Еще в 1990 году были отмечены первые столкновения между эндемичными дагестанскими салафитами и приверженцами суфизма. Раскол ДУМСК, а затем и ДУМ Дагестана резко ослабил мусульманское сообщество и дал свободу действий салафитам — как имеющим местное происхождение, так и пришлых. Агрессивные методы работы адептов салафизма очень быстро вызвали отпор и даже вооруженные столкновения с традиционалистами, которые произошли в течение 1991–1995 годах в Кизилюртовском, Казбековском районах республики и в Махачкале.
Экспансия салафитов в Дагестане была приторможена возрождением суфийских братств, которые традиционно были представлены на Северном Кавказе тарикатами нашкбандийя, кадирийя и шазилийя. Зоной беспощадной борьбы между тарикатистами и салафитами стала так называемая Кадарская зона в Буйнакском районе Дагестана, в которую входили села Карамахи, Чабанмахи и Кадар. С 1997 по 1998 год в этой зоне шли ожесточённые столкновения, в ходе которых в конечном итоге салафиты одержали победу. Активную помощь им оказали полевые командиры-ваххабиты из Чечни.
В июле 1998 года в селе Карамахи прошел съезд «Конгресса народов Чечни и Дагестана», фактически оформивший создание объединенной ваххабитской общины этих республик. Было установлено шариатское правление в Кадарской зоне, которое было провозглашено 16 августа 1998 года. Буквально через неделю в Махачкале в результате теракта был убит председатель ДУМ Дагестана М.Абубакаров, что поставило республику на грань гражданской войны.
3 сентября в республику прибыл и.о. министра внутренних дел РФ С.В.Степашин, посетивший село Карамахи. Неожиданно для всех он вполне положительно отозвался о деятельности ваххабитских джамаатов. Это вызвало полное смятение среди традиционалистов, которые оценили визит Степашина как неприкрытое предательство их федеральной властью. Произошедшее показало традиционалистам, что они не могут рассчитывать на поддержку федеральных властей, и готовящаяся попытка отбить Кадарскую зону было отложена. Через год это привело к тому, что напавшие на Дагестан боевики Хаттаба и Басаева изначально имели на территории республики хорошо укрепленный дружественный им плацдарм.
Противостояние ваххабитов и традиционалистов достигло апогея в августе 1999 года, когда банды Басаева и Хаттаба вторглись на территорию Дагестана. Разгром этих банд вначале в Дагестане, а затем и на территории Чечни позволил традиционалистам развернуть наступление на ваххабитов и в значительной степени выдавить это течение в маргинальное подполье.
Итогом борьбы между последователями традиционных течений и ваххабитами на Северном Кавказе стала выработка политики на уровне региональных органов власти по контролю над религиозной деятельностью. 16 сентября 1999 года был принят закон о запрете ваххабитской деятельности на территории Республики Дагестан. Власти сделали ставку на влиятельных шейхов суфийских тарикатов, предоставив им свободу рук в отношении салафитов. Можно сказать, что это решение также не отличается глубиной проработки, так как усилившиеся суфии повели беспощадную борьбу не только с ваххабитами, но и стали проводить не всегда дружественную политику (по крайней мере в информационном поле) по отношению к традиционалистским структурам управления центральной России. Периодическая полемика, возникающая между ними, не всегда выглядит оправданной в свете существования гораздо более серьёзного противника.
Так или иначе, но ваххабизм на территории Северного Кавказа удалось во многом маргинализовать и загнать в подполье. Вряд ли его удастся искоренить в ближайшее время, тем не менее главная цель, которую преследуют в своей политической деятельности ваххабиты — создание государства «чистого ислама» на территории Северного Кавказа, скорее всего, уже недостижима. Оговоримся — речь идет о той ситуации, в которой сохранятся существующие тенденции. События Арабской весны развиваются крайне непредсказуемым образом, и в случае, если ее результатом станет полная дезинтеграция всего региона Ближнего Востока, радикальный ислам, скорее всего, получит новый импульс в своем развитии и распространении. В этом случае Северный Кавказ вновь станет передовой линией фронта столкновений традиционного ислама и ваххабизма.