Возвращавшиеся киргизы подвергались избиению кулацких элементов и массовому уничтожению со стороны карательных экспедиций. В рапорте Стефановича многие факты освещаются в извращенном виде. Когда бегство в Китай приняло массовый характер и предстала реальная опасность обезлюдения края, генералом Куропаткиным был отдан приказ «Догнать и водворить на место». В погоню за уходящим народом были посланы карательные экспедиции. Начались деятельные переговоры с китайским правительством о недопущении киргиз на китайскую территорию.
Фактически благополучно перейти границы Китая могли только те, которые заплатили богатую мзду китайским пограничникам (в частности Шабдановы заплатили 35 тыс. руб. и беспрепятственно перешли границу вместе со своими стадами). Бедняков же ожидали свинцовые пули карательных экспедиций или в лучшем случае полуголодное существование в Нарынском крае.
Обратный путь киргиз проходил в ужасных условиях. В том году рано выпал снег, и киргизам пришлось возвращаться, когда перевалы были уже закрыты. Беглецы потеряли большую часть скота, который погиб за отсутствием корма, люди умирали от голода, холода и тяжести пути, бросая на дороге беспомощных стариков и детей. Начались эпидемии тифа и черной оспы.
Войсками полковника Гейцига в ноябре месяце захвачено было 300 киргиз-повстанцев и отобрано у них 80 лошадей, 100 голов рогатого скота и 800 баранов. Отряд Бычкова при одном из походов задержал группу киргиз и отобрал у них 639 лошадей, 495 голов рогатого скота, около 9 тыс. баранов и 108 верблюдов. Помимо этого киргиз мобилизовали для уборки хлеба у русских крестьян.
По ходатайству казахов рола Албан, бежавших в пределы Китая, в результате переговоров с Уч-Турфанскими властями, Фольбаум разрешил 17 волостям вернуться, но с условием доставки 1 тыс. лошадей в Пржевальск для крестьян по уборке урожая. Согласно этим условиям табун должны были пригнать 50 человек, т. е. по три табунщика от каждой волости, а также пригнать 3 тыс. лучших лошадей для действующей армии. В этом случае мятежникам обещали помилование, в противном случае Фольбаум угрожал отрядами казаков и пушками. Само собой разумелась при этом сдана оружия и выдача главарей мятежа. Указывалось также, что если вместо настоящих главарей пришлют других, то раскаяние не будет принято.