По рассуждениям Комиссии о санктпетербургском строении 1738 года этот проезд должен был именоваться 1-й Пушкарской улицей, по находившейся здесь Пушкарской слободе, но фактически это название не употреблялось. Первое же реально существовавшее имя улицы – Малая Белозерская. Оно известно с 1759 года. Было дано по Белозерскому полку, квартировавшему в этой местности. Большой Белозерской была современная улица Воскова.
1 августа 1927 года улицу переименовали в честь Петра Алексеевича Кропоткина (1842—1921), представителя княжеской фамилии, аристократа, потомка Рюриковичей, род которого по знатности имел прав на русский престол не меньше, чем Романовы. Увековечение накануне десятой годовщины Октябрьской революции князя Кропоткина, бывшего в юности любимцем царя Александра II и его камер-пажом, стало возможным только благодаря тому, что Кропоткин был человеком, близким революционерам, теоретиком анархизма, настоящим «князем анархии».
До того как стать «отцом» русского анархизма, Кропоткин был знаменитым ученым-географом, путешественником. Вместо гвардии Петр Алексеевич определился в Амурское казачье войско и пять лет провел в экспедициях по Восточной Сибири, Дальнему Востоку, Маньчжурии. Он сделал ряд научных открытий, разработал множество проектов обустройства жизни в различных районах страны (например, проект по борьбе с недородом на землях уссурийских казаков). Одновременно Кропоткин наблюдал старообрядческие деревни, стойбища тунгусов, изучал жизнь других народностей, которые жили, с одной стороны, в государстве, с другой – совершенно своей, независимой от государства жизнью. Это, а впоследствии и наблюдения за жизнью сообщества швейцарских часовщиков, существовавших в своей стране автономно, привело его к выводу об отрицании государства как необходимости, поскольку оно не нужно общинам самоорганизующимся и самоуправляемым. В этом смысле анархия как отрицание государства есть «мать порядка», поскольку в общинах, которые возникают на основе духовного или профессионального единства, значительно усиливается социальный инстинкт, присущий людям вообще.
За социалистическую пропаганду, которую князь Кропоткин вел на рабочих окраинах Петербурга, за участие в народовольческом кружке «чай-ковцев» он был посажен в одиночную камеру Петропавловской крепости. Как видному ученому, ему разрешили работать, и он в тюрьме написал «Исследования о ледниковом периоде». Начавшаяся у Кропоткина поистине северная болезнь – цинга – заставила тюремное начальство перевести князя в госпиталь. Из госпиталя на Конногвардейской улице (ныне Суворовский проспект, 63) князь бежал во Францию. Имя Кропоткина в императорских заведениях России стало крамольным. В Пажеском корпусе была официально демонтирована и разбита мраморная доска, свидетельствовавшая о том, что Петр Кропоткин заканчивал это учебное заведение.
Князь Кропоткин вернулся на Родину после февраля 1917 года. Александр Федорович Керенский предложил 75-летнему князю, которого на вокзале встречала многотысячная толпа, любую должность во Временном правительстве, однако Кропоткин отказался, заявив, что ремесло чистильщика сапог много полезней чиновничьей службы.
В революционной России Кропоткин стал наблюдать за происходящим, приходя в ужас оттого, что лозунг «Анархия – мать порядка» был подхвачен откровенно уголовными типами.
После Октябрьской революции Кропоткин остался в Советской России, в Москве. Он ни на йоту не отступил от своих взглядов. Заступался за арестованных чекистами оппонентов новой власти, трижды на встречу с ним приезжал сам председатель Совета народных комиссаров Владимир Ульянов (Ленин). Кропоткину был выделен спецпаек, ухаживать за ним приехала из США известная анархистка Эмма Гольдман. В 1918 году с Кропоткиным встретился анархист-практик, единственный человек, попытавшийся претворить идеалы Кропоткина в жизнь, Н. И. Махно, но они с князем не нашли общего языка.
Когда в феврале 1921 года Петр Алексеевич Кропоткин умер в Дмитрове, из Москвы в этот город прибыл специальный поезд. Для прощания с идейным вождем из Бутырской тюрьмы под честное слово была выпущена большая группа анархистов. После похорон потомка Рюриковичей, ученого и анархиста князя Кропоткина на столичном Новодевичьем кладбище все заключенные анархисты вернулись в Бутырку.
Улица Кропоткина проходит от Кронверкской до Малой Пушкарской улицы, неподалеку от Петропавловской крепости, в которой ученый-анархист писал научные труды.