Ряд сложных чар маскируют и защищают Хогвартс от незваных гостей, как маглов, так и магов. Например, маглы, бродящие в непосредственной близости от замка, увидят только руины и некие знаки, побуждающие тут же покинуть это место. Волшебники и волшебницы, в свою очередь, столкнутся с очень мощной магической защитой, предотвращающей проникновение чужих на территорию школы. Гермиона читает в «Истории Хогвартса» о том, что магловские технологии и приборы не работают на территории школы, поскольку высокая концентрация магии вызывает сильнейшие помехи.
В замке и его окрестностях нельзя трансгрессировать (Гермиона часто напоминает об этом Гарри и Рону). Однако эти защитные чары не действуют на домашних эльфов: их магические способности волшебники, похоже, просто не учитывают при наложении чар на территорию Хогвартса. Точно так же и феникс Фоукс может исчезать и появляться в другом месте во вспышке пламени. Этим пользуется Дамблдор, когда Корнелиус Фадж пытается арестовать его, Дамблдор хватается за хвостовые перья Фоукса и исчезает вместе с птицей. Но ученики должны уметь трансгрессировать, поэтому на время их тренировок в Большом зале запрет на трансгрессию снимается (правда, только в Зале).
В разное время в охране замка участвовали зловещие дементоры и бесстрашные волшебники-авроры. Когда Гарри учится на третьем курсе, Министерство магии вызывает в Хогвартс дементоров. Они окружают школу, чтобы помешать Сириусу Блэку проникнуть в школу. Охрана еще больше усиливается после того, как Блэку все-таки удается попасть в замок; профессор Флитвик, например, даже учит двери главного входа распознавать Блэка по его фотографии.
Три года спустя, после того как возвращение Волдеморта было публично признано и Руфус Скримджер занял пост министра магии после позорного ухода Корнелиуса Фаджа, Министерство направляет в Хогвартс группу авроров. Уже существующая защита замка усилена, и добавлены дополнительные меры безопасности – защитные заклинания и чары, а также ряд контрзаклятий. Дамблдор самолично заколдовывает ворота замка. Филч использует датчик секретности, который обнаруживает сглазы, проклятия и маскирующие чары. Этим датчиком смотритель также проверяет, нет ли у учеников, входящих в замок или выходящих из него, запрещенных предметов. Позже Дамблдор снимает свои собственные чары, возвращаясь с Гарри в школу из Хогсмида (после их путешествия в пещеру на берегу моря).
Перед Битвой за Хогвартс профессор Макгонагалл просит преподавателей принять все возможные меры защиты. Профессор Флитвик произносит сложнейшие заклинания, специфический звук которых напоминает шум вихря, проносящегося по замку.