Пинтуриккьо, самый праздничный по духу и краскам художник своего времени, расписал по заказу папы Александра VI Борджа его апартаменты. Одна из фресок изображает сцену диспута между римским императором Максимином и святой Екатериной. Согласно преданию, девушка пришла в языческий храм, где император приносил жертву богам, и призвала его креститься. Правитель пригласил ее к себе во дворец, созвав также множество философов, но в споре о вере победила Екатерина.
Ее тонкая фигурка выделяется среди множества персонажей фрески. Прекрасно вдохновенное лицо юной христианки, проповедующей Максимину, который, подавшись вперед, уперев руку в колено и насупив брови, слушает ее. Пинтуриккьо рассказывает историю наглядно и так же обстоятельно, как святая на его картине, объясняющая основы своей веры. Стоящие справа мудрецы листают книги, но на ступеньках, ведущих к трону императора, уже брошены раскрытые тома: заключенная в них мудрость не помогла разбить доводы девушки.
Художник, любивший жизнь во всем ее богатстве, тщательно выписал детали: платье святой и ее головной убор, напоминающий тюрбан, одеяния придворных и философов, трон императора, расшитое седло лошади, цветочки на лугу. Фреска своими тонкими и чистыми красками напоминает гобелен, но сквозь ее декоративность звучит высокая нота: неспроста на заднем плане помещена триумфальная арка — она не только указывает на место действия, которое разворачивается в Риме, но и подчеркивает сильный дух хрупкой девушки, символизируя триумф веры. А великолепие фрески служит тому, чтобы выразить внутреннюю красоту религиозного человека.
Фреска «Воскресение Христа» была написана художником совместно с учениками. В ней соединились черты средневековой живописи (мандорла вокруг Христа выглядит выкованной из золота) и ренессансной: мощь, с которой переданы фигуры Спасителя и понтифика, или правдивость, отличающая портрет второго. Изображая евангельское событие, художник подчеркнул его ликующую праздничность. Яркие, сочные цвета создают богатый, нарядный колорит. Золотое сияние, исходящее от Иисуса, разливается повсюду в виде золотистых точек, нанесенных на поверхность фрески, и откликается в облачении папы.
Изображение папы Александра VI принадлежит кисти Пинтуриккьо. Создавая его портрет, живописец подчеркнул особенности немолодого, полноватого лица персонажа, одновременно постарался придать фигуре изображенного монументальность: ниспадающее одеяние ложится прихотливыми складками, образующими подобие постамента. Художник наполнил облик понтифика благоговением и отсветом события, при котором тот присутствует, что видно не только в его исполненном восторга и трепета взгляде и молитвенно сложенных руках, но и в такой детали, как снятая и поставленная на зеленую травку тиара. Александр VI здесь — простой смертный, поклоняющийся Богу. Действие происходит на лугу, вдали видны цветущие деревья.
Когда в Италии набирало силу Высокое Возрождение, живописцы, подобные Пинтуриккьо, изображали в своих произведениях мир, не в силах расстаться с искренним, во многом детским восторгом перед ним. Сцена полна трогательности, еще существовавшей в XV веке в картинах и фресках папского Рима, которая впоследствии уступила место большим, исполненным мощного, возвышенного духа композициям.
Расписывая помещения в Апартаментах Борджа, Пинтуриккьо с учениками обратились к теме звездного неба, например, поместили на сводах символические изображения созвездий или знаков зодиака. В одном из залов в парусе свода находится фреска, аллегорически представляющая астрономию или астрологию. На фоне светлого, уходящего вдаль пейзажа стоят ученые, а над ними художник изобразил армиллярную сферу — модель сферы небесной.