В 1802 г. Александр I (1777–1825) своим Манифестом об образовании министерств заменил коллегиальный принцип принятия решений в органах центрального управления на принцип единоначалия а коллегии – министерствами.
Были учреждены следующие министерства:
1) военных сухопутных сил;
2) военных морских сил;
3) иностранных дел;
4) внутренних дел (впервые было учреждено подобное ведомство);
5) юстиции. Первым министром юстиции России стал Г.Р. Державин. Министр юстиции теперь по должности становится генерал-прокурором;
6) финансов;
7) коммерции;
8) народного просвещения (также впервые)
В 10-х гг. XIX в. существовало также Министерство полиции.
Для координации деятельности министерств в 1802 г. был учрежден и Комитет министров, чем были значительно урезаны функции Сената.
Несколько позже Александр I одобрил подготовленные М.М. Сперанским Общее учреждение министерства (1810) и Положение о Комитете министров (1812). Данные акты являлись регламентами деятельности, соответственно, любого из министерств и Комитета министров.
В 1802 г. Александр I попытался вернуть Сенату управленческие гос. функции. Сенат, в частности получал право представления на императорский указ (право ремонстрации), однако его вскоре у Сената отняли, когда сенаторы им попробовали воспользоваться. Вскоре центр тяжести управления государством был перенесен Александром I с Сената на министерства. За Сенатом до 1917 г. окончательно остались лишь судебные и некоторые другие полномочия. К 20-м гг. XIX в. Сенат стал высшим имперским апелляционным судебным учреждением.
Число департаментов Сената (во главе каждого стоял свой обер-прокурор) к середине XIX в. возросло до 127. Первый департамент осуществлял надзор за правительственным аппаратом и проводил обнародование законов. Все остальные департаменты играли роль высших апелляционных судов для определенных губерний империи.
В 1810 г. учрежден Государственный совет, кот. просуществовал вплоть до 1917 г. У Государственного совета первоначально были законосовещательные функции. Делился на департаменты: департамент закона, гражданских и духовных дел, военный и финансовый. После польского восстания 1830 г. в составе Государственного совета был образован спец. департамент дел Царства Польского.
При Александре I Государственный совет занимался ел. вопросами: разработка плана финансовых преобразований с последующим представлением императору (1810); обсуждение плана преобразования Сената, предложенного М.М.Сперанским (1811) разработка проектов гражданского и уголовного уложений на основе наполеоновских кодексов (1812) вопросы создания особого совета кредитных установлений и Коммерческого банка (1816) и пр.
При Александре I Собственная Его Императорского Величества Канцелярия выполняла чисто канцелярские функции при императорском дворе.