Высший орган исполнительной власти в стране – Правительство (Кабинет министров) формируется Парламентом согласно Конституции. Не менее половины членов Правительства должны быть членами Парламента. В случае отставки премьер-министра Правительство уходит в отставку в полном составе. Особенностью структуры Правительства является наличие у каждого министра двух заместителей: парламентского заместителя, как правило, являющегося депутатом Парламента (уходит в отставку вместе с министром), и административного заместителя (представляет чиновников, в случае отставки министра остается в Правительстве, обеспечивая преемственность и стабильность власти вне зависимости от политической борьбы).
Полномочия Правительства: проведение законов; осуществление руководства государственными делами; осуществление руководства внешней политикой; заключение международных договоров (с одобрения Парламента); составление бюджета и вынесение его на рассмотрение Парламента; принятие решений об амнистии, смягчении и отсрочке наказаний; назначение членов Верховного суда и судей низших инстанций; наделено правом законодательной инициативы.
Судебная система включает Верховный суд, высшие суды, территориальные, семейные и первичные суды. Верховный суд наделен широкими полномочиями: выступает в качестве органа конституционного надзора, а также органа руководства всеми нижестоящими судами, выступает в качестве вышестоящей инстанции. Он имеет право издавать правила для адвокатов, прокуроров, судов, и этими правилами они обязаны руководствоваться. Данный суд рассматривает жалобы на решения и приговоры нижестоящих судов (как по гражданским, так и по уголовным делам); рассматривает жалобы на несоответствие Конституции законодательных или административных актов; занимается толкованием Конституции.
Следующей ступенью судебной системы Японии являются высшие суды, которые расположены в больших городах в разных частях страны. Они выступают в качестве апелляционной инстанции и коллегиально рассматривают жалобы на решения и приговоры нижестоящих судов по гражданским и уголовным делам, также рассматривают дела о некоторых государственных преступлениях. Они могут иметь свои филиалы и подразделения, которые создаются в результате вынесения Верховным судом соответствующего постановления.
Территориальные суды расположены в центральном городе каждой из префектур и могут иметь свои филиалы в других местах. Территориальные суды рассматривают основную массу как гражданских, так и уголовных дел. Данные суды работают в составе одного судьи или коллегией из трех судей, если речь идет о большой сумме иска или о преступлении, которое наказывается сроком лишения свободы до 11 лет.
Семейные суды считаются судами того же уровня, что и территориальные суды, и создаются в тех же городах. В их компетенцию входит разбирательство имущественных и неимущественных споров между супругами, а также дела о преступлениях, совершенных лицами, не достигшими 20-летнего возраста.