Макарьевская премия была учреждена в 1867 г. указом Александра II. Премия Императорской академии наук, которая после смерти митрополита Московского и Коломенского Макария (в миру — Михаил Петрович Булгаков 1816–1886) стала носить его имя. Присуждалась она российским ученым, работавшим в области гуманитарных (прежде всего исторических) наук. Основу премиального фонда составляли авторские гонорары, полученные Макарием за его исторические и богословские труды. С 1917 г. не вручалась. По инициативе Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и московской мэрии, премия была возрождена в 1996 г. Учредителями фонда выступили Московская Патриархия, правительство Москвы и Российская академия наук.