Вы уже знаете, что отъезд из Германии стал бы для меня очень болезненным. Я уеду лишь в случае абсолютной необходимости.
По результатам расследования Гейзенберга сочли типичным аполитичным профессором, всегда готовым встать на защиту Германии – он доказал это в 1919 году, когда участвовал в подавлении Баварской Советской Республики, и в 1935-м, когда записался в резервисты. В деле указывалось, что он получил образование по «еврейской методологии», однако постепенно «приблизился к интуитивному арийскому образу мыслей» и теперь «утверждает, что физическая теория есть не более чем гипотеза, позволяющая физикам-экспериментаторам исследовать природу».
В июле 1938 года Гиммлер приказал прекратить кампанию против Гейзенберга, однако предупредил его в письме: «[…] Будет лучше, если далее вы в своих выступлениях будете различать для себя результаты научных исследований и личную и политическую деятельность их авторов». Иными словами, Гейзенберг мог говорить о теории относительности, но не об Эйнштейне.
Вскоре после получения письма Гейзенберг был мобилизован на несколько месяцев и отправлен в Чехословакию на время так называемого Судетского кризиса, который завершился аннексией части Чехословакии. Однако полностью Гейзенберг был реабилитирован в глазах правительства только в 1942 году, когда он принял участие в немецкой ядерной программе. Незадолго до этого состоялось собрание сторонников и противников «арийской физики», на котором было принято компромиссное решение: преподавание теоретической физики и теории относительности было разрешено, однако упоминать имя «еврея Эйнштейна» по-прежнему запрещалось.
Гейзенберг всеми силами старался избегать идеологических дискуссий. В своих статьях и докладах, в выступлениях перед промышленниками, инженерами, военными и государственными чиновниками он всегда настаивал на том, что теоретическая физика высокого уровня (к ней относится и современная физика) играет крайне важную роль в образовании будущих поколений физиков и способствует продуктивному сотрудничеству науки и техники.