Статья 346.24 Налогового кодекса Российской Федерации (далее – НК России) обязывает налогоплательщиков, применяющих упрощенную систему налогообложения, вести налоговый учет показателей своей деятельности, необходимых для исчисления налоговой базы и суммы налога, на основании книги учета доходов и расходов. Законом о бухгалтерском учете предусмотрено освобождение от обязанности ведения бухгалтерского учета организаций, перешедших на упрощенную систему налогообложения. В соответствии с пунктом 7 статьи 346.26 НК России налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения. При этом учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении видов предпринимательской деятельности, подлежащих налогообложению единым налогом, осуществляется налогоплательщиками в общеустановленном порядке.
Закон не освобождает организации, осуществляющие предпринимательскую деятельность, подлежащую налогообложению единым налогом на вмененный доход для отдельных видов деятельности, от обязанности ведения бухгалтерского учета.
Таким образом, организация, применяющая по разным видам деятельности два специальных налоговых режима, один из которых согласно не освобождается от ведения бухгалтерского учета, должна вести бухгалтерский учет, составлять и представлять в налоговый орган бухгалтерскую отчетность в целом по всей организации.