Генерал Миллер на борту советского торгового судна «Мария Ульянова» был доставлен в Ленинград, оттуда в Москву, во Внутреннюю тюрьму, как секретный узник под номером 110. Допросы Миллера (в том числе и наркомом Ежовым) продолжались год и восемь месяцев. 11 мая 1939 года по заочному приговору Военной коллегии Верховного суда СССР Миллер под именем Иванова Петра Васильевича был расстрелян в подвальном помещении московского крематория и тут же кремирован.