Завладяването на България в края на XIV в. довежда до унищожаването на административните и духовните институции, учредени и функциониращи в средновековната българска държава. Ликвидирана е и Търновската патриаршия, която в продължение на повече от два века обединява в едно духовно цяло българите от различните географски области. В кървавата драма, разиграла се в злощастната държава, рухва опората на собствените ръководни органи, на духовната подкрепа на църковната организация. Само югозападните български покрайнини остават под върховенството на Охридската архиепископия и на сръбската Ипекска патриаршия.
През 1453 г. столицата на Византия — Константинопол, пада под напора на азиатските нашественици. Завоевателят Мехмед II е изправен пред трудната задача да регулира отношенията между шериатската система на Османската империя и многобройните християнски поданици. Ръководен от държавнически съображения, той прибягва до използването на някои стари византийски институции — на първо място, на Вселенската източноправославна патриаршия. Султанът не само признава дотогавашните й привилегии, но дарява патриарха и висшия клир с още по-широки права. Наред с религиозната, великата църква добива и широка светска юрисдикция. Патриархът се превръща в единствен посредник между султанската власт и християнското паство, носещ отговорност за неговото верноподаничество. Целият висш клир е освободен от данъци към държавата, а църковните имоти са подчинени на специален режим.
Под властта на тази облагодетелствана от султана институция през втората половина на XV в. попада значителна част от българските земи. С унищожаването на Ипекската патриаршия през 1766 г. и на Охридската архиепископия през 1767 г. всички земи от диоцеза на някогашната Търновска патриаршия минават под властта на Цариградската патриаршия.
Насилственото налагане на политическото господство на османската държава и духовната власт на гръцката църква над българите натрупва труднопреодолим негативизъм, характерен най-вече за първите векове на чуждото потисничество. Макар и обединени в едно от чуждата държава и църковна власт, българите са поставени в условията на двоен иноземен гнет. Изхвърлянето на българския език от богослужението, прогонването на българските свещенослужители, унищожаването на старата българска книжнина са явления, които се срещат твърде често. И макар тези прояви да не са плод на една целенасочена и последователна политика в първите три века на османското владичество, отношенията между българите и гръцкото духовенство са белязани още от средата на XV в. със знака на противопоставянето.
В същото време трябва да се каже, че в обединението на българите под върховенството на Цариградската патриаршия могат да се посочат и някои положителни страни. Запазването на вярата способства в голяма степен за запазването на българския народ и за съхраняване на неговото народностно съзнание. Разбира се, дял в този процес има и несъвместимостта между исляма и източноправославното християнство като духовни и ценностни системи на покорители и покорени. Тази положителна страна от господството на чуждата духовна власт не трябва да се подценява, но тя не трябва и да се надценява и абсолютизира.
През първите три века на османското господство противоречията между българите и гръцкото духовенство се обуславят най-вече от икономическия гнет и от народностните различия. Представителите на старата гръцка аристокрация, населяващи цариградския квартал „фенер“, превръщат църквата в доходно предприятие. Търговията с духовни длъжности достига небивали размери, а всичко това се отразява пагубно най-вече върху християнското паство, принудено да плаща всевъзможни „доброволни“ и задължителни такси, данъци и помощи на църквата. Процъфтяването на „симонията“ довежда до затъването на патриаршията в дългове, които в средата на XVIII в., според патриарх Самуил, са по-тежки от египетските пирамиди. Към всичко това се прибавя неприязненото и незаинтересованото отношение на гръцкото духовенство към българите. Налагането на гръцкия език в църковното богослужение и в общуването между патриаршеското духовенство и българския народ изостря противоречията между тях. Чуждата църковна власт се превръща в пречка за развитието на езика, книжнината и образованието. И ако в първите векове тези противоречия се проявяват спорадично, то през Възраждането те стават ежедневни.
През XVIII в. настъпват значителни промени в живота на покорените християнски народи. Поради ред обективни причини гръцкото национално възраждане се проявява най-рано. През този период Цариградската патриаршия започва да действа като гръцка национална институция, подкрепяща появилата се „мегали идея“. Израз на тази нова политика е унищожаването на сръбската Ипекска патриаршия и Охридската българска архиепископия. С утвърждаването на възрожденските процеси аси-милационната политика на патриаршията излиза все повече на преден план.
По въпроса за началото на тази политика в българската историческа литература съществуват много разнообразни мнения, но определено трябва да се подчертае, че едва в началото на XIX в. патриаршията започва да провежда ясно изразени действия в това направление. За пръв път в окръжните писма на патриарх Григорий V от 1806 и 1819 г. на гръцкото духовенство се поставя задачата да разпространява гръцкото образование сред християните. Оттогава започва системното преследване и изхвърляне на българския език от богослужението, проявата на особена ревност и грижи за гръцката образованост и гръцката просвета, целенасочената дейност за унищожаване на стара и нова българска книжнина.
Първоначално тези действия не срещат отпор от страна на българското население. Последното участва в подготовката на гръцкото въстание и в самия ход на военните действия под девиза „борба за вяра“. И самото гръцко духовенство не възприема еднозначно новата политика на своята църква. С течение на времето обаче нещата се променят и гърцизмът се превръща в смъртна заплаха за българския народ.
Конфликтът между българския народ и гръцкото духовенство прераства в движение за пълно скъсване с чуждата църковна опека и духовно обособяване на българския народ. Предпоставките за това движение са ясно изразени още в средата на XVIII в. Доказателство за това са идеите на П. Хилендарски, отразени в неговата история. Като разкрива миналото величие на българската държава и църква, той всъщност трасира пътя на борбата за духовна самостоятелност. Най-будните съвременници на Хилендарския монах възприемат неговите виждания, но преходът към организирано църковно-национално движение продължава десетилетия и преминава през поредица местни конфликти между българските първенци и гръцкото духовенство.
Като начало на тези конфликти българската историопис посочва врачанските събития от 1824 г., когато местните чорбаджии, под ръководството на Димитраки х. Тошев, настояват гръцкият владика Методий да бъде заменен с българина Гаврил Бистричанин. Причината за конфликта е нареждането на търновския митрополит Иларион Критски за събиране на 7 гроша извънреден данък под формата на еднократна помощ. Този акт предизвиква широко недоволство сред българите в подчинената на търновския митрополит епархия. Освен това моментът за такъв протест бил твърде благоприятен, тъй като турците, след избухването на гръцкото въстание, били враждебно настроени срещу гърците. Като се позовават на султански ферман, в който се регламентира процедурата по събирането на данъци от страна на духовната власт, врачанските първенци решават да се възползват от възникналата ситуация и да злепоставят не само Методий, но и Иларион Критски. Уверени в своята победа, те влизат в преговори с Гаврил Бистричанин и му предлагат да го издигнат за врачански епископ.
Врачанските събития имат драматичен финал. Инициаторите са арестувани, а през 1827 г. Димитраки х. Тошев е екзекутиран във Видин. Целта обаче, макар и наполовина, е постигната — Методий е отстранен от заемания пост. Подобен характер имат скопските събития от 1825 г., когато местният чорбаджия х. Трайко настоява за отстраняването на гръцкия владика. През 1827 г. конфликтна ситуация с търновските чорбаджии създава митрополит Иларион Критски. Две години по-късно се надигат самоковските първенци срещу владиката Игнатий…
Посочените събития не могат да се приемат за начало на организирано църковно-национално движение, тъй като чорбаджиите се стремят да заменят „непослушните“ гръцки владици с „послушни“, пък били те и българи. В тези спорове с гръцкото духовенство местните първенци не търсят подкрепата на българския народ, а се домогват преди всичко до благоволението на висшите турски сановници. И все пак припламването на първите искри показва появата на една нова, и при това трайна тенденция, чиято насоченост и крайна цел изкристализира ясно с напредването на новите процеси и с укрепването на българското национално съзнание.
През втората четвърт на XIX в. българското общество все по-осезателно променя своя социален и духовен облик. Укрепналата материално буржоазия се превръща във фактор, който държи на взаимността в отношенията с останалите партньори. Превърнала се в реална сила, тя застава начело на българите в стремежа им към светска просвета и духовно обособяване. Прокламираният Гюлхански хатишериф, гарантиращ живота, честта и имота на всички поданици на империята, дава законно основание на българските въжделения. Особено важно условие за самостоятелността в църковно отношение се оказва прокламираното право на свобода на вероизповеданията в Турция.
Важно място в този процес има и влиянието на съседните балкански страни и най-вече на гръцкото кралство. Само няколко години след извоюване на независимостта си Гърция се отделя от Цариградската патриаршия и създава своя автокефална църква. Този акт, осъществен през 1833 г., е предшестван от поредица конфликти и остри стълкновения, но като краен резултат исканията на гърците стават факт.
Началото на организираното църковно-национално движение се поставя през 1838 г., когато търновските граждани под ръководството на Неофит Бозвели издигат искането за назначаване на българин за търновски митрополит. По това време Търновската епархия обхваща цяла Северна България и част от Югоизточна България, а търновският митрополит носи титлата „Екзарх на цяла България“.
Повод за започване на борбата на българите дава търновският митрополит Панарет, назначен на този пост след смъртта на Иларион Критски през 1838 г. Макар и духовно лице, новият митрополит обичал твърде много светските радости, което предизвиква силно недоволство сред населението. Чашата на търпението прелива, когато той наклеветява българите, обвинявайки ги в бунтовничество. Тогава жителите на 16 кази съставят прошение до Високата порта и Цариградската патриаршия, с което настояват за смяната на Панарет с Неофит Бозвели. На следващата, 1839 г., Бозвели заминава за Цариград, за да организира тамошните българи в подкрепа на издигнатото искане. През 1840 г. в турската столица пристига и нарочна търновска делегация, която носела прошението на 16-те кази. Турското правителство приема благосклонно подетата от българите акция, но тя завършва с неуспех, тъй като Патриаршията съумява да подкупи търновските делегати. За нов митрополит е назначен Неофит Византиос, като се разчитало, че името му ще заблуди обикновените миряни. Неофит Бозвели е издигнат за протосингел на търновския архиерей с обещанието, че ако стриктно изпълнява своите задължения, ще получи епископски пост, но тъй като Бозвели продължава борбата и срещу новия митрополит, той е заточен в Хилендарския манастир на Света гора, където остава до 1844 г.
Подетата от търновци борба срещу митрополитите Панарет и Неофит Византиос се различава по своя характер от споменатите събития във Враца, Скопие, Самоков. След издаването на Гюлханския хатишериф в редица епархии недоволството от гръцките владици се превръща в истинско движение за тяхното изгонване. По такъв начин започнатата в Търново борба се разпространява и в останалите райони на българските земи и приема формата на национално движение, насочено срещу господството на Цариградската патриаршия. Начело на движението за самостоятелна църква застава укрепналата българска буржоазия. То е подкрепено от интелигенцията, от свещениците, от мнозинството на българските чорбаджии — т.е. от всички просветени българи. Активно участие в него взема и българската емиграция в Южна Русия, Молдова, Влашко, Австрия.
Първите сериозни сблъсъци с гърците налагат създаване на ръководен център, който трябвало да координира и направлява борбата на българите. Тази идея е реализирана в Цариград, където по това време живеят много български търговци, занаятчии, учащи. Според различни сведения техният брой е между 25 и 40 хиляди. В турската столица са едни от най-богатите и влиятелни българи като Стоян Чалъков от Копривщица, братя Гешови, Христо и Никола Тъпчилещови, младият Г. С. Раковски, Гаврил Кръстевич, Сава Доброподни. Тук е и внукът на С. Врачански — Стефан Богориди, който се издига най-високо от българите в административната йерархия на империята и който има силни позиции сред висшата турска администрация. Като организатори на цариградските българи се изявяват Иларион Стоянов Михайловски и Неофит Бозвели, който през 1844 г. избягал от Атонския полуостров и се установява в Цариград. С помощта на поляка Михаил Чайковски двамата подават по един меморандум до Високата порта през септември 1844 г. Най-същественото в двете изложения е следното: в българските земи да се назначават български владици; на владиците да им се определи заплата; владиците да се избират и сменят от народа; българският народ да има свои представители в Цариград за непосредствена връзка с турското правителство; да се построи българска църква в Цариград начело с български владика; да се разреши свободно издаване на български вестник и български книги; свобода за откриване на български училища; създаване на смесени българо-турски съдилища.
Това е първата българска програма по църковния въпрос, чиято същност се заключава в осигуряване на културно-духовна самостоятелност и политическа независимост от страна на Цариградската патриаршия. Евентуалното получаване на исканите права означава дефакто признаване на българската нация.
В своята дейност Неофит Бозвели и Иларион Михайловски търсят и намират подкрепата на полските емигранти в Цариград. Благосклонното отношение на Високата порта към българските искания и помощта, която те получават от Михаил Чайков-ски и френската мисия в турската столица, принуждават Патриаршията да активизира дейността си в защита на своите интереси. Връзките на Бозвели и Михайловски с полските емигранти са представени пред руските дипломати в Цариград като стремеж към нарушаване единството на православието. Опряна на руското посолство, Цариградската патриаршия, без да иска разрешение от Високата порта, заточава Неофит Бозвели и Иларион Михайловски през юли 1845 г. на Атонския полуостров. Там Бозвели умира през 1848 г.
След заточаването на двамата водачи цариградските българи насочват вниманието си към изграждане на българска църква в столицата, която да служи като символ на съществуването на отделна нация в империята. Това искане, издигнато от Бозвели и Михайловски, е подновено през 1847 г. от Александър Екзарх. Като използва личните си връзки сред турските управляващи среди, той прави опит да издейства ферман за построяване на български храм в Цариград.
През 1848 г. 24 еснафски сдружения упълномощават аба-джийския първомайстор Никола Сапунов да действа в същото направление. За получаване на султански ферман съдейства и княз Стефан Богориди. Заедно с това той подарява и една своя къща, която трябвало да послужи като параклис и основа за изграждане на българската църква. През лятото на 1849 г. в отговор на молбата на Стефан Богориди е издаден султански ферман, който разрешава построяване на български храм на мястото, подарено от родолюбивия българин в квартала „Фенер“. За кратко време параклисът под името „Св. Стефан“ е построен, а на 9 октомври 1849 г. се извършва тържественото му освещаване. През юли 1851 г. е изработен и уставът на българската цариградска община. В избраното настоятелство, състоящо се от 24 души, има представители на еснафските организации, на търговското съсловие и на българската интелигенция. На 15 август 1851 г. за епископ на новоучредения храм е ръкоположен сърбинът Стефан Ковачевич.
Формираната цариградска община се превръща в ръководен център, направляващ движението за културна и духовна еманципация на българите. Междувременно Александър Екзарх откупува „Цариградски вестник“ и печатницата му, заема се с редактирането и издаването на вестника, който се превръща в печатен орган на учредената българска институция. Така идеята на Бозвели и Михайловски за организация и ръководен център получава реализация през 1850–1851 г.
През Кримската война в много епархии църковното движение заглъхва. Българите повярвали, че идва техният ред за добиване на политическа самостоятелност, както това става със съседните балкански народи в предходните руско-турски войни. След разгрома на Русия и след приключването на войната обаче движението се разпростира с още по-голяма сила. За това допринася и наложеният на султан Абдул Меджит нов реформен акт — Хатихумаюн, издаден на 18 февруари 1856 г. Хатихумаюнът потвърждава реформите, обявени с Гюлханския хатишериф, и предписва реформи в църковното управление. Макар че в много отношения, както предходните подобни актове, така и той остава само на книга, все пак българите намират в него законно основание да продължат започнатата борба.
Още през пролетта на 1856 г. е подадена молба до султана, в която от името на 6 400 000 българи се поставят две искания: да се даде правото на българския народ да си избира един върховен църковен глава и един върховен граждански началник, по народност българин. С тези искания всъщност се очертава новата национална програма, която съществено се различава от първата, издигната през 1844–1845 г. Сега вече цариградската българска община поставя открито въпроса за църковна автономия и за относителна административна самостоятелност в рамките на империята.
В името на тези искания цариградската община изпраща в края на 1856 г. писма до градските български общини, като ги приканва да изпратят в турската столица свои представители, които да защитават издигнатите искания. На следващата година в столицата на империята пристигат около 20 пълномощници на общините, които заедно с 40 местни търговци подават до Високата порта повече от 60 молби. В края на краищата тази акция завършва с неуспех, но чрез нея се формира първото българско представителство, избрано от общините.
С тази своя инициатива цариградската българска община окончателно се налага като ръководен център на борбата за самостоятелна българска църква. Водеща фигура е Иларион Макариополски, който през 1850 г. се завръща от заточение, а на 5 октомври 1858 година е ръкоположен за епископ на българската църква „Св. Стефан“ под името Макариополски. Членове на общината са такива видни български общественици като д-р Ст. Чомаков, П. Р. Славейков, Т. Бурмов, Г. Кръстевич.
През 1857–1860 г. движението срещу гръцките владици обхваща всички български провинции. Постепенно се оформя идеята за окончателно скъсване с Цариградската патриаршия. Пример за решително действие дават българите в Кукуш, които се отказват от патриаршията и през 1859 г. приемат унията с римската църква. Под влияние на Иларион Макариополски голяма част от кукушани се отказват от католицизма, след като за владика е поставен желаният от тях Партений Зографски, но завръщайки се в Цариград, Иларион заявява, че жителите на Кукуш го научили как трябва да се действа.
Проведеният през 1858–1860 г. църковен събор отказва да приеме дори умерените искания на Неофит Бозвели. По този начин възможността за разбирателство с Цариградската патриаршия пропада. За българите става ясно, че само с решителни действия може да се постигне желаната развръзка. Така се стига до началото на 1860 г., когато се извършва формалният акт на отделянето на българите от Патриаршията. По предварително разработен план, одобрен от мнозинството на българската община в Цариград, на 3 април 1860 г. — Великден, когато се извършва богослужението в църквата „Св. Стефан“, по искане на присъстващите Иларион Макариополски не споменава според църковните канони името на цариградския патриарх. Този акт означава, че Иларион се обявява за независим от цариградския патриарх духовен глава на българския народ. Заедно с него от Цариградската патриаршия се отделя и българската община в турската столица.
Великденската акция повдига духа на българите, а църковната борба навлиза в своята най-висока фаза. Към позицията на Иларион Макариополски се присъединяват Авксентий Велеш-ки и митрополит Паисий Пловдивски. От много градове са отправени адреси до Иларион като към висш духовен началник на българите, а Високата порта е обсипана с прошения, в които българите заявяват, че се отказват от патриаршията и молят да бъде призната българската църква начело с Иларион Макариополски.
Акцията от 3 април 1860 г. възбужда силно патриотично въодушевление във всички български епархии. Активното участие на българите в насилственото прогонване на гръцките владици превръща църковната борба в мощно народно движение. В него участват всички слоеве на българския народ. Както съобщава Найден Геров, целият народ бил овладян от желанието да се освободи от гръцкото духовенство.
През 1861 г. обаче се наблюдава известно затихване на борбата. Причините за това трябва да се търсят в непостоянната позиция на босфорските политици, които се ръководят от максимата, че когато двама се карат, третият печели. Като се възползва от тази двулична политика, Цариградската патриаршия заточава непокорните владици и за пореден път съумява да овладее ситуацията.
Най-голяма ревност към българо-гръцката църковна разпра проявява Русия, тъй като тя основателно смята, че като едно-верна със спорещите страни има най-голямо право да играе ролята на арбитър. Официалната руска доктрина още от самото начало на конфликта се изразява в безпрекословното отстояване на единството на източното православие. И след Кримската война мнението на Петербург не се променя. Руската дипломация продължава да смята, че отделянето на българите в самостоятелна църква заплашва интересите на северната империя на Балканите.
В началото на 60-те години, когато разривът между българите и Цариградската патриаршия става факт, а католическата и протестантската пропаганда постигат известни успехи сред покорените християни, в официалните руски среди настъпва известна промяна, формират се три течения, които предлагат различни варианти за разрешаване на българския църковен въпрос. Първото течение изразява вижданията на прогръцки настроените среди в руската църква и то се ръководи от оберп-рокурора на Светия синод граф Толстой. До края на църковните борби привържениците му отстояват идеята за единство на източното православие. Второто течение е за компромисно разрешаване на проблема и то се подкрепя от канцлера на Русия княз А. Горчаков. Славянофилите, ръководени от Иван С. Аксаков, са в основата на третото течение, което настоява за подкрепа на българите и за църковното им обособяване.
През 1864 г. за руски посланик в Цариград е назначен генерал Николай П. Игнатиев. Убеден привърженик на първото течение, той прави всичко възможно, за да запази върховенството на Патриаршията над всички християни в империята. Промяната на политическата обстановка през втората половина на XIX в. обаче го принуждава да възприеме линията на компромиса. С негово съдействие през 1867 г. се появява проектът на патриарх Григорий VI, който предвижда църковна автономия за българите в Северна България и Нишко. В края на краищата, страхувайки се от загубването на руското влияние сред българите, Игнатиев се намесва решително в крайната фаза на борбата в тяхна подкрепа.
Недалновидността на Русия е използвана умело от останалите велики сили. Още от самото начало и Англия, и Франция, и Австрия схващат политическия характер на българското църковно движение и правят всичко възможно да го използват за целите на своята политика. Особена активност в това отношение проявява Англия, която се ръководи единствено от своята главна цел — запазване целостта на Османската империя и дискредитация на Русия.
В началото дипломацията на островната държава залага надеждите си на протестантската пропаганда. Тя добива особена сила, след като в 1850 г., по настояване на Англия, турското правителство признава официално със султански ферман съществуването на протестантски народ в империята. Един от първите протестантски мисионери в българските земи е д-р Алберт Лонг, който първоначално се установява в Шумен (1857 г.), а след това в Търново (1859 г.). Мисионери се появяват и в редица други български селища, но протестантската религия привлича незначителен брой последователи. През 1863 г. в Цариград е открито протестантското училище Роберт колеж. Независимо от целите, с които то се открива, в него получават солидно образование много български младежи.
Английската дипломация твърде бързо разбира безсмислието на стремежа за привличане на българите към протестантската църква. Макар да подпомага протестантските мисии и откритите в Пловдив, Ст. Загора, Солун и Битоля училища, макар да подкрепя издаването на книги и в. „Зорница“, в крайна сметка Англия оказва най-значима помощ за разрешаване на българския църковен въпрос. Когато през 60-те години противоречията между гърци и българи достигат своята кулминация, английският посланик в Цариград настоява пред турското правителство за незабавно удовлетворяване на българските искания. Разбира се, и в този случай Англия се ръководи единствено от своите собствени интереси — запазване на мира в Турция — респективно на нейната цялост, и подронване престижа на Русия сред покорените християни. Независимо от тези мотиви позицията на английската дипломация обективно помага най-много в разрешаването на гръцко-българския спор.
След приключването на Кримската война католицизмът активизира своята дейност в пределите на Османската империя. Особено действена в това отношение е Франция, която открива католически мисии в Цариград, Солун, Битоля, Одрин и Пловдив. Не отстъпва по своята инициативност и Австрия. Тя държи в своя обсег преди всичко севернобългарските земи, но настанява свои мисии още в Пловдив и София. Голяма активност проявяват също полските емигранти и тяхната мисия, настанена в Одрин през 1863 г.
Поражението на Русия в Кримската война и трудностите, на които се натъква църковното движение, пораждат у някои българи убеждението, че църковният въпрос може да бъде разрешен с помощта на Франция. Най-изявен привърженик на тази идея е Драган Цанков. След войната той се установява в Цариград и с помощта на мисията на лазаристите открива печатница, в която започва да издава в. „България“ през март 1859 г. Под въздействие на пропагандата, ръководена от Цанков, привържениците на униатската идея се увеличават, а някои селища в югозападните български земи приемат унията.
Постигнатите резултати подтикват Драган Цанков и неговите привърженици към решителни действия. На 18 декември 1860 г. те се представят на католическия архиепископ в Цариград Бру-нони и подписват акта на унията, но с условие, че българската църква ще запази източноправославните си обреди и обичаи. Малко по-късно папата утвърждава сключената уния, а през март 1861 г. за глава на българите униати е назначен игуменът на Габровския манастир Йосиф Соколски. За да поощри българите, турското правителство веднага издава берат за неговото признаване.
Успехите на униатството активизират още повече католическия свят. В Париж е създаден „Комитет за подкрепа на българската уния“, който поема грижата за финансовото обезпечаване на новоучредената униатска църква, настоява пред Портата за благосклонно отношение, издава книги за миналото на България и т.н.
Успехите на униатството обаче се оказват нетрайни. Много от занаятчиите и търговците, които се присъединяват към движението, смятат, че това е дипломатически ход, чрез който се цели да се получат отстъпки от Цариградската патриаршия. Когато разбират, че това движение води към още по-голямо усложняване на църковния въпрос, те започват да се отказват от унията.
Силен удар върху униатското движение нанася и Русия. Архиепископ Йосиф Соколски е отвлечен в Одеса, а Драган Цанков е убеден да спре издаването на в. „България“. И след тези събития униатството продължава да вегетира, но загубва предишното си значение.
Независимо от целите, които си поставят протестантската и католическата пропаганда, те имат положителни последици за българския църковен въпрос. Постигнатите от тях успехи принуждават руската дипломация да разбере, че ако продължава да държи на единството на източното православие, може да загуби окончателно влиянието си сред българите, а желаещи да заемат нейното място се намират. Без да направи коренна промяна в схващанията си, официална Русия става по-благосклонна към един компромисен изход от гръцко-българския спор.
Българското възрожденско общество не остава чуждо на този водовъртеж от страсти и интереси. Буржоазията и интелигенцията, ангажирани с църковния въпрос, предвид на своето място в обществото, на своите разбирания и своите интереси, подкрепят различните варианти, предложени от посочените сили или ги отхвърлят като цяло. Така след Кримската война окончателно се оформят основните групировки в църковно-националното движение, които имат определени тактически виждания за постигане на крайната цел. Най-силна е групата на националното действие, възглавявана от Иларион Макариополс-ки и д-р Стоян Чомаков. Тя държи на самостоятелното действие и безкомпромисното отношение към чуждите внушения. Тази групировка е подкрепена от мнозинството на българския народ. На второ място се нарежда „умерената партия“, която ратува за съобразяване с Русия, Турция и Патриаршията. Тя е подкрепена от Добродетелната дружина, от Одеското българско настоятелство и проруски настроената част от цариградския кръг българи. На трето място стои групата на „туркофилите“ с ръководители Г. Кръстевич, братя Тъпчилещови и др. Според последователите й българският църковен въпрос трябва да се разреши с благоволението на Високата порта. Четвъртата „партия“ разчита на западноевропейските страни. В нея влизат привърженици на униатството и протестантството. Общото в тези групировки е стремежът към положително разрешаване на българския църковен въпрос. Всички те, макар да използват различна тактика, дават своя принос за извоюване на българската църковна самостоятелност.
В средата на 60-те години на XIX в. политическата обстановка в Османската империя започва да влияе благоприятно за развитието на българското църковно движение. През 1866 г. започва въстание на гърците в остров Крит, което продължава до 1869 г. Подкрепата, която Гърция оказва на въстаналите кандиоти, влошава отношенията между турци и гърци. Междувременно в българските земи навлизат четите на Панайот Хитов и Филип Тотю — 1867 г., на Хаджи Димитър и Стефан Караджа през 1868 г. Те правят силно впечатление със своя героизъм не само на турското правителство, но и на дипломатическите представители на великите сили в империята. Породеният страх от едно евентуално българо-гръцко сътрудничество във въоръжените действия принуждава Високата порта да погледне по-благосклонно на българските искания. Освен това решителният отказ от проекта на патриарх Григорий VI за сетен път доказва и на Турция, и на Русия, че българите няма да отстъпят от искането за разрешаване на църковния въпрос в съответствие с историческите и етническите права на българската нация. При това положение Портата, под силния натиск на Игнатиев, била принудена да направи решителна стъпка.
На 28 февруари 1870 г. е издаден султански ферман за учредяване на самостоятелна българска духовна власт под формата на Българска екзархия, независима от Патриаршията. Член 10 на фермана определя границите, в които се разпростира властта на Екзархията. В тези граници влизат 15 епархии — Русенска, Силистренска, Шуменска, Търновска, Софийска, Врачанска, Ловчанска, Видинска, Нишка, Пиротска, Кюстендилска, Самоковска, Велешка, Варненска (без Варна и някои села), Сливенска (без Анхиало и Месемврия), Созополска каза (без крайбрежните села), Пловдивска епархия (без Пловдив, Стани-мака и някои села). Във фермана изрично се подчертава, че към Екзархията могат да се присъединят и други епархии, в които две трети от населението би поискало това чрез плебис-цит (допитване).
През 1871 г. в Цариград е свикан църковно-народен събор за обсъждане и приемане на екзархийския устав, изработен от привременния смесен съвет. Две са основните начала, залегнали в приетия устав — съборно управление на българската църква и изборност на църковните управителни органи. В съответствие с приетия устав на 16 февруари 1872 г. за пръв български екзарх е избран видинският митрополит Антим. Въпреки опитите на последния да регулира отношенията с Цариградската патриаршия, до разбирателство не се стига и на 16 септември 1872 г. българската църква е обявена за схизматична — т.е. отлъчена от източното православие.
През 1874 г. съгласно фермана в Скопската и Охридската епархии се провежда допитване до населението. Установява се, че в Скопската епархия от 8698 християнски къщи само 567 изявили желание да останат под властта на Цариградската патриаршия. В Охрид и Охридско едва 139 души предпочели гръцката църква. Останалите 9387 фамилии дават своя глас за Българската екзархия. В резултат на плебисцита турското правителство било принудено да издаде берати за назначаване на български владици в двете епархии.
Създаването на Българската екзархия е от изключително значение за българския народ. След почти петвековно чуждо потисничество не някой друг, а самата властваща империя очертава границите, в които живее българската нация. Тези граници включват значителна част от трите стари български области Мизия, Тракия и Македония. Екзархията обединява българските земи в едно цяло и спомага да се затвърди културната независимост на официално признатата нация. Освен това тя поема грижата за българите, останали извън пределите на нейната юрисдикция. По този начин първата международно призната официална българска институция в Османската империя поема в свои ръце бъдещето на българската нация.