Папа Иннокентий III поручил инквизицию ордену доминиканцев. Духовными орденами назывались монашеские организации, члены которых подчинялись папе, совместно жили в монастыре и придерживались определенного устава. Основателем доминиканского ордена был монах Доминик.
В народе доминиканцев называли «псами господними», их знаком была собака с факелом в зубах.
Дух инквизиции выразился в словах одного инквизитора королю: «Мы будем жечь богачей, а имения их вы разделите с епископом. Не беда, если мы сожжем сотню невинных, лишь бы среди них был один виновный».
Под еретиками разумелись всякие враги папства, хотя бы то были сами кардиналы, и сверх того — евреи и магометане. От инквизиции не спасала даже смерть, потому что трупы виновных вырывали из земли и сжигали на костре. Чтобы добиться признания, употребляли запугиванье, лжесвидетельство, жестокие пытки, которые совершались в подземельях палачами в черных масках. Имен судей и свидетелей никто не знал. Если кто сознавался при допросе, его навеки замуровывали в подземельях или приговаривали к всенародному отречению от ереси. Несчастного выставляли в церкви в желтой одежде с красными крестами и со свечой в руке. Даже прощенный, еретик ходил с красным крестом на платье, чтобы от него бежали, как от зачумленного. Кто не сознавался или попадался во второй раз, того отдавали в руки светской власти, которая охотно сжигала его живьем или после удушенья. Это был суд над врагами католической церкви.
К еретикам и колдунам причисляли политических вольнодумцев и передовых ученых. Судьи-инквизиторы имели громадные полномочия, а их усердие подогревалось тем, что имущество казненных поступало в собственность «святого» трибунала.
В погоне за деньгами и властью духовенство ни перед чем не останавливалось. В борьбе с колдовством оно нашло очень удобный способ для расправы со всеми своими противниками, объявляя их слугами дьявола. Достаточно было одного анонимного доноса, чтобы схватить «виновного». Признание у жертвы вырывалось изощренными пытками, и признавшихся сжигали на кострах инквизиции для спасения их душ. Эта казнь называлась «наказанием без пролития крови». А свирепость инквизиторов называлась «делами веры».
Короли и императоры допускали, чтобы монахи распоряжались имуществом и жизнью их подданных. Они не только терпели, но награждали кровавый трибунал, который изгонял из их государств науку и просвещение, любую живую мысль и разум. Целые народы были подавлены страхом перед инквизицией: отец боялся родного сына, жена мужа, дети родителей. Были порваны все узы родства и дружбы, потому что религия внушала, что священный долг каждого делаться доносчиком и предателем. Все эти меры, однако, ни к чему не привели. Колдовство, чернокнижие, продажа души дьяволу и союз с ним были только следствием того отчаянного положения, до которого было доведено низшее сословие; это был своего рода протест против тягот жизни, расцветший на почве темноты и невежества.
Нигде мракобесие инквизиторов не проявлялось с такой силой, как в «ведьмовских» процессах. Сотни тысяч женщин погибали на кострах. Их привлекали к суду и обвиняли в том, что они ведьмы, за то, что, например, лечением они иногда добивались исцеления, а это кому-нибудь казалось странным; за то, что, поссорившись с соседкой женщина в гневе пожелала ей зла, а у соседки потом сдохла корова; за то, что хозяйка угостила гостя, а он через некоторое время заболел; за то, что жена поставила заплату на брюки мужа, а тот вскоре упал и повредил себе колено. Стечение такого рода обстоятельств делало для суда инквизиции вину более чем правдоподобной.
Особенно жестокой была испанская инквизиция, где в течение 18 лет безраздельно творил суд «на престоле огня и крови» великий инквизитор, монах Фома Торквемада. Он сжег на кострах не менее 10 тысяч еретиков и погубил около 120 тысяч семей.
В России тоже были очень популярны ведьмы, ведуны и колдуны, несмотря на борьбу с ними и церкви, и властей. В летописи сохранились записи, что, например, в 1227 году в Новгороде были сожжены четыре колдуна, а в 1441 году «псковичи сожгли двенадцать женок вещих».
Так же, как и на Западе, любой протест против церкви считался ересью и еретиков сжигали на кострах. В 1493 году в Новгороде было сожжено несколько человек, заподозренных в ереси. В Соборном уложении, составленном при царе Иване Грозном, сказано: «… и того богохульника обличив, казнить, сжечь». В XVII веке в Москве, по свидетельству современников, «жгут живьем за богохульство, за церковное воровство, за ложное толкование Священного писания, не исключая и женского пола».
По подсчетам историков общее число жертв инквизиции в Европе доходило до 10–12 миллионов.