В останні дні жовтня 1941 р. гетто в Бердичеві було ліквідоване. 400 осіб спеціалістів (деяких з них разом із сім’ями) залишених 15 вересня живими, а також схоплених в ході облав євреїв, які переховувались, зігнали в підземелля заповідника і 3 листопада 1941 р., партіями по 150 осіб, вивезли на машинах в район хутора Сокулино (нині селище Мирне) і там розстріляли. Перед розстрілом цих трьох тисяч приречених примусили роздягнутись догола, після чого їх голих скидали у вириті військовополоненими ями і розстрілювали з автоматів. Під час листопадової страти палачі відібрали вже біля самих ям 150 євреїв, кращих спеціалістів-ремісників, і поселили їх в таборі на Лисій горі.
У Дмитрівському дитячому будинку (в п’яти кілометрах від Бердичева по Житомирському шосе) кати відібрали 70 дітей єврейської національності. Спочатку було організовано їх хрещення. З нагоди цього заходу в дитячий будинок приїхали навіть гебітскомісар і керівники Бердичівської управи. Але вже наступного дня всіх 70 дітей було забрано в СД і розстріляно на Лисій горі, за містом. 27 квітня 1942 р. були розстріляні зареєстровані єврейки, які жили в місті і були одружені з росіянами, а також діти, народжені від змішаних шлюбів.
У травні-червні 1942 р. в містечках і селах навколо Бердичева знову проводили облави і вбивства уцілілих євреїв. Біля 700 чоловік єврейської молоді було привезено до Бердичева з Янушполя (нині Іванопіль), Андрушівки, Козятина, Ружина і поміщено в табір на Лисій горі. 15 червня 1942 р. цих молодих людей і 230 майстрів-спеціалістів фашисти розстріляли в тирі 14-го кавалерійського полку. Лише 60 чоловік кращих з кращих спеціалістів кати залишили в таборі на Лисій горі, а потім перевели в міську тюрму, де вони працювали для особистих потреб співробітників СД і поліції.
Останні 60 євреїв, які були залишені живими, німці розстріляли під час першого наступу Червоної Армії на Житомир.
Так планово німці стратили майже тридцятитисячне єврейське населення Бердичева та сусідніх містечок. Випадково уціліло лише 10-15 чоловік. А всього гітлерівці знищили 38536 мирних громадян.