12 (24) июня 1812 г. 600-тысячная армия императора Франции Наполеона I, в которой насчитывалось 120 тыс. поляков, перешла р. Неман и вторглась на территорию Беларуси. Чтобы добиться поддержки у польских и местных белорусских землевладельцев, Наполеон накануне войны пообещал возродить Речь Посполитую в границах 1772 г. Поэтому значительная часть местной шляхты не поддерживала оборонительных мероприятий царской администрации и, в частности, сохранила продовольственные склады до прихода наполеоновских войск.
Отступление 1-й и 2-й российских армий под началом генералов М. Барклая де Толли и П. Багратиона по белорусским землям сопровождалось боями с наполеоновскими войсками. Они произошли под Вишнево, Ивенцом, Борисовом, Свислочью, Игуменом, Старым Быховом. Наиболее значительные сражения состоялись в районе м. Мир и под Кобрином. В боях под Могилевом у деревень Салтановка, Дашковка и Новоселки российские воины проявили образцы мужества и героизма. В составе российских войск сражалось значительное число белорусов. В июле 1812 г. большая часть Беларуси (кроме южных уездов) была занята войсками Наполеона.
Население Беларуси разделилось в своих симпатиях: имелись как сторонники России, так и приверженцы Наполеона. Большинство шляхты симпатизировало Наполеону и видело в нем воскресителя Речи Посполитой. Весьма негативно отнеслась к Наполеону православная церковь.
Масса белорусского крестьянства оставалась индифферентной и была озабочена лишь тем, как избежать ужасов войны, сохранить свое имущество. В начале часть крестьянства ждало от Наполеона упразднения крепостного права (как произошло в Польше, где крестьяне в 1807 г. получили личную свободу) и стали нападать на панские усадьбы. Но Наполеон не оправдал их надежд. Он приказал высылать воинские команды для усмирения мятежников. Многие крестьяне, забрав скот и имущество, уходили в леса, начинали партизанскую войну. Наполеон вынужден был оставить в Беларуси 100-тысячный отряд для борьбы с партизанами, охраны коммуникаций, сбора провианта и фуража.
На территории Беларуси создавались вооруженные формирования, которые воевали на противоположных сторонах. Например, для армии Наполеона были созданы четыре полка кавалерии, пять полков пехоты, гвардейский уланский полк и др. С другой стороны – в рядах русских войск под Бородино, показывая образцы мужества и отваги, сражалось не менее 10 тыс. белорусов, которые были рекрутированы в русскую армию. Сотни юнкеров, унтерофицеров и рядовых Литовского уланского полка за участие в битве под Бородино получили военные награды.
1 июля 1812 г. в Вильно была создана Комиссия временного управления Великого княжества Литовского (правительство) из представителей местной шляхты. Возглавил комиссию бывший председатель первого департамента Минского главного суда Каминский. Минским губернатором стал польский аристократ Брониковский. В Витебской и Могилевской губерниях были учреждены комиссии «польского правления», аппарат которых комплектовался польской шляхтой и подчинялся французскому командованию. В скором времени губернии были переименованы в департаменты, которыми управляли французские губернаторы.
Основные тяготы войны легли на плечи крестьянства, которое стало объектом систематических реквизиций и обычного грабежа воюющих сторон. Новая власть увеличивала поборы с населения, не забывая даже взыскать недоимки, образовавшиеся при русской власти. Это вызывало все нарастающее недовольство населения. В немалой степени этому способствовало мародерство наполеоновских солдат. Многие крестьяне становились партизанами, которые при удобном случае нападали на французских солдат. Это партизанское движение доставило множество неприятностей оккупантам, чем объективно помогало русским войскам.
Отступление французской армии проходило через территорию Беларуси. В середине ноября армия Наполеона подошла к Борисову и начала переправляться через Березину в районе д. Студенки. Здесь французы потеряли более 20 тыс. солдат и офицеров. 22 ноября возле Молодечно был разбит последний отряд французской армии. Из Сморгони Наполеон, покинув остатки своих войск, в одежде польского офицера бежал в Париж.
Война принесла белорусскому народу огромные бедствия. Беларусь потеряла миллион жителей, то есть каждого четвертого. Витебск, Полоцк, Гродно и другие населенные пункты были разграблены и сожжены. В Минске в 1811 г. насчитывалось 11200 жителей, а в конце 1812 г. – только 3480.
12 декабря 1812 г. Александр I подписал манифест, провозглашавший «Забвение прошлого, всеобщее прощение». Власти не стали преследовать ни участников войны против России, ни тех, кто работал при Наполеоне в органах управления. Это спасло от разорения многие имения, предотвратило эмиграцию. Дворянство Вильно устроило бал в честь императора России в том же зале, где несколько месяцев назад был такой же бал в честь Наполеона.