Так и не состоялось свидание между братом и сестрою. В ночь на 1-е сентября Софья была уже в своем девичьем тереме. 7-го сентября она выдала брату Шакловитого с приспешниками; а вслед затем Петр обратился к своему старшему брату, царю Ивану Алексеевичу, с официальным письмом, в котором, между прочим, говорилось:
«…Известно тебе, государю, что милостью Божиею вручен нам двум особам скипетр правления прародительного нашего Российского царствия, а о третьей особе, чтоб с нами быть в равенственном правлении, отнюдь не воспоминалось. А как сестра наша, царевна София Алексеевна, государством нашим учала владеть своею волею, и в том владении что явилось особам нашим противное и народу в тягость, — о том тебе, государю, известно. А ныне злодеи наши, Федька Шакловитый с товарищи, не удоволяся милостию нашею, преступя обещания свои, умышляли со иными ворами о убивстве над нашим и матери нашей здоровьем, и в том по розыску и с пытки винились. А теперь, государь братец, настоит время нашим обеим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, царевне Софии Алексеевне, с нашими двумя мужскими особами на титлах и в расправе дел быти не изволяем… А я тебя, государя брата, яко отца почитать готов»…
Крайне слабый здоровьем, царь Иван Алексеевич не прекословил, сам устранился от управления, и младший брат его всецело вступил в царские права: принял в отпускной аудиенции малороссийского гетмана Мазепу, допустил к руке своей 14 иноземных офицеров, в том числе и генерала Гордона, который затем в Александровской Слободе должен был произвести перед государем с своими солдатами разные воинские «экзерциции», за что пожалован был «камкою и атласом».
Ближайший советник бывшей правительницы, князь В. В. Голицын, был в это же время сослан в Яренск, а оттуда в Пинегу.
Когда, 6-го октября, состоялся торжественный въезд Петра в первопрестольную столицу, самой царевны Софии также уже не было в Кремле: она «добровольно» удалилась в честную обитель — в Новодевичий монастырь, чтобы никогда уже не показываться оттуда. Одни только царственные ее тетки и сестры в великие праздники виделись там с нею. Молитвой и терпеньем врачевала царевна свою многомятежную, наболевшую душу. Обладая красивым и четким почерком, она в свободное от молитвенного бденья время переписывала святое Евангелие. Евангелие это и теперь можно видеть в Спасо-Преображенском монастыре г. Каргополя (Олонецкой губ.). Текст писан так называемым «уставом»; только подпись царевны в конце выведена прописью. Особенным же изяществом поражают заглавные буквы, виньетки и изображения евангелистов.
Десять лет спустя, два «потешные» полка Петровы — Преображенский и Семеновский — наименованы были гвардией и, составив ядро нашего современного регулярного войска, доныне пользуются особенным почетом, как старейшие гвардейские полки.
Став самодержавным, Петр хотя и должен был уже значительную часть своего времени посвящать делам государственным, но любезные ему воинские «потешки» не только не прекратились, а получили еще большие размеры. Князь Федор Юрьевич Ромодановский, поставленный во главе преображенцев, шуточно титуловался «царем и государем Пресбургским» (по царской фортеции Пресбург), а Иван Бутурлин, командир семеновцев, был прозван «царем и государем Семеновским». В распоряжение того и другого отпускалось иногда до 15 тысяч пехоты и конницы, и одно такое дело в 1694 году, под Кожуховым, в Коломенских лугах, продолжалось, не более не менее, как шесть недель. В заключение (как повествует в своих записках один современник) «царь Федор Пресбургский царя Ивана Семеновского побил и взял в полон в фортеции».
На Переяславском озере точно также был произведен опыт «морской экзерциции» на нескольких кораблях о 24-х пушках.
Первый «потешный бомбардир» Бухвостов дослужился до обер-офицерского чина, в разных «баталиях» был «многократно» ранен и скончался в чине артиллерии маиора. Для увековечения его, Петр велел знаменитому скульптору Растрелли вылить из бронзы «персону» Бухвостова.
Бывший же пирожник, денщик царский и «меньшой потешный», Алексашка или Данилыч, выдвинулся впоследствии, как главный сподвижник Великого Петра и Первой Екатерины, и имя его — князя Александра Даниловича Меншикова — никогда не забудется в летописи русской.