Конечно, основным видом транспорта в Сан-Франциско является легковой автомобиль. Из-за уникального географического положения, мешавшего строительству дорог, и в результате «дорожной революции» конца 1950-х Сан-Франциско является одним из немногих городов США, который выбрал европейский артериальный стиль расположения дорог вместо большой сети автострад. После землетрясения Лома Приета, полностью уничтожившего автостраду Эмбаркадеро и часть центральной автострады, жители города продолжают следовать этому курсу, превратив бывшие автомагистрали в бульвары.
Через город проходит несколько крупных автострад, соединяющих север западного побережья с югом или западное побережье с центром материка. Автомагистраль 1–80, ведущая в Нью-Йорк, проходит по мосту Бэй-Бридж, соединяющему Сан-Франциско и Окленд, и является единственной дорогой на восточный берег залива. Федеральная дорога 101 соединяет Сан-Франциско с Сан-Хосе (в южном направлении) и округом Марин (в северном направлении, через мост Золотые ворота). Через мост Золотые ворота также проходит дорога СА-1.
Чтобы добраться до городов-спутников Сан-Франциско, нужно использовать транспортный комплекс Трансбэй Терминал, который обслуживает большой ряд автобусных маршрутов. В Сан-Франциско существует небольшой флот паромов, которые перевозит людей в округ Марин, Окленд или на север Вальехо, что в округе Солано.
Порт Сан-Франциско был ранее самым большим и загруженным на западном побережье США, а в годы Второй мировой войны главной точкой снабжения войск. Сейчас это звание принадлежит Лос-Анджелесу и Лонг-Бичу. Порт Сан-Франциско принимал грузы со всего света и был главным центром западного побережья по торговле лесоматериалом. Его особенностью были многочисленные пирсы, уходившие в воду перпендикулярно к берегу. На них имелись краны для разгрузки пришвартованных кораблей и транспортная сеть для перевозки грузов на склады. Развитие контейнерных перевозок, устранившее необходимость в пирсах, привело к перемещению большей части коммерческого грузопотока в Окленд. Пирсы же сейчас используются для офисных зданий, магазинов, музеев, швартовки туристических судов, яхт и частных кораблей. В центре порта находится здание Ферри, которое принадлежит компании, занимающейся перевозками в пригородные зоны. Мост Бэй-Бридж, соединяющий Сан-Франциско и Окленд, открыли в 1936 г., а в 1937 г. официально был открыт мост Золотые ворота.