Михаил Александрович Черкасский происходил из княжеского рода. А сам род сложился в России во второй половине XVI века и состоял преимущественно из поступавших на русскую службу правителей Кабарды — потомков Идара-мурзы. Фамилия рода происходит от распространенного в средние века наименования северо-кавказских адыгейских племен — черкесов. Черкасские вошли в правящую верхушку страны, приняли христианство. В XVI–XIX веках наиболее известными были Михаил (Салаткул) и Михаил Алегукович (Александрович).
Михаил Черкасский поочередно занимал должности стольника при дворе царя, воеводы в Великом Новгороде, Казани. Вместе с русским войском под командой Г. Ромодановского ходил против турок и крымских татар.
В январе 1664 года польский король Ян Казимир двинул свои войска на север к русским границам. Задача у него была одна — попытаться соединиться с литовским гетманом Сапегой и продолжить борьбу с Иваном Брюховецким, новым украинским гетманом, ориентировавшимся на союз с Россией. Но Россия решила помочь гетману и двинула наперерез Яну Казимиру свои войска. К Брянску вывел свои полки воевода Барятинский, чуть позже сюда же прибыли войсковые группировки путивльского воеводы Куракина и «большого воеводы» князя Черкасского. Соединение поляков и литовцев не состоялось, а у крепости Глухово войска Яна Казимира и вовсе были разбиты. Русским достался обоз и пушки польского войска.
Михаил Александрович Черкасский командовал войсками и во время Чигиринских походов 1677–1678 годов.
В январе 1679 года в Москву пришло известие, что весной султан и великий визирь собираются в поход на Киев. По «росписи» Разрядного приказа в распоряжение «большого воеводы» Михаила Черкасского было выделено сто тридцать тысяч «ратных людей», из них семьдесят одна тысяча конницы и сорок две тысячи пехоты. Полки Черкасского быстро выдвинулись за границу России, сосредоточились в Переяславле, Киеве, Путивле, Сумах и были готовы встретить противника. Но турецкий султан на новый поход не решился. В мае 1679 года с турками начались переговоры о границе Русского государства на юге и закончились только в 1681 году.
Князь Черкасский участвовал в Крымских походах под руководством В. В. Голицына. Походы были неудачны, но репрессий в отношении военачальников А. С. Шеина, Б. П. Шереметева и М. А. Черкасского не было. Более того, в 1693 году Черкасский в свите императора Петра I ездил в Архангельск.
Страстно пробивавший для России выходы к морям, Петр I предпринял в 1695 году Азовский поход, пытаясь отвоевать у турок выход к Азовскому и Черному морям. Поход оказался неудачным, поскольку Петр не смог обеспечить блокирование Азова с моря. К тому же участвовавшие в походе воеводы были наделены равными правами, и это вносило в военные действия недисциплинированность и неразбериху. Но надо отдать должное Петру — он учел опыт. И ввел в войсках единоначалие, решив назначить на время нового похода генералиссимуса. На военном совете, обсуждавшем план второго Азовского похода, генералиссимусом был назначен князь Михаил Александрович Черкасский. Предусмотрел Петр и необходимость замены — в случае болезни Черкасского его место должен был занять воевода и боярин А. С. Шеин.
Выбор кандидатуры Черкасского был не случаен. Князь был старше других по чину и по возрасту.
Черкасский начал подготовку ко второму Азовскому походу, но болезнь помешала ему ее закончить. Продолжил готовить русские войска уже А. С. Шеин.
Остаток своей жизни М. А. Черкасский прослужил при царском дворе. Умер он в первой четверти XVIII века.