Смъртта на еничарите и оджака беше смърт и за сектата на Махди. Всичко това беше наречено Вакаи Хайрийе, което буквално може да се преведе "доброто събитие".
По заповед на султана в същото това време, в което еничарите биваха избивани безпощадно, застрелвани и намушквани на щикове, мюфтията тържествено ги прокле и обяви изтребването им за богоугодно дело. До вечерта от еничарските казарми бяха останали само куп димящи развалини, пълни с трупове. Заловени бяха само около 1000 живи еничари, но те бяха предадени на военен съд, осъдени веднага и още същия ден удушени и хвърлени в морето. На следващия ден 16 юни 1828 година светът осъмна без нито един жив еничар.
Това именно беше причината за следващата слабост на Империята, за разпада и изчезването ѝ. Така цели 17 години по-късно Махмуд II повтори сценария, осъществен в Кайро от Мехмед Али паша, след мамелюците от света изчезнаха и еничарите. Тези, които бяха въздигнали султана и Империята, тези, които я бяха крепили и ѝ осигуряваха могъщество, сега бяха унищожени от същата тази Империя. Именно еничарите бяха виновниците династията на Осман завинаги да остане най-дълго управлявалата владетелска династия в цялата история на света. Именно те бяха запазили съществуването на Османската империя и когато в битката при Варна през 1444 година останалите османски войски се бяха разбягали, именно еничарите със силата на своето оръжие и вярата си бяха направили така, че обединените рицарски войски, предвождани от полския крал Владислав Ягело Варненчик и унгарския войвода Янош Хунияди, да бъдат разбити. А с това бяха направили така, че османците да владеят Източна Европа и Балканския полуостров и да няма България около петстотин години. Повечето от тези еничари бяха българи. Така станало и при ред други битки като Втората битка на Косово поле (1448), битката при Ангора (1402), когато еничарите запазили живота на своя владетел султан Баязид I Иълдъръм (Светкавицата), жертвайки своя, и така в още много други битки. Столетия наред султаните били възкачвани и сваляни от престола именно от тези еничари. Сега същите тези еничари бяха безмилостно избити.
Избиването на еничарския корпус и премахването на еничарите предизвика силен отклик в османското общество и Европа. За някои това беше край на една епоха и началото на нова. Султанът, вече без да е заплашен, смело пристъпи към формирането на една изцяло нова, организирана и обучена по западен образец армия. Но осъществяването на проекта срещаше много трудности от самото начало и вървеше по-бавно от очакванията. През пролетта на 1829 година новата армия наброяваше само 30 хиляди воини, лошо организирани, обучени и екипирани.
Към началото на новата война с Русия портата можеше да противопостави само около 80-хилядна армия. Мобилизирайки силите на пашите от различните вилаети, тя изпрати на Дунавския фронт около 70-хилядна армия, а в Казказ – около 30-хилядна, заедно е отрядите от източните провинции. През 1829 година руската армия, под командването на генерал Дибич Забалкански, щурмувала Шумен, преминала Балкана и завладяла Едирне (20 август). Заплахата русите да напреднат към Истанбул накарала Махмуд II да поиска мир. Според Одринския договор (14 септември 1829 г.) Русия получила делтата на река Дунав. Османската империя трябвало да плати тежки репарации, да даде автономия на Сърбия, Молдова, Влахия и Гърция.
Разгромът във войната и неуспешните реформи предизвикали вълнения в много провинции – Босна, Албания, Източен Анадол и Багдад. Тези движения били отчасти закъсняла реакция на консерваторите срещу правителството и реформите на султана. Въпреки неуспехите си срещу външните неприятели, новата армия била ефективен инструмент за поддръжка на вътрешния ред и благодарение на нея Високата порта успяла да се справи с размирниците.
През 1830 година французите окупирали Алжир. Трайното им установяване в страната продължило дълго, но султанът не можел да отдели сили за тази отдалечена провинция. Обтегнати били отношенията и с Мехмед Али паша, поради отказ на последния да участва във войната с Русия, а по-късно и в изплащане на репарации по Одринския мир. Изправен пред равносметката от експедицията в Гърция – 30 хиляди убити, пълна загуба на флота и никакви териториални придобивки, Мехмед Али заявил на султана, че няма да му даде нищо. Напротив, за пролятата кръв в Пелопонес и за всички претърпени загуби египетският владетел искал контрол над управлението на Сирия и Палестина. Махмуд II отказал и му предложил остров Крит. В отговор на това Мехмед Али изпратил войска начело със сина си Ибрахим паша, която разбила армията на централната власт и окупирала Сирия и Палестина. Победата на Кайро над Истанбул имала международен отзвук. Руският посланик пред Портата официално предложил въоръжена помощ на Махмуд II. На азиатския бряг на Босфора бил разположен 12-хиляден руски корпус. Англия и Франция с паническа бързина се намесили в конфликта. С тяхно посредничество между султана и Мехмед Али паша бил сключен Кютахийският мир (4 май 1833 г.). Египетският господар запазил подчиненото си положение. Той бил утвърден за "владетел на Египет, Арабистан, Сирия, Палестина и Киликия". Изтегляйки флота си от Босфора, Николай I подписал със султана договор, който потвърждавал Одринския договор и задължавал Портата да затваря Дарданелите за чужди военни кораби винаги когато Русия поискала това. Русия от своя страна трябвало да изпраща войска, когато Османската империя пожелаела. Споразумението предизвикало остри възражения от страна на Англия и Франция, които се опасявали от засилващото се руско влияние.
Независимо от военните и политически неуспехи, Махмуд II продължавал реформите. Неговата главна цел била да изведе Империята от хаоса и да стабилизира властта. През 1835 година администрацията била реформирана в три независими клона: гражданска (калемийе), религиозноюридическа (илмийе) и военна (сейфийе). Ръководителите на всеки клон, съответно Великият везир, шейхюл ислямът и сераскерът (главнокомандващият), се изравнявали по ранг и отговаряли директно пред Махмуд II. Великият везир вече не бил абсолютен представител на султана. За да се подчертае орязването на функциите му, през 1838 година титлата официално била заменена е "министър председател". От 1836 година, с цел да се дефинират по-ясно административните отговорности, представителните отдели на властта били прегрупирани в министерства. Създаден бил консултативен съвет, който наблюдавал военните и административни дела и предлагал нови закони.
И все пак най-важни били промените във военната сфера. Около 70 на сто от приходите в държавата на султана все така се насочвали към армията. Освен увеличената ѝ численост, редовната войска трябвало да отговаря на съвременните изисквания за водене на война. За тази цел през 1835 година били повикани чуждестранни военни мисии, от които най-полезна дейност развивала пруската, начело с Хелмут фон Молтке. В същото време Махмуд II отварял нови военноинженерни училища и обновявал създадените през XVIII век. През 1827 година той открил и офицерско училище.
Ентусиазмът на султана за реформи засягал и външния вид на неговите поданици. По подобие на Петър Велики в Русия, Махмуд II издал декрети, които определяли дължината на мустаците и брадите, както и цветовете на облеклото. За войниците от армията били въведени нови униформи. Старите чалми били заменени от опростените и много по-леки фесове, европейският костюм станал задължителен за държавните чиновници. Самият султан дал личен пример, като се обличал с европейски костюм, учил френски и се возил е кола. Колкото и повърхностни да изглеждат тези негови действия, те рушали консервативното мислене, преодолявали инертността и средновековната рутинност, царящи в османското общество.
Към края на управлението си Махмуд II изненадал света с блестящата си операция по въвеждане на контрол над Триполитания (Либия). Макар че не бил в състояние да се противопостави на френската окупация на Алжир, султанът си поставил за цел да премахне местните династии в другите две северноафрикански провинции – Триполитания и Тунис, и да ги върне под непосредствения контрол на Истанбул. Махмуд II трябвало да преодолее не само съпротивата на управлявалите повече от столетия местни династии, но и на Великите сили с техните открити имперски интереси. На 26 май 1835 година, след предварително тайно проучване на обстановката, султанът изпратил войска, която пътувала в търговски кораби, и пратеник, който уж носил ферман за потвърждаване на един от претендентите за управител на Триполитания (Либия). Пратеникът връчил фермана на Али Караманли II и го уверил, че разполагащите се войници на султана били предназначени за по-скорошното умиротворяване на вилаета. Този ход заблудил не само управителя, но и западноевропейските консули. До вечерта войските на султана заели всички укрепени пунктове в столицата. На следващия ден Али Караманли II бил поканен със свитата си на кораба на главнокомандващия ескадрата, който дал заповед за арестуването му. В същото време в двореца на Караманлиите пратеникът на Махмуд II прочел пред местните първенци фермана, е който се ликвидирала властта на наследствената фамилия Караманли. Така, без нито един изстрел, султанът успял да си върне Триполитания. На следващата година дошъл редът на Тунис, но тук османският флот бил посрещнат от силна френска ескадра. Под заплаха от война, Портата била принудена да отстъпи и да запази статуквото на Тунис.
През 1839 година Махмуд II решил да възстанови властта си над Сирия, мислейки, че новата армия е вече достатъчно силна, но на 24 юни египетската войска още веднъж решително разгромила силите на султана при Незиб. На 1 юли 1839 година Махмуд II починал преди да научи за неуспеха на новата си армия.