Флотилия создана в начале 1897 г. с целью обеспечения безопасности расположенных по берегам Амура и его притоков Уссури и Шилки казачьих станиц и для охраны нашей государственной границы на реках Дальней России от нападений китайских разбойников-хунхузов. Первоначально в состав Амуро-Уссурийской флотилии вошло 5 судов:
— небольшие речные пароходы «Атаман» и «Казак Уссурийский» (бывший «Шилка»),
— баржи «Булава» и «Лена»,
— речной паровой катер «Дозорный».
Базой казачьей флотилии стала пристань Има^на реке Уссури (ныне — город Дальнореченск Приморского края). Личный состав флотилии был небольшим — всего четыре десятка человек, и набирался за счет знакомых с речным делом рядовых казаков и урядников из строевых частей Забайкальского, Амурского и Уссурийского казачьих войск. Первым командиром этой казачьей флотилии стал 30-летний капитан парохода «Атаман», штурман дальнего плавания Дмитрий Афанасьевич Лухманов (в дальнейшем — известный советский капитан дальнего плавания, писатель- маринист, Герой Социалистического Труда).
Через несколько лет в составе флотилии произошли незначительные изменения, но она продолжала существовать до октября 1917 г.
(Приказ по военному ведомству 1902 г., № 230; «Военный Сборник», 1903 г., № 1). Никольский А. И. иЧернощеков Н. А. Воинская повинность казачьих войск. СПб., 1907 г.
(Приказ по военному ведомству 1902 г., № 430).