В нижнем этаже Больничных палат разместился отдел музея «Памятники монастырского некрополя XV - XVIII веков». Здесь собраны древние надгробные плиты, найденные на территории лавры при различных реставрационных и земляных работах.
С XIV века в Троице-Сергиевом монастыре хоронили представителей высшей феодальной знати, дворян, духовенства, а также монастырских слуг и крестьян. Для того чтобы быть погребенными в монастыре, нужно было сделать вклад деньгами, вотчинами или имуществом. Состоятельные люди давали большие вклады, и их хоронили у главных соборов и церквей, монастырских ремесленников и крестьян - в юго-восточном углу монастыря, на менее почетном месте. Таким образом, и здесь сказывалось социальное неравенство феодального общества.
На могилы обычно клали белокаменные надгробные плиты с надписью и орнаментом. Очень часто эти надписи дают сведения о лицах, неизвестных по другим историческим источникам. Иногда они дополняют сведения о видных государственных деятелях.
Характер надписей на плитах и орнамент изменялись с течением времени. Поэтому дату изготовления надгробия, если она не сохранилась, можно приблизительно определить по шрифту и орнаменту. Древние плиты (до середины XVI века) имеют орнамент в виде трехгранной насечки, более поздние - орнамент, напоминающий жгут. Украшение плит обычно заимствовали с узоров на деревянных произведениях народного искусства.
В музее хранятся самые ранние надгробия из всех известных в Москве и Подмосковье. Это белокаменная плита 1494 года Юрия Романовича Алексеева и плита 1495 года новгородского архиепископа Сергия. Надгробная плита Сергия имеет сложный геометрический орнамент и длинную надпись древним почерком - полууставом. Бывший протопоп московского Успенского собора Симеон постригся в Троицком монастыре с именем Сергия. Архиепископ Сергий явился орудием московского князя Ивана III в наиболее напряженной политической борьбе Москвы с Новгородом. Он стал первым московским представителем на архиепископской кафедре в Новгороде.
Редкими находками являются и плиты первой четверти XVI века, имеющие самые разнохарактерные надписи и наиболее архаические элементы геометрического орнамента. Большинство этих надгробий принадлежит потомкам удельных князей, потерявшим к XVI веку свою политическую самостоятельность. Их родовые вотчины часто переходили во владение разбогатевшего Троицкого монастыря, предоставлявшего им право быть погребенными за его стенами. Так появились могилы князей Суздальских, Шуйских и Горбатых-Шуйских, известных политических деятелей и полководцев времен Ивана III, Василия III и начала правления Ивана IV. Тут же надгробия князей Воротынских. Эти князья перешли на службу к Ивану III из литовского подданства. Рядом надгробия князей Холмских и тверского боярина Сакмышева. Большой интерес представляет маленькая детская белокаменная гробница из некрополя князей Голицыных.
В Троицком монастыре издавна были свои мастера белокаменщики, высекавшие на надгробиях орнамент и надписи. Именно поэтому некоторые надгробные плиты исполнены чрезвычайно тщательно и художественно оформлены. Орнамент и надпись на них отлично распределены. Образцом резьбы по камню является надгробная плита 1567 года Евдокии Кутузовой и плита 1580 года младенца Исидора Воейкова.
Большой исторический интерес представляет фрагмент надгробной плиты 1561 года сына Василия Ивановича «Шемячича» по прозванию Севрюк (это прозвище идет от удела князей - Новгорода-Северского). Никаких исторических сведений об этом последнем потомке удельного князя Дмитрия Шемяки до находки надгробного камня не было. После смерти «в опале» Василия Ивановича Шемяки сын нашел себе приют в Троицком монастыре и был погребен как простой монах на братском кладбище вдали от «больших» родов.
В период опричнины в Троицком монастыре погребали опальных бояр Оболенских и Кашиных-Оболенских и самих опричников. В опричнине был погребенный здесь князь Андрей Петрович Телятевский, умерший в 1569 году в Калуге.
Из надгробий XVII века большой интерес представляют плиты, которые были положены на могилах мастеровых, крестьян или слуг монастырских. Под плитой 1605 года был погребен Севастьян Квасник - москвич по происхождению, занимавшийся, по-видимому, в монастыре изготовлением квасов. На сельском погосте Клементьевской слободы было найдено надгробие монастырского слуги Якова Петровича Дементьева. Искусно высеченная монастырскими мастерами надгробная плита исполнена по заказу его сына Неустроя в 1636 году.
В окрестностях Загорска в глухом старом ельнике был найден белокаменный крест 1694 года. Из надписи на нем явствует, что крест был поставлен на могиле монастырских крестьян села Благовещенского, «убитых… у монастырского сена на пустоши овсяниках». Документы дали возможность установить, что крестьяне села Благовещенского были убиты крестьянами села Черная речка, за что последние уплачивали монастырю большую сумму денег.
Таким образом, каждое из представленных в экспозиции надгробий заслуживает большого внимания не только как памятник эпиграфики и художественной резьбы по камню, но и как памятник истории.