В связи с бурным проявлением вулканических процессов на протяжении всей истории Анд эти горы отличаются богатством рудных полезных ископаемых, так как с магмой, излившейся на поверхность или внедрившейся в толщу пород, из недр земли выносятся различные металлы. Например образование оловянного камня (касситерит) и вольфрамита, которыми богата средняя часть Анд, связано с воздействием газов и паров, выделяющихся из магмы на граниты. Такие околожильные изменения гранитов приводят к образованию пород, обогащенных слюдой и кварцем и содержащих берилл, оловянный камень, вольфрамит. Месторождения медной руды (медного колчедана), которой особенно богаты Анды, также связаны с местами соприкосновения (контакта) магматических внедрений с другими породами, например с известняками.
Однако рудные месторождения бывают связаны не только с магматическими, но и с осадочными породами. Такие месторождения образуются в результате разрушения первичных пород водой и ветром, благодаря чему уносятся частицы легких минералов, а более тяжелые крупицы металлов скопляются в трещинах и углублениях. Подобное происхождение свойственно часто самородным элементам — золоту и платине, а также окисленным рудам — оловянному камню, вольфрамиту, которые встречаются в виде россыпей в северной и средней части Анд.
Из нерудных ископаемых в Андах имеются нефть и каменный уголь.
Нефть в больших количествах имеется в северной и средней частях Анд в предгорьях и обширных прогибах между горными цепями. Эти прогибы представляют собой в настоящее время продольные низменности, а раньше (в третичное время) они были древними мелководными морскими впадинами, в которых отлагались осадки органического происхождения. Разложение без доступа воздуха животных остатков и жиров привело к образованию и накоплению нефти в этих осадочных толщах.
Каменный уголь встречается в небольшом количестве в южной части Андийских гор на территории Чили. Образование его связано с накоплением растительных остатков в осадочных толщах древних пресноводных бассейнов.
Большое значение среди пустынных и полупустынных областей имеет селитра (аммиачная и натриевая), залегающая в западных предгорьях центральной части Анд. Она образуется из гниющих остатков животных и растений и играет большую роль в питании растений.
Среди всех вышеперечисленных полезных ископаемых Андийских гор наибольшее хозяйственное значение имеют залежи нефти у подножия северных и средних Анд (Венесуэла, Колумбия, Боливия и Перу), залежи меди (Чили, Перу), олова (Боливия), серебра и золота (Перу, Боливия, Эквадор, Колумбия), платины (Колумбия).
Значительным естественным препятствием для разработки известных месторождений полезных ископаемых и для поисков новых месторождений является рельеф Андийских гор, отличающихся большой высотой, обилием скалистых обрывов, острых зазубренных гребней.