Начало второго периода развития феодального государства в Японии совпадает с возникновением в XII в. своеобразной политической формы японского феодального государства – сегуната, при котором вся политическая власть сосредоточивается в руках одного из крупнейших феодальных домов. Сегунат – военно-феодальная диктатура сильнейшего в экономическом, военном и политическом отношении феодального рода, опиравшаяся на самураев – военно-служилое дворянство. Императорский двор со времени образования первого сегуната стал центром феодальной оппозиции. Формально власть императора сохранилась – ему отводились все причитавшиеся его рангу почести, но он не играл какой-либо существенной роли в политической жизни страны В XIII в. сегун присвоил себе право утверждать императора, определять порядок престолонаследия, назначать регентов и других высших придворных советников. Центральный государственный аппарат (бакуфу) состоял из главной административной палаты, ведавшей законодательством, главной военной палаты и главной судебной палаты. Во все провинции назначались военные губернаторы или протекторы (сюго). Ослаблению центральной власти в значительной мере способствовало то, что еще в начале XIV в. сегуны признали свою вассальную зависимость от самого могущественного в это время государства в Азии – Китая, к которому и перешло право утверждения японских императоров. Ослабляло силу бакуфу и возросшее значение в XV–XVI вв. буддийской церкви, которая стала претендовать на независимость в государстве.
С конца XVI в. в Японии начался процесс централизации страны. XVI в. был временем непрерывных антифеодальных восстаний, крайнего обострения социальных противоречий, что побуждало наиболее дальновидных представителей господствующего класса к созданию сильной центральной власти, направленной на укрепление феодальных порядков. В XVI в. в Японию проникают первые европейцы угроза потери политической независимости страны также диктовала необходимость объединения страны.
Центральная власть вплоть до середины XIX в. не решалась посягнуть на сам принцип существования феодальных княжеств. Во главе государства стоял сегун-полководец. При бакуфу был создан разветвленный бюрократический полицейский аппарат. В стране существовал особый слой самураев-хатомото, из которых комплектовался учетный, налоговый и административный аппарат сегуна, находившийся в его непосредственном подчинении. В ведении высших правительственных чиновников – родзю, составлявших правительство сегуна, находился императорский двор, государственные финансы и другие органы государства. Япония во времена правления династии сегунов Токугава была полицейским государством, в котором жестоко преследовались любые проявления антиправительственных настроений. Значительные изменения произошли и в принципе формирования армии. Указом 1891 г. крестьянам запрещалось становиться воинами, а самураям – крестьянами и горожанами.