Первой серийной модификацией стал Ju 88А-1. Его отличие от Ju 88А-0 заключалось в использовании трехлопастных пропеллеров VDM с изменяемым шагом. Кроме того изменили размещение подфюзеляжной антенны. Была предусмотрена возможность установки дополнительных топливных баков. При бомбонагрузке 1800 кг дальность составляла 1260 км, а при установке дополнительных баков в бомбоотсеках и под крыльями дальность возрастала до 3680 км, при этом бомбонагрузка уменьшалась до 500 кг. В ходе эксплуатации в боевых частях машины Ju 88А-1 постоянно модернизировали. В основном переделки затронули оборонительное вооружение самолета. Уже первые столкновения с английскими истребителями показали, что Ju 88А-1 недостаточно вооружен. Кроме MG 15, размещенного в правом лобовом окне кабины пилота в передней части штурманской кабины устанавливали дополнительный MG 15. Если такая переделка осуществлялась, то передний пулемет MG 15 устанавливали неподвижно. Место стрелка защитили бронелистами, а в левом и в правом бортах установили по дополнительному пулемету MG 15. В дальнейшем на месте одиночного пулемета, защищавшего заднюю полусферу установили спарку из двух MG 15. Все эти переделки привели к тому, что вооружение самолета возросло с трех пулеметов до 5-8. Однако, поскольку все эти пулеметы обслуживались отдельно минутная мощность залпа существенно не возросла.
Как и все новые самолеты, Ju 88А-1 не избежал «детских болезней». Так, часто заедало воздушные тормоза в открытом положении, нагруженная конструкция корпуса не допускала маневров на большой скорости, а у самолетов, выпущенных заводами фирмы Арадо в Бранденбурге, часто отказывали шасси.
В конце 1940 года на серийные самолеты стали устанавливать новый лафет для нижнего пулемета. На самолетах этой серии кроме двигателей Jumo 211 В-1, также использовали моторы Jumo 211G мощностью 884 кВт/1200 л.с.
Четвертый прототип, V4, стал первым Ju-88 с характерным остеклением носовой части фюзеляжа – в виде «глаза жука». Экипаж самолета состоял из четырех человек, конструкция планера была рассчитана на выполнение бомбометания с пикирования. Первый полет Ju-88V-4 выполнил 2 февраля 1938 г.
V5 – специальная рекордная машина. Носовая часть фюзеляжа аэродинамически облагорожена, высота фонаря кабины пилота уменьшена, отсутствует подфюзеляжная гондола. Оснащенный двигателями JUMO-21IB пятый прототип выполнил первый полет 13 апреля 1938 г.
V6 – предсерийный Ju-88/1, выполнил первый полет 18 июня 1938 г. За шестым прототипом последовали четыре прототипа серии А, на которых отрабатывались элементы бомбардировочного вооружения, такие как тормозные щитки для бомбометания с пикирования и подкрыльевые пилоны для внешней подвески бомб.