У Хогвартса, помимо надземной, есть обширная подземная часть. Освещенные факелами подземелья, комнаты с каменными сырыми стенами, мрачные коридоры: в некоторые из этих мест легко попасть, другие становятся доступны только с помощью магии.
Уроки зельеварения проходят в подземелье, куда попадают, спускаясь по лестнице из вестибюля (см. с. 61). Сама классная комната очень просторная, вмещает не менее двадцати учеников, да еще с котлами и рабочими столами. Также в подземелье находится кабинет профессора Снейпа, главного специалиста Хогвартса по зельям с 1981 по 1996 год. На полках вдоль стен этой неотапливаемой, плохо освещенной комнаты стоят банки с омерзительным на вид содержимым (и Гарри замечает, что таких банок сотни!). В кабинете есть камин, но им явно очень редко пользуются, а также шкаф с ингредиентами для зелий, принадлежащий лично Снейпу. В январе 1996 года в этом кабинете Снейп дает Гарри уроки окклюменции. После того как Снейпа назначают директором школы, он оставляет подземный кабинет и перемещается в директорский.
31 октября 1992 года в одном из самых просторных подземелий замка проходит вечеринка в честь пятисотлетия со дня смерти сэра Николаса де Мимси-Порпингтона. В полном соответствии с мрачным поводом для праздника подземный зал убран черным бархатом, а черные свечи гигантской люстры горят мрачным синим пламенем. Почти Безголовый Ник приглашает на свою вечеринку Гарри, Гермиону и Рона. Гостям подается испорченная, заплесневелая еда (только такую еду призраки способны почувствовать), а развлекают их музыканты, играющие на пилах.
Кроме трех друзей, все остальные гости на юбилее смерти сэра Ника – привидения. Особо почетный гость – сэр Патрик Делэйни-Подмор, председатель Клуба обезглавленных охотников. Призраки-охотники отказываются принять сэра Ника в свой клуб, ссылаясь на тот факт, что казнь рыцаря была произведена неправильно (голову не полностью отделили от тела). Сэр Патрик завладевает вниманием гостей и те совсем забывают о сэре Нике, чем очень обижают его. На вечеринке среди прочих гостей присутствует также рыцарь со стрелой, торчащей изо лба. Некоторые предполагают, что это призрак Гарольда II, последнего англосаксонского короля Англии, который погиб во время вторжения Вильгельма Завоевателя.
На уровень выше подземелий с призраками, прямо под Большим залом, находится кухня (см. с. 78). – помещение с высокими потолками и большим очагом.
Гостиная Хаффлпаффа, расположенная на том же этаже, что и кухня, также относится к подземной части Хогвартса. Хаффлпафф и Слизерин – два факультета с подземными жилыми помещениями. Это отличает их от Гриффиндора и Равенкло, чьи гостиные расположены высоко в башнях.
В Тайную комнату, как и в тайник, где спрятан Философский камень, попадают через второй этаж. Сама комната, однако, находится под землей, возможно, даже где-то под озером. Словом, несомненно, подземелья Хогвартса скрывают еще много тайн.