В великом посту 1541 г. Игнатий приступил к выборам первого Верховного Настоятеля Общества, то есть генерала Общества.
С этой целью был послан приказ прибыть в Рим пятерым братьям, которых ничто не удерживало на местах. Все остальные уже прислали в запечатанных конвертах имя того, кого они избирают.
Присутствовали три испанца — Игнатий, Лайнез, Салмерон, один савоец — Клавдий Леже; два француза — Вроет и Кодюр.
Первое заседание было посвящено организационным вопросам, установлению распорядка, которому они будут следовать. Было решено, что выборам будет предшествовать трехдневная молитва.
Избирательные записки были положены в запертый на ключ ящичек, в котором уже находились записки отсутствующих.
Игнатий был избран единогласно. На этом все могло бы завершиться, но Игнатий отказался: «Мои прошлые грехи и нынешние слабости заставляют меня уклониться от должности. Я настоятельно прошу вас подумать и помолиться еще три дня».
Из уважения к нему все согласились. Вторичные выборы дали тот же самый результат. «Я положусь на приговор моего духовного отца, — сказал Игнатий, — после того, как он выслушает мою полную исповедь».
Исповедовавший его францисканский священник объявил: «Отказываться — значит противодействовать Духу Святому».
Но Игнатий и его упросил помолиться еще три дня и затем прислать ему собственноручное письменное решение. Письмо пришло через три дня: «Я присуждаю вас к принятию должности Верховного Настоятеля». После этого Игнатий согласился.
Не будем судить святых, они живут в неведомых нам областях. Игнатий говорил: «Грешник, каковым я был, не может приказывать святым» Если бы мы судили грех, как они, мы, может быть, поняли бы его поведение в эти дни.
Выборщики и выбранный решили совершить в пятницу, после Пасхальной недели, традиционное посещение семи римских церквей, закончить его в базилике Святого Павла и там, согласно новой булле ПавлаIII , принести монашеские обеты.
Итак, в пятницу 22 апреля, с рассветом, они начали посещение церквей. Придя в базилику Святого 11авла, они исповедовались друг у друга, и Игнатий совершил мессу в часовне Распятия.
Во время причастия, в одной руке держа дискос со Святыми Дары, а в другой — текст обета, он, в присутствии пяти коленопреклоненных сотоварищей, громким голосом произнес: «Я, Игнатий де Лойола, обещаю Всемогущему Богу и Его Наместнику на земле, Державному Первосвященнику, в присутствии Преблагословешюй Девы Марии и всех сонмов Сил Небесных, а также представителей нашего Общества, вечное нестяжание, целомудрие и послушание, в согласии с обиходом, указанным в булле, данной Обществу Господа нашего Иисуса, а равно в правилах, существующих и имеющих быть написанными. Я обещаю, кроме того, особое повиновение Державному Первосвященнику в области миссионерской, особо отмеченное в булле. Я обещаю также заботиться о том, чтобы дети были научены началам веры, согласно булле и правилам».
Кончив эти слова, Игнатий причастился. Коленопреклоненные Лайнез, Салмерон, Леже, Броет, Кодюр по очереди повторили тот же обет и затем причастились из рук своего настоятеля.
По окончании мессы они обошли с молитвами благодарения все главнейшие алтари базилики и затем собрались у папского алтаря, над гробницей Святого Павла. Игнатий обнял своих сынов. Все плакали от радости и счастья!
Франциск Ксаверий, неблагоприятной погодой, препятствовавшей отходу кораблей, задержанный в Лисабоне, узнал там об утверждении Общества Иисуса Папою ПавломIII .
Он уже отплыл, когда Игнатий был избран генералом Общества. Известие дошло до него через два года. История повествует, что до самой смерти, из почтения и благоговения к Игнатию, он писал ему письма не иначе, как стоя на коленях.