В начале XVI в. Сефевидская держава, протянувшаяся от Аму-Дарьи до Евфрата и стремившаяся овладеть стратегическими позициями на Кавказе, столкнулась здесь с военными планами Оттоманской Порты. На стороне Порты выступал ее вассал — Крымское ханство, которое не раз принимало участие в военных действиях в Дагестане и Закавказье. Ряд походов, предпринятых Сефевидами на Ширван в начале XVI в., встретили здесь ожесточенное сопротивление местных народов, на помощь которым неоднократно прибывали и горцы Аварии.
В 1578 г. на Кавказ вторглась 200-тысячная Османская армия под камандованием Мустафы Лала-паши, в помощь которому выступил и крымский хан Мухаммед-Герей, который через Северный Кавказ добрался до Дербента. Успеху османо-крымских войск в немалой степени способствовало и то, что находившееся под гнетом Сефевидов население Ширвана и Дагестана восстало против кызылбашей. Стараясь подчинить своей власти местное население, Османы стали устанавливать здесь свои порядки и управление, что вызвало ответные восстания местного населения.
Осман-паша с крымскими войсками неоднократно предпринимали грабительские походы и в глубь Дагестана. Горцы с оружием в руках защищали свою свободу. Наиболее крупное сражение с янычарами произошло в 1582 г. Объединенным силам аварцев, лакцев и даргинцев удалось нанести серьезное поражение Османам. Однако огромное войско, направленное султаном против горцев, жестоко расправилось с непокорным населением. За короткое время Османы, покорив почти весь Азербайджан, опустошили не только Южный Дагестан и Дербент, но и ряд аулов горной части (Кумух, Хунзах, Согратль и др.).
В этот же период, с раширением юго-восточных границ России в результате присоединения Казани (1552) и Астрахани (1556), ее территория вплотную подошла к Северному Кавказу. Русское правительство, заинтересованное в укреплении своих юго-восточных границ, охотно шло на сближение с владетелями Северного Кавказа, поскольку через эту территорию проходил ряд военно-стратегических и торговых путей, имевших важное политическое и экономическое значение. На Северном Кавказе Россия принимает все меры, чтобы установить свой контроль над торговыми путями, чего окончательно она достигает лишь ко второй половине XVIII в. Мужественое сопротивление, оказываемое широкими народными массами Дагестана войскам султана и шаха, со своей стороны, содействовало успехам восточной политики Российского государства.
Феодальные владетели Дагестана и Аварии в частности, сознавая, что им в отдельности не устоять перед силой шаха, обратились за помощью к России. Русское правительство сконцентрировало на Тереке значительные воинские силы и потребовало от шаха вывода войск из Дагестана. Не желая вступать в открытую борьбу с Россией, шах возвратил свои войска в Закавказье. Это еще больше подняло престиж русского правительства на Кавказе и усилило ориентацию народов Дагестана на Россию. Упорная и самоотверженная борьба широких масс Дагестана, помощь и поддержка их со стороны России не дали осуществиться завоевательным планам шаха Ирана на Северо-Восточном Кавказе.
Во второй половине XVII в. между владетелями Дагестана и Российского государством устанавливаются прочные связи. Горцы Дагестана, ведя самоотверженную борьбу за независимость, искали покровительства у русского правительства. Тарковские правители Гирей и Ильдар Сурхаевы и бывшие с ними семь князей и мурз (Алибек Казикумухский, Мехти Аварский, Сурхай Карабудахкентский и др.) присягнули на верность царю. Об укреплении связей Дагестана и других народов Северного Кавказа убедительно говорит тот факт, что в Смутное время для России в связи с польско-шведской интервенцией терско-гребенские казаки продолжали поддерживать добрососедские отношения с горскими народами Северного Кавказа. В конце 1614 г. из Дагестана в Москву прибыл аварский Мехти-князь. Каждый раз, когда над народами Страны гор нависала угроза со стороны шахского Ирана, русское правительство брало их под свое покровительство и предотвращало агрессию Ирана. Естественно, что Москва постоянно оказывала помощь тем феодальным владениям, которые придерживались русской ориентации. Последовательная политика России в Дагестане дала свои положительные результаты. Намного укрепились в эти годы отношения между шамхалом Султан-Махмудом, аварским ханом и другими правителями Дагестана.
В 10-30-е годы XVII в. многие владения Дагестана вошли в состав России. Это отвечало экономическим и политическим интересам местных народов и способствовало в целом процессу вхождения Кавказа в состав России.
В начале 40-х годов XVII в. обстановка на Кавказе осложнилась. В 1639 г., заключив мир с Портой, шах Ирана Аббас II открыто стал вмешиваться во внутренние дела Дагестана. В 1645 г. в Терском городке послы правителей Северного Дагестана подтвердили верность их России. В том же году в присутствии представителя России, сына боярского, в Аварии в резиденции аварского хана в Хунзахе состоялась церемония принятия в русское подданство аварского нуцала. В 1658 г. на русское подданство присягнул Ахмед-хан, сын Мехти Дженгутайского.
Дагестано-русские политические связи в начале 40-х гг. XVII в. крепли. Подданство России было принято почти всеми феодальными владетелями Дагестана. В конце первой четверти XVII в. Терская крепость становится крупным торговым центром, где имелись торговые ряды и гостиные дворы, в которых велась торговля между русскими, северокавказскими, закавказскими и восточными купцами.
Из Дагестана в Россию шли кумачи красные, платки, паласы, ковры, сафьян, кожа, овчины бараньи, сабли, нефть, марена, орехи грецкие, курага и др. У горских народов казаки приобретали также лошадей, крупный и мелкий рогатый скот, продукты скотоводства и земледелия. На основе экономических и других связей между горцами и казаками зародилось и укрепилось куначество — своеобразный обычай кавказского побратимства. Горцы оказывали влияние и на материальную культуру русских переселенцев. Казаки перенимали у горцев снаряжение, вооружение и пр. Общение на Северном Кавказе укреплялось на почве взаимных этнических проникновений и нивелировки форм одежды и быта.
Русское правительство, нуждаясь в обеспечении безопасности южных границ государства, старалось привлечь народы Северного Кавказа на свою сторону. Еще в 1700 г. Петр I приказал астраханскому воеводе Мусину-Пушкину укреплять дружественные и торговые отношения с горцами Дагестана, оказывать им возможную помощь и поддержку. Русское правительство продолжало укреплять свои позиции в Прикаспий.
В 1721 г. присягу на подданство России дал в крепости Святой Крест владетель Аварии, а в 1731 г. — андийцы. Народы Дагестана склонялись на сторону России, поскольку она гарантировала им внешнюю защиту и обеспечивала хозяйственное развитие региона.