После войны жизнь Керстена была очень трудной. Его усилия не были оценены по достоинству. Более того, весьма некрасиво выступил активный деятель шведского Красного Креста, член шведской королевской семьи граф Фольке Бернадот, сыгравший в спасении тысяч узников концлагерей относительно второстепенную роль — в операции «Белый автобус» ему была доверена работа по технической организации вывоза освобожденных, тогда как Керстен добился принципиального согласия нацистской верхушки на эту гуманитарную акцию. В книге французского историка Франсуа Керсауди «Список Керстена. Праведник среди демонов» описывается разговор между Керстеном и Шелленбергом, состоявшийся в мае 1945 года в Стокгольме, где Шелленберг рассказывает Керстену, что обещание Бернадота помочь доктору устроиться в Стокгольме будет выполнено при условии, что Керстен подтвердит решающую роль Бернадота в организации спасения узников нацистских лагерей и если сам Керстен заявит, что не имел к этому никакого отношения. Когда Керстен отказался, рассудив, что истина все равно откроется рано или поздно и что тысячи людей были освобождены благодаря усилиям не одного Бернадота, а всего шведского правительства и лично министра иностранных дел Швеции Кристиана Гюнтера при поддержке самого Керстена, без посредничества которого Гиммлер и разговаривать бы не стал, то Бернадот пошел ва-банк. Через несколько недель после окончания войны он опубликовал лживую книгу, где преувеличивал свои заслуги, а вклад и Керстена, и других людей, сыгравших важную роль в операции «Белый автобус», выставлял незначительным. Эта книга вышла огромным тиражом и была переведена на множество языков. Бернадот получил прозвище Князь мира и стал знаменитостью. А Керстена даже обвиняли в оправдании нацизма и меркантильном интересе, то есть в том, что он освобождал людей за деньги. Через два года Бернадот будет убит еврейскими экстремистами в Палестине, и его трагическая смерть, принесшая ему репутацию мученика, окончательно не позволит ставить книгу под сомнение.
После войны в Швеции сменилось правительство, работавший с Керстеном во время войны министр иностранных дел Швеции Кристиан Гюнтер ушел в отставку, и Керстену несколько лет пришлось сражаться за свою репутацию. Ему не давали шведское гражданство, о котором он просил, он не мог получить разрешение на работу, чтобы кормить жену и троих детей. В который уже раз Керстен оказался в западне — он был финским гражданином, но в Финляндию уехать не мог: там к власти пришло просоветское правительство Мауно Койвисто и бывшему личному врачу Гиммлера находиться там было крайне опасно. В Голландию или Германию путь ему тоже был заказан — его много раз видели в компании самых высших членов нацистской верхушки. Даже те члены голландского Сопротивления, которым так много помогал Керстен, дали ему понять, что в Голландию он сможет приехать только тогда, когда его имя будет очищено от подозрений. Появляться там ему было опасно, после освобождения Голландии многие члены Сопротивления, внедренные в качестве тайных агентов в высшие органы оккупационных властей, были убиты разъяренной толпой или преданы ускоренному суду, обвинены в коллаборационизме и расстреляны. Чтобы обелить имя Керстена, даже понадобилось личное вмешательство голландской королевы Вильгельмины. В 1948 году голландским правительством была организована специальная комиссия по расследованию деятельности Керстена, которой руководил видный историк, член голландской Академии наук профессор Николаус Постхумус. Были допрошены десятки людей, скрупулезно изучены сотни и тысячи документов. В результате ее работы в 1950 году с доктора Керстена были сняты все обвинения в пособничестве нацизму и коммерческом интересе в выполнении гуманитарной миссии. В 1953 году он получил шведский паспорт и прожил в Швеции весь остаток жизни.
Специальной комиссией голландского правительства подтверждена решающая роль Керстена в следующих эпизодах. Именно благодаря ему:
1. Были освобождены многие голландцы, участвовавшие в движении Сопротивления.
2. Шведским судам с продовольствием разрешили заходить в голландские порты во время голода в Голландии зимой 1944/45 года.
3. В Стокгольм попала корреспонденция голландского Сопротивления для последующей пересылки в Лондон голландскому правительству в изгнании.
4. Были освобождены голландки, заключенные в лагере Равенсбрюк.
5. 2700 евреев были отправлены вместо Освенцима в Швейцарию, еще 3700 евреев переправлены в Швецию, также не были уничтожены остававшиеся в лагерях 63 тысячи евреев, среди которых было немало граждан Голландии.
6. Гиммлер не выполнил приказ Гитлера и не взорвал лагеря со всеми содержащимися в них заключенными при приближении союзников.
7. Гиммлер отменил приказ взорвать дамбы вокруг Гааги и уничтожить Клингендаль.
Безусловно, комиссию Постхумуса интересовала в основном та часть деятельности Керстена, которая относилась к Голландии, поэтому и список этот в основном касается граждан этой страны. Некоторые утверждения Керстена не подтвердились, в частности история о предотвращении депортации нескольких миллионов голландцев в Польшу. Историки подвергают сомнению само существование такого плана. Тем не менее даже этого короткого списка достаточно, чтобы имя личного врача всесильного рейхсфюрера СС доктора Феликса Керстена, благодаря которому столько людей не погибло в концлагерях, не было забыто.
В 1950 году из рук принца Бернарда Нидерландского, мужа королевы Юлианы, за деятельность по спасению людей он получит Большой крест ордена династии Оранских-Нассау, высшую награду Голландии. А в 1960 году, через пятнадцать лет после окончания войны, о нем вспомнят спасенные им граждане Франции и захотят вручить ему орден Почетного легиона. Но Феликс Керстен уже его не увидит. Так и не получивший звание Праведника народов мира, но спасший от верной смерти тысячи людей бывший личный врач Гиммлера Феликс Керстен скончался от обширного инфаркта 16 апреля 1960 года по дороге на церемонию награждения из Стокгольма в Париж.