» обрекали себя на смерть. Епископы сразу же учли это обстоятельство, и по их почину провинциальные соборы без дальнейших проволочек стали отправлять, «еретиков» на костер. Так, архиепископ Санский после непродолжительного следствия в мае 1310 г. осудил 54 рыцаря, которые тут же были сожжены. За этим процессом последовали другие. Костры запылали по всей стране...
Между тем церковная комиссия наконец завершила свои труды и представила Клименту V отчет. Результаты ее изысканий почти во всем противоречили обвинительному акту 1307 г. Если инквизитор Имбер обвинял тамплиеров в идолопоклонстве, в тайных богохульных уставах и в прямой ереси, то члены комиссии заявляли, что не нашли у подсудимых ни идолов, ни тайных уставов, ни еретических сочинений, что прежние показания, очевидно, были сделаны под пытками, что многие из них противоречат друг другу. В целом заключение комиссии было благоприятным для ордена.
Наконец-то папа вздохнул свободно. Все-таки он одержал победу над королем! Пусть пришлось пожертвовать сотнями рядовых рыцарей, сожженных до решения комиссии, но теперь все собранные материалы будут переданы собору, и Вселенский собор оправдает орден!..
Однако радость Климента V была преждевременной. Именно в это время Филипп Красивый пустил в ход свой главный козырь... дело покойного папы Бонифация VIII.