Архиепископ Геннадий явился в Новгород с твердым намерением привести новгородцев в единую веру с Москвой. Однако шли годы, а положение не менялось. Разногласия между владыкой и образованными новгородцами касались широкого круга вопросов. Споры по поводу конца света пробудили интерес к астрономии.
Геннадий обратился к книге «Шестокрыл», включавшей сочинение еврейского астролога Эммануила бар Якова. Обнаружив в «Шестокрыле» иудейское летосчисление, владыка тотчас обличил иудейскую «прелесть». «Да и Шестокрыл, — писал ои, — есми учил того для, и обретох в нем ересь… по чему жидова лета чтут; ино то учинили на прелесть христианскую… а то хотят ту прелесть явити, како изойдеть (в 1492 г. — Р.С.) наша паскалия… и потому ино у них еще пришествиа Христова нет, ино то они ждут Антихриста».
Считается, что первыми к «Шестокрылу» обратились еретики («жидовствующие») и лишь после них за изучение труда взялся Геннадий. Это традиционное суждение вызвало возражение.
В послании Геннадия бывшему ростовскому епископу Иоасафу, сохранившемся в единственном списке, заключалась просьба: «Да чтобы еси послал по Паисея да по Нила да с ними бы еси о том посоветовал: прейдут три лета, кончается седмая тысяща; и мы, деи, тогды будем надобны. Ино еретицы себе надежно чинят». На месте, отмеченном звездочкой, другими чернилами сделан знак вставки, а на нижнем поле страницы другим почерком вписана фраза: «ино и яз слыхал у Алексея». Таким образом, утверждают критики, не сам Геннадий, а писец связал «Шестокрыл» с новгородскими еретиками.
Так ли это? Письмо Геннадия посвящено обличению еретиков. Двух старцев, упомянутых в начале приведенного текста, он специально пригласил в Новгород для обсуждения новгородской ереси («о ересях тех было с ними поговорити»). Одним из пунктов «совета» должен был стать вопрос о конце света («кончается седмая тысяща»). Издавая текст послания, Я. С. Лурье заключил в кавычки слова «мы, деи, тогды будем надобны» как прямую речь еретиков. Такое прочтение полностью согласуется с пометой на полях. Писцы и читатели на Руси нередко комментировали копируемые тексты. От своего ли имени или под диктовку Геннадия писец поместил на полях, что сам слышал такие речи от еретика Алексея. Обличая дерзкую самоуверенность еретиков (слова, что они понадобятся, коль скоро светопреставление через три года не наступит), Геннадий так прокомментировал приведенную еретическую фразу: «Ино еретицы себе надежно чинят». Эта фраза теряет всякий смысл вне связи с речью еретиков.
Обратимся к предыдущему абзацу послания. В нем владыка выражал надежду, что государь оборонит православных от «еретиков, жидовьская мудрьствующих», имея в виду вполне конкретных новгородских еретиков, а ниже доказывал, что «Шестокрыл» и есть источник «жидовских чисел», крадущих лета у православных. Если православные верно ведут счет лет, тогда, согласно логике Геннадия, через три года последует второе пришествие. Если правы «жидовская мудрствующие» новгородцы, ссылающиеся на Эммануила бар Якова, тогда конец света придется ждать столетия. В случае правоты новгородских священников они будут «надобны», зато архиепископу, а следовательно, всему православию будет нанесен ущерб: «…егда скончаются лета, а животом еще прибавит Бог мир, и но то еретиком жидовьскаа мудрьствующимь будет дръзость, а христианству будет спона велика»; «и что Шестокрил они собе изучив, да тем прелщают христианство» и пр. Слова о «прельщении» христиан дословно повторяют фразу из письма того же автора к епископу Прохору, написанного ранее. В обоих случаях под «жидовствующими» еретиками подразумевались конкретные лица, от которых следует ждать неприятностей: «А что числа поставлены в Шестокриле… ино то учинили на прелесть христианску…А то хотят ту прёлесть явити, как изойдет наша пасхалиа…» Полагают, что эти разоблачения из письма Прохору относились к евреям и татарам, а главное — к латинянам (католикам).
Однако то, что мы знаем доподлинно об отношении Геннадия к латинянам, по-видимому, противоречит такому толкованию.
Католический король испанский, писал владыка, «очистил свою землю от ересей жидовских». Восторженные похвалы по поводу «латынян», искоренивших у себя «жидовство», едва ли совместимы с обличением «латынян» за их «жидовские мудрствования».