Последние годы жизни Михаила Бестужева — сплошная цепь лишений и страданий. Иркутские купцы так и не вернули денег. В 1863 году умер его сын Коля, через три года — жена Мария. Дочь Леля, жившая тогда в Москве у теток, умерла месяц спустя, сразу после страшной вести о смерти матери. Под этими ударами Бестужев, как говорили соседи, «всему попустился, ни во что не вникал». Хозяйство вели Лушниковы, лекарь Кельберг и казачий офицер Игумнов.
В 1867 году, покидая Сибирь, Бестужев разыграл в лотерею, а фактически раздарил все хозяйство — дом с мезонином, два флигеля, баню-обсерваторию, кузницу, мастерские. Большинство книг библиотеки забрал кяхтинский градоначальник А. Деспот-Зенович, но денег не заплатил.
Селенжане устроили в честь Бестужева молебен в церкви, прощальный обед. Поклонившись могилам брата Николая, жены, сына Коли и Константина Торсона — того, кто принял его в общество, Бестужев сел в тарантас, взял на руки трехлетнего сына Сашу, усадил рядом семилетнюю дочь Машу. «Уезжая, Михаил Александрович сильно плакал, — вспоминала в 1926 году Жигмит Анаева, бывшая служанка Бестужевых. — „Живите, не забывайте“, — говорил он на прощание… Это были бог, а не люди».
Петербург родил его, а Москва дала последнее убежище.
Приехав сюда, он поселился на Поварской, затем на высоком левом берегу Москвы-реки, напротив нынешнего Киевского вокзала. Течение здесь, как и на Селенге, справа налево, но не такое бурное и мощное. Небольшой двухэтажный дом № 17 в 7-м Ростовском переулке сохранился до сих пор, однако мемориальной доски на нем нет. Не отмечен он и в путеводителе «Декабристы в Москве».
Несмотря на жестокую нужду, полуголодное существование, болезнь детей и престарелых сестер, Бестужев на семидесятом году жизни совершил свой последний подвиг — восстановил трижды погибавшие воспоминания о восстании декабристов.
Умер он летом 1871 года и похоронен на Ваганьковском кладбище. Там же покоятся его мать, три сестры, дочери Леля, Маша, сын Саша, один за другим умершие в отрочестве.