Система взглядов Софьи и греков существенно отличалась от московской. Бояре и народ обвинили «грекиню» прежде всего в нарушении традиционного порядка престолонаследия в Московии. Согласно византийским нормам, только Синод мог обнародовать имя преемника василевса. Фактически же Синод лишь облекал в форму закона волеизъявление императора.
Иван III был привязан к взрослому сыну Василию, а на подрастающего внука нередко негодовал. Но при назначении наследника он не мог отступить от московской традиции.
Распри в великокняжеской семье грозили подорвать власть монарха. Благодаря грекам московский двор имел возможность основательнее познакомиться с византийскими порядками. В трудных ситуациях императоры нередко передавали отдельные провинции сыновьям-соправителям, что укрепляло положение царствующей династии. Опираясь на эту традицию, Софья домогалась, чтобы Иван III назначил удельного князя Василия своим соправителем и передал ему крупнейший после Москвы город Новгород со всей Новгородской землей и Псковом. Идея раздела государства на несколько удельных княжеств не встретила сочувствия при дворе законного наследника и в Боярской думе. Пережившие смуту бояре опасались, что удельный князь Василий, опираясь на Новгород, сгонит с трона малолетнего племянника Дмитрия. Дума, ведавшая внешними сношениями, четко выразила свое мнение по поводу всего происходящего. Литовский князь Александр, будучи зятем Ивана III, нередко получал дружеские советы из Москвы. Узнав, что Александр намерен отдать Киев одному из своих братьев во владение, московские власти резко высказались против раздела Литовского великого княжества, сославшись при этом на недавний опыт. «Слыхал яз, — писали бояре от имени Ивана III, — каково было нестроение в Литве, коли было государей много. А и в нашей земле (на Руси. — Р.С.) каково было нестроение при моем отце». Наказ, составленный в 1496 г., отражал официальную московскую доктрину.
Как следует из текста «Чина поставления и венчания Дмитрия Ивановича», государь произнес такую речь: «Ныне благословляю при себе и опосле себя великим княжеством Владимирским и Московским и Новугородцким и Тверским» внука Дмитрия, которого мне «дал Бог в сына моего место». Намерение отнять титул новгородского князя у коронованного князя Дмитрия и передать его удельному князю было незаконным со всех точек зрения. Прямое противодействие этому решению оказали не только верхи — бояре, но и народ.
В начале 1499 г. Иван III направил послов к псковским посадникам с объявлением, что «де я, князь великий Иван, сына своего пожаловал великого князя Василия, дал емоу Новгород и Псков». Посадники и вече категорически отказались подчиниться указу государя. Они спешно отрядили полномочных послов в Москву и заявили, что будут подчиняться лишь тому великому князю, который занимает московский трон: «а которой бы был великий князь на Москве, той бы и нам государь». В этом псковичи видели гарантию независимости Псковской республики. Главное требование псковского веча состояло в том, чтобы Иван III с внуком, которому псковичи принесли ранее присягу, «держали «отчину» свою (Псков. — Р.С.), а в старине». Переговоры в Москве были долгими и трудными. Посадники упорно ссылались па «старину» и присягу. Наткнувшись на противодействие, Иван III велел бросить двух посадников в тюремную башню. При этом он заявил: «Чи не волен яз в своем вноуке и оу своих детех. Ино кому хочю, тому дам княжество». По приказу государя в Псков выехал новгородский архиепископ Геннадий, чтобы отслужить службу «за князя великого Василья». Псковичи не проявили никакого уважения к своему пастырю и не дали ему служить в соборе, сказав, что не имеют «к тому веры, что быти князю Василью великим князем новгородским и псковским». Лишь после того как Иван III прислал в Псков своего личного представителя, боярина И. Чеботова, и торжественно обещал держать свою «отчину» по старине, псковское вече смирилось. В сентябре арестованные посадники были отпущены из Москвы.
Боярская дума не желала допустить раздала государства между соправителями, потому что сознавала опасность повторения смуты, едва не погубившей Московское княжество во второй, четверти XV в. Помимо того, осуществление планов Ивана III затрагивало материальные интересы членов думы.