Организационно германские военно-воздушные силы подразделялись на пять воздушных флотов, каждый из которых являлся оперативным объединением и состоял из нескольких авиационных корпусов, зенитных корпусов (дивизий) и органов авиационного тыла — воздушных районов. При ведении операций «молниеносной войны» воздушный флот взаимодействовал с одной группой армий и отвечал за весь комплекс вопросов, связанных с борьбой в воздухе на отдельном стратегическом направлении.
Авиационный корпус являлся высшим тактическим соединением и включал две-три бомбардировочные и одну-две истребительные эскадры, а также от одной до трех разведывательных и транспортных групп. Эскадра имела в своем составе три (реже до пяти) авиационных группы, каждая из которых состояла из трех авиационных эскадрилий. Авиационный тыл был отделен от летных частей. Такая структура отвечала требованиям материального и аэродромного обеспечения авиации в условиях маневренных действий сухопутных войск и позволяла совершать быстрый аэродромный маневр из глубины и по фронту. В целом организационная структура Люфтваффе обеспечивала массированное применение авиации на главных направлениях и централизованное управление ею.