Після того як гетьман Брюховецький безславно залишив терени Правобережжя, чи не найбільше клопотів йому завдавав єпископ Мефодій. Після перших зачіпок поміж місцеблюстителем і лівобережним гетьманом, що мали місце ще наприкінці літа 1663 р., упродовж наступного року конфлікт поміж ними поступово набирав дедалі гостріших форм. Прагнучи перехопити ініціативу, на початку 1665 р. Мефодій передає на ім'я царя доповідну записку, у якій обґрунтовує необхідність проведення в Україні широкомасштабної реформи. Зокрема, він пропонував з метою обмеження фінансових зловживань гетьманської адміністрації залучити всі податні кошти, що збираються з українського населення, до царської скарбниці, щоб вони звідти витрачалися на виплати козакам за несення ними військової служби та йшли на утримання російських ратних людей в лівобережних містах. Єпископ вважав за необхідне негайно вивести з підпорядкування гетьмана та старшини міщан, збори та орендна плата з яких повинні були також надходити не гетьману, а московському монарху. У конфліктах, що виникають між гетьманським урядом і міським самоврядуванням, радив невідступно підтримувати представників міст. Крім того, істотно збільшити військову присутність Москви на Лівобережжі, для чого ввести додаткові контингенти до Києва, Переяслава, Чернігова та Остра. Реалізацію запропонованих ним нововведень Мефодій радив розпочати негайно, для чого просив виділити йому московських ратних людей «около полуторы тысяч человек» на чолі з «знатный человек и з дьяк», аби йому в Україні було «надежно приехать и говорить с гетманом».
На початку червня пропозиції місцеблюстителя розглядалися на засіданні боярської думи, на якому був присутнім і цар Олексій Михайлович. За результатами наради було ухвалено рішення відкликати відправлений в Україну за подачею Брюховецького царський указ про відібрання в міщан і присилку до Москви королівських привілеїв. Щодо реалізації інших пропозицій Мефодія — боярська дума не ухвалила ніяких конкретних постанов. І вочевидь, не останню роль в цьому відіграв той факт, що саме в червні 1665 р. український гетьман повідомив про свій твердий намір найближчим часом відвідати Білокам'яну, надаючи тим самим уряду Олексія Михайловича можливість обговорення піднятих єпископом питань особисто з Брюховецьким.
Варто зауважити, що вперше Брюховецький про свій твердий намір вже найближчої зими приїхати до Москви заговорив ще в серпні 1663 р. Потреба «бачити царські очі» прямо випливала з букви закону — з тексту «Нових статей» Юрія Хмельницького 1659 р. Щоправда, гетьман тоді переказав цареві своє бажання «бити чолом, щоб йому одружитися на Москві, а взяти б за себе московського народу вдову, собі рівню, тому що він уже є лисим». Складна ситуація в Україні та на її кордонах завадила Брюховецькому виконати свою обіцянку взимку 1664-го, але активність єпископа Мефодія в царських палатах не залишила гетьману простору для маневрування. Їхати таки було потрібно. Причому, збираючись до Москви, Брюховецький не приховував прагматичної мети посольства: «...власті собі прибавливать». Потреба в цьому існувала хоч би тому, що опозицію своїм діям, спрямованим на зміцнення гетьманського проводу, гетьман зустрів не лише з боку місцеблюстителя, а й ряду впливових козацьких старшин.
До складу посольства, крім гетьмана, входили як представники православної церкви, так і генеральні старшини, полковники й делегати від усіх лівобережних і частини правобережних полків, члени міських урядів великих лівобережних міст. Гетьманський уряд мали представляти генеральний обозний Іван Цесарський, генеральний суддя Петро Забіла, генеральні писарі Степан Гречаний і Захар Шийкевич, генеральні осавули Василь Федяєнко (Дем'яненко) та Павло Костянтинів, осавул Генеральної військової артилерії Богдан Щербак, генеральний бунчужний Юсько Шишаківський (в інших документах як генеральний бунчужний зазначений Іван Михайлович Попов) і генеральний хорунжий Микола Яковлевич. Полкове товариство Гетьманату, як уже зазначалось раніше, було представлене або полковниками та вибраною полковою і сотенною старшиною, або ж «посланцями» від десяти лівобережних і двох правобережних полків. Із числа полковників до Москви разом з Брюховецьким поїхали очільники Ніжинського полку Матвій Гвинтовка, Лубенського — Григорій Гамалія та Київського — Василь Дворецький. Козацьку спільноту тієї частини Правобережжя, що на той час визнавала над собою владу російського царя, представляли посланці Канівського полку — полковий обозний Василь Миткевич, безурядовий козак Симон Романенко та канівський сотник Андрій Ігнатенко. Запорозьку Січ у складі гетьманського посольства репрезентували Іван Лященко Горбань і Мартин Горба. До Москви разом з Іваном Мартиновичем прибуло й п'ятеро уповноважених від найпотужніших міських громад Лівобережжя. Усього, як підрахували дяки Посольського приказу, у вересні 1665 р. з України до Москви прибуло аж 535 осіб.
У царській столиці для розміщення української делегації було виділено «Посолский болший двор». Утім київський полковник Василь Дворецький і генеральний писар Степан Гречаний поселилися не разом з усіма прибулими з України, а окремо — щоб їм було зручно спілкуватися з начальником Малоросійського приказу боярином Петром Михайловичем Салтиковим «для дел великого государя, а дела за ними єсть много». Що це були за справи і як вони узгоджувалися зі справами гетьмана — можна було лише здогадуватися. А враховуючи попередні конфлікти поміж гетьманом та місцеблюстителем митрополичої кафедри в Києві й частиною старшинського корпусу, що підтримувала саме єпископа Мефодія, здогадки ці, вочевидь, особливого ентузіазму Брюховецькому не вселяли.
До російської столиці українська делегація прибула 11 вересня. Наступний день було відведено для того, аби гетьман і його свита мали змогу відпочити з дороги та ознайомитися з програмою свого перебування в Москві. На 13 вересня була запланована урочиста аудієнція гетьмана Брюховецького в Олексія Михайловича. Під час аудієнції гетьман презентував государю привезені дари: мідна пушка полкова, взята в «изменников черкас»; срібна булава «изменника» наказного гетьмана Павла Яненка-Хмельницького; «жеребець арапской, узда серебрена золочена, в начолке перо чаплиное, оправлено серебром; седло и чепрак турской с каменем; канчер оправлен серебром, позолочен, с бирюзами; 40 волов чебанских».
Після урочистої аудієнції в царя та допуску членів посольства до царської руки дипломатичного обіду в царських палатах не було передбачено. Отож, українська делегація повернулася на визначене їй царською владою місцеперебування на «Большом посольском дворе», і саме туди за указом царя «степенний ключник Хлебного дворца» Петро Кругликов доставив великого государя «жалованье, со столом». Церемоніал дипломатичного обіду в Москві був призваний продемонструвати всю велич царської влади, її пишність і щедрість. Як тонко підмітив посол імператора Максиміліана Іоаган Кобенцль, котрий відвідав Російську державу з дипломатичною місією в 1575—1576 рр., «важно было показать чужестранцам могущество князя, а посольствам от иностранных государей явить всем его величие». У випадку з гетьманським посольством велич царської влади демонструвалась васалу, котрий першим з козацьких регіментарів наважився подолати важкий шлях з України до царської столиці. Отож, лише з одного Хлібного дворця українській делегації перепало: хлібець «крупичатой в 3 лопатки», калач «крупичатой в 4 лопатки», пиріг з рибою, коровай «просыпной» з рибою «да с хворостом», два короваї «с телесы», два короваї «с молоки», пиріг «с сигом», пиріг зі стерляддю з горіховим маслом, блюдо пирогів кислих з рибою, блюдо оладків пшеничних з патокою, блюдо левашників з пастилою з яблук і зі шматковою патокою, блюдо пирогів пряжених з «сычяним» горохом, два блюда «карасей с рыбою», два блюда оселедців у тісті з горіховим маслом, таз «яблошной» та «труба постилы малиновой».
Ситний дворець забезпечував доставити дві кружки анісової горілки — «водки» (до слова, у вжитку царського двору перебувала й привезена з України «горелка», що відзначалася більшою міцністю), шість кружок вина боярського, одинадцять «оловеников раманеи», відро вина «ренского», два відра меду вишневого, два відра меду малинового, три відра меду «обарного», два відра меду «вишнього», три відра меду «поточного», два відра меду старого «подделного», два відра пива привареного, тринадцять відер «з третником» вина дворянського, а також смугу динну, дві смуги кавунні, а в бочках двадцять відер меду цідженого, пива ячмінного стільки ж. З Кормового дворця було доставлено розмаїті рибні делікатеси: блюдо кав'яру осіннього, кав'яр паюсний з горіховим маслом, блюдо кав'яру сигових риб (підродини лососевих), блюдо спини білуги, блюдо спини осетра, «короваїк тельной», стерлядь парова, спина білорибиці, оберти білорибиці, спина сьомги просолена, щука в юшці шафрановій, щука в юшці гвоздиковій, стерлядь в юшці, юшка з карасів, дві щуки тушковані в пряних зіллях, лящ просолений, голова щуки під гірчицею, колодка щуки під хроном, половина голови білорибиці, половина голови осетра свіжого, блюдо щік, блюдо стерляді свіжої, половина голови осетра просоленого, язик білуги, голова і тушка білуги, «косяк» білуги відрубний, а також «звено осетрины, звено осетрины ж на троецкое дело».
Гетьман і старшина, п'ючи та куштуючи напої і страви, «государську милость благодарили и его государськой милостью хвалились, что пожаловал их великий государь своим государьским жалованьем, столом, питьем и ествами». Настільки дорогу ціну заплатить Україна за це столування гетьмана й старшини зі щедрот царських дворців, здогадуватись могли лише одиниці...
Ранні дослідники біографії гетьмана Брюховецького вважали, що важливі питання трансформації статусу Гетьманату під владою царя було підняті вже на перемовинах 15 вересня. Більше того, утвердилась думка, що саме цього дня й саме Брюховецький «уговорил полковников, прельстивши их надеждами на большие царские милости, ударить челом государю всеми малороссийскими городами», тобто регіментар виступив ініціатором пониження статусу Гетьманату через підпорядкування лівобережних міст государеві. Насправді ж ініціатива йшла не від гетьмана, а російської сторони. Брюховецький же, навпаки, тривалий час активно заперечував проти цього — звичайно ж, у тих межах, які дозволяли йому й надалі зберігати за собою імідж «царського доброхота».
Джерела свідчать, що уряд Олексія Михайловича вперше висунув вимогу стосовно надходження українських податків до скарбниці царя 20 вересня. Для Брюховецького ж було важливо отримати воєнну допомогу перед загрозою вторгнення полків правобережного гетьмана та його союзників — поляків і татар. Аби досягти цього гетьман погоджувався збільшити кількість царських ратників у Києві, Чернігові, Переяславі, Полтаві, Кодаку, Каневі. Погоджуючись на посилення військової присутності Російської держави в Україні, гетьман відразу ж оговорював власний зиск від цього — просив, аби воєводи надавали йому військову підмогу в боротьбі з ворогами, а вирушаючи походи, «годовым хлебом доволны были, нового в походе не договариваясь хлеба». Тобто мова йшла про посилення військової спроможності Російської держави в тих містах, що мали важливе стратегічне значення передовсім для лівобережного гетьмана — як для забезпечення власної безпеки, так і посилення обороноздатності Гетьманату. Зміни пропонувалися доволі помірні, оскільки до уваги відразу бралось питання утримання царських залог власним коштом — так, як це передбачалось нормами Батуринських статей 1663 р. Російська ж сторона натомість мала на увазі власні інтереси й власні розрахунки. Отож, постановила «государевым ратным людем быти в городех» у кількості, що значно перевищувала готовність гетьманської адміністрації до їхнього утримання.
Але не лише це питання дебатувалося в ході переговорів. У цей час з'являється й нова вимога російської сторони — надходження до царської скарбниці грошових зборів. Брюховецький же, демонструючи готовність забезпечувати царських ратників «хлібними запасами», джерелом надходжень бачив збір з млинарського промислу. Під тиском царського уряду на перемовинах 11 жовтня Брюховецький погодився передавати й натуральні, і грошові податки з українського населення до царської скарбниці; щоправда, й надалі стояв на тому, аби їхній збір здійснювали українські урядники. Утім, російську сторону такий порядок організації фінансової справи не задовольнив. Вона наполягала на тому, аби збирання, прийом коштів і збіжжя на зберігання, контроль за дотриманням порядку в цій справі тощо — усе це перебувало не в компетенції козацької адміністрації, а представників адміністрації царя.
Найважливіші й доленосні для Гетьманату рішення були ухвалені під час аудієнції в Олексія Михайловича 22 жовтня. Прийом було заплановано для «обьявленья, и подтвержденья, и подписи на тех статьях», що були узгоджені в ході гетьманського візиту до Москви. По прибутті гетьмана з делегацією до царської палати «те статьи с подписанием, по указу великого государя, его царского величества, гетману, и старшине, и козакам, и мещанам» були «чтены». І вже перша прочитана посольським дяком стаття докорінно змінювала політико-правову природу взаємин Гетьманату з царем, конституюючи таке: аби «Украйна с малороссійскими городами, и містами, и містечками, и с слободами, и с селами, и в них всяких чинов жители, под его царскаго пресветлого величества, и его государских детей високодержавною и крепкою рукою, в прямом и истинном подданстве стройно пребываючи, и обыкновенную должность с городов и с сел, в государскую казну отдаючи». За такі далекосяжні поступки великий государ гетьмана, старшину і все Військо Запорозьке жалував і за «милостиво похвалял», обіцяючи в замін відмови від стягнення з некозацького населення Лівобережжя податків до Військового скарбу почати їх «держати в своем государском милостивом жалованьи и в презрении», а також — указати відправити в українські міста своїх государевих воєвод.
Добившись таких значних поступок на свою користь уже в першій статті договору, у наступному договірному пункті Олексій Михайлович — немовби відверто глузуючи — підтвердив непорушність давніх козацьких прав і вольностей. Зокрема, було застережено право козацького товариства, яке мешкало в містах і селах Лівобережжя, перебувати винятково під присудом своєї козацької старшини.
До козацьких судів не мали права вступитися ані боярин, ані воєвода, ані стольник чи якийсь інший «начальный человек». При цьому право гетьманської елекції обмежувалося рядом застережень. Так, вибори нового регіментаря мали проводитися лише з дозволу царя, елекційна рада вважалася правомірною лише за умови присутності на ній уповноваженого царського представника, гетьманські клейноди в часи міжгетьманства відбиралися від Війська Запорозького і мали бути повернутими вже після обрання нового гетьмана. Причому передбачалося, що меншу булаву, прапор і гармати офіційний представник царя буде вручати новообраному регіментареві на генеральній раді, а велику булаву, «знамя болшое» і царську жалувану грамоту — він зможе отримати лише в «царствующем граде, Москве». Усе це ще більше посилювало залежність гетьманської влади від царя.
Загалом же, якщо договором 1654-го політико-правовий статус Гетьманату означувався як автономія політична, а згідно з положеннями статей Ю. Хмельницького 1659-го — автономія адміністративна, то тепер вона стрімко звузилася до станової автономії козацтва, заперечуючи тим самим претензії козацтва на роль політичної еліти та передаючи некозацьке населення України — міщан, посполитих — під владу царських воєвод.
Як компенсацію за втрату реальної влади в Україні цар жалує гетьмана й козацьку старшину особистими почестями. Так, відразу ж після підписання Московських статей государ за вірну службу й за те, що «челом ударил всеми малороссийскими городами, и местечками, и слободами, и с узды и со всякими доходы», пожалував Брюховецького боярським чином. Саме з цього дня Брюховецький починає писатися винятково як «боярин і гетьман», а для означення своєї персони, згідно з московською традицією, винятково починає вживати — як це було заведено для бояр — ім'я та по батькові:«Іван Мартинович Брюховецький». З відісланого Приказу таємних справ до Розрядного довідуємося, що наданий Брюховецькому боярський чин не передбачав якоїсь особливої служби при царському дворі, а був почесним титулом, що спеціально «учинен для иноземного чину... как повелось в Московском государстве».
Слідом за гетьманом стрімкий соціальний злет у службовій структурі Російської держави здійснили й вищі козацькі старшини. Дворянським званням було удостоєно генерального обозного, генерального суддю, генеральних осавулів і полковників Війська Запорозького.
А ще Олексій Михайлович одружує свого вірного васала на знатній московській боярині. Ініціатива цього пошлюблення, як пам'ятаємо, належала самому Брюховецького, а плани такого одруження він виношував ще з літа 1663-го. Питання викликає лише те, кого вибрав цар у наречені для свого ближнього боярина?
До слова, гідну для Брюховецького наречену шукали в Білокам'яній майже місяць. Гетьманське весілля на Москві відіграли вже десь на початку листопада. У який день сталась ця доволі неординарна для козацької старшини подія? Вочевидь, уже 5 листопада. Адже під 6 листопада датовано запис такого змісту: «...был у великого государя боярин и гетман Йван Мартинович Брюховецкий в передней для того, что он вчерашняго числа женился». Наречена, як видно з розлого розпису приданого, як посаг принесла Брюховецькому образ Пречистої Богородиці, у срібному окладі, чеканений золотом, а також набір коштовностей — золотий хрест із зерню, золотий ланцюжок, «кика», чеканена з «яхонти и с лалы, гнезда золотые, низана жемчугом», золоті запони з алмазами, з яхонтами та смарагдами, сережки з великими ізумрудами, сережки з яхонтами червчатими на золоті, намисто велике з яхонтами і з ізумрудами, десять каблучок золотих з яхонтами, ізумрудами і з «лали» тощо.
Історик XIX ст. Дмитро Бантиш-Каменський був переконаний, що Олексій Михайлович, бажаючи якомога міцніше прикріпити козацького гетьмана до свого престолу, поєднав його родинними узами з домом одного з найбільш знатних московських вельмож — боярина Федора Петровича Шереметьева, хоча, визнає дослідник, при цьому обговорювалась і кандидатура доньки царського окольничого князя Дмитра Олексійовича Долгорукова. Однак більшість істориків називають сватом гетьмана саме його царського окольничого — князя Дмитра Олексійовича Долгорукова. Частина дослідників навіть називає ім'я нареченої — Дарія, при цьому наголошуючи: гетьманша доводилася родичкою цареві, оскільки її тітка, Марія Милославська, була першою дружиною Олексія Михайловича і відповідно матір'ю його наступника на троні Федора Олексійовича.
Певна річ, навіть погодившись, що наречена гетьмана була рідною дочкою Долгорукова, доведеться визнати: Брюховецький пошлюбився все ж не з бояринею, а лише з дочкою окольничого (до речі, чин як боярина, так і окольничого в Російській державі не успадковувався, а жалувався царем за службу). Але є й інша думка. Уперше вона була висловлена ще 1915 р. Вадимом Модзалевським і полягала в тому, що наречена гетьмана — справді на ім'я Дарія — доводилася князю Дмитру Долгорукову не рідною дочкою, а лише пасербицею, а конкретно дочкою четвертої дружини царського окольничого — Парасковії Ісканської, яка залишалася вдовою після смерті Олферія Ісканського. Підставою для сумнівів для Модзалевського послужила чолобитна голови московських стрільців Івана Єлагіна, адресована царю на початку 1670-х рр. У ній, зокрема, і вказувалося на факт видання заміж племінниці Єлагіна «Дарьи Олферьева дочери Исканского по великого государя указу за Івашку Брюховецького». Безумовно, гіпотетично можна визнати той факт, що з Дарією Ісканською гетьман міг одружитися вже у другому шлюбі, а восени 1665 р. він усе ж таки побрався з дочкою чи то Шереметьева, чи то Долгорукова. Але, по-перше, цей епізод ніде не відбитий у джерелах, а по-друге, тотожність імен рідної дочки останнього та його пасербиці також виступає не на користь цієї гіпотези. Крім того, є ще ряд опосередкованих свідчень пізніших часів (про них ітиметься далі), які заперечують цю можливість.
Погоджуючись із міркуваннями відомого історика-генеалога, підкріпленими власними спостереженнями, щодо відсутності прямих родинних зв'язків дружини Брюховецького з князем Дмитром Долгоруковим, водночас не можемо поділити скепсису стосовно недостатньої аристократичності походження Дарії. Адже її рідня по батьковій лінії — Ісканські, а тим паче по материній — Єлагіни — належала до досить відомих на той час у Росії дворянських родів. Їхні представники у XVII ст. обіймали високі посади й були удостоєні від царя високих посад — воєвод, бояр, стольників, стряпчих тощо.
Закріплені в Московських статтях 1665 р. постанови були надто радикальними, аби їхнє впровадження в життя не викликало гострої реакції в Україні. Заради справедливості завважимо, що негативну реакцію козацтва на місію до Москви передбачав і сам лівобережний регіментар. Ще перебуваючи в царській столиці, він наполягав на виведенні людей окольничого князя Ромодановського з двору, пожалуваного гетьману Олексієм Михайловичем. Адже, як завважив Іван Мартинович, мине час, і, можливо, для нього самого там, в Украйні, «місця не буде, отож щоб йому було куди самому приїхати». Крім того, ще у вересні він поділився з Желябужським інформацією з приводу того, що в Україні «его, гетмана, изневесть хотели погубить». І невідомо, чим би ця лиха для нього затія не увінчалась, якби осавул вчасно не виявив ту змову й не попередив його («толко б есоул уберег, подметя тот завод, весть ему учинил»). Отож, Брюховецький волів мати при собі постійну залогу в чоловік з триста. В Україні ж він зумів знайти таких відданих йому вояків лише сто. Доукомплектувати ж особисту охорону український гетьман хотів би за рахунок царських ратників. Ось це прохання він і просив ясельничого донести до великого государя, аби той пожалував його, зволівши «московських людей к нему прибавить, кем бы ему ото всего оберечся». А без такої охорони, наполягав Іван Мартинович, «ему никакими мерами нелзя бить на шаткие времена».
Провісниками потрясінь, спричинених московськими домовленостями, стали виступи представників вищого українського духівництва, зокрема формально очолюваного на той час єпископом Мефодієм київського кліру. Двадцять другого лютого 1666 р. місцеблюститель, а також архімандрит Києво-Печерського монастиря Інокентій Гізель та ігумени інших київських обителей висловили перед київським воєводою боярином Петром Васильовичем Шереметьєвим протест проти узгоджених із українським гетьманом намірів Москви призначати московського святителя на Київську митрополію. Воєвода, повідомляючи про цей прикрий інцидент своєму урядові, наголошував, що церковні ієрархи протестували «с большой яростью» й навіть погрожували: «запремся в монастырях, и разве нас из монастырей за шею и ноги поволокут, тогда только московский митрополит в Києве будет».
А коли на початку травня 1666 р. на обіді у настоятеля Києво-Печерського монастиря Інокентія Гізеля, на якому були присутніми також єпископ Мефодій і київський полковник Дворецький, російський дяк Євстратій Фролов запропонував слідом за тостом за здоров'я царських бояр й окольничих підняти келихи і за здоров'я «боярина и гетмана Йвана Мартиновича, а он великому государю службою своєю во всем верен, и с ними духовными во всяком совете и любви пребывает, и Войску Запорожскому и всему малороссийскому народу добронравием своим и правым разсуждением угоден», то місцеблюститель і все вище київське духівництво відмовились пити за здоров'я Брюховецького, роздратовано зауваживши при цьому царському чоловіку, що він, гетьман, «им злодей, а не доброхот».
Наступний, вельми тривожний для Брюховецького дзвіночок пролунав із Січі. Будучи на Москві, гетьман серед іншого погодився й на розміщення залоги царських ратних людей на чолі з воєводою у фортеці Кодак, на Запорожжі. Це неабияк образило січовиків, які угледіли в цьому намагання встановити жорсткий контроль за їхнім життям. Колишній побратим Брюховецького, коли той ще був кошовим на Січі, її теперішній керманич Ждан Рог звернувся до гетьмана із вельми філософським листом-застереженням: «Нерозумно поступаєш, що з нами починаєш сваритись. Зброя не допоможе в полі, коли в домі не буде злагоди. Хоч ти від царської величності честю пожалуваний, але достоїнство своє отримав від Війська Запорозького; Військо не знає, що таке боярин, знає тільки гетьмана... Пам'ятай древню філософську притчу у що щастя на прудкому колесі дуже швидко обертається; умій, вельможність твоя, щастя цінувати».
Єпископ Мефодій доносив у Москву, що «запорожці і полтавці і всіх малоросійських міст полковники і старшина, і козаки, також і духівництво — всі боярина і гетьмана не люблять». Єпископу вторили й царські воєводи, котрі несли службу в Україні: «...боярина и гетмана все не любят, а говорять: у нас де в предках бояр не бывало, а он де заводит новой образец и волности де наши от нас все отходят».
Апогеєм же цього невдоволення став вибух антиурядового повстання на Переяславщині. Місцеве товариство, як стверджував Самовидець, від самого початку не любило присланого їм гетьманом, а не обраного вільними голосами полковника Данила Єрмолаєнка. Ще більше ситуація в полку загострилась, коли царські воєводи почали обкладати податками маєтності. Зважаючи на близькість Єрмолаєнка до Брюховецького, саме на ньому й акумулювалось народне невдоволення. Вісімнадцятого липня переяславські козаки піднімають антиурядове повстання. Під час виступу Єрмолаєнко був убитий. На його місце товариство обрало Максима Хоменка.
Лише завдяки випадку трагічної участі зумів уникнути російський воєвода Григорій Вердеревський, оскільки повсталі, розправившись зі своїм полковником, «ночю поспішили, хотячи, в замок упавши, Москву вибити». Але через те, що воєвода «остерігся и своїх в город забрав и не дался», реалізувати задумане не вдалося. Тим часом саме місто Переяслав було спалено, а переяславські козаки, відступивши до Баришівки, закликали до себе правобережного гетьмана Петра Дорошенка. І лише вчасно прислане воєводою П. В. Шереметьєвим підкріплення з Києва дозволило приборкати виступ переяславців.
Варто сказати, 1666 рік, крім різних неприємностей, пов'язаних із реакцією людності на Московський договір, у житті Брюховецького позначився серйозними неприємностями і в особистому житті. Так, сотник московських стрільців Кирило Кокошев, котрий, відповідно до постанов Московських статей 1665 р., на чолі царських ратників охороняв лівобережного правителя в Гадячі, розповідав посланцю з Москви, що гадяцькі відьми «выкрали у гетмановой жени дитя из брюха». І саме з цим прикрим інцидентом — чи то з реальною втратою Дарією плоду, чи то з тим фізіологічним станом, який у спеціальній літературі з медицини називається «уявна вагітність», — пов'язується початок ініційованих гетьманом «відьмацьких процесів», коли за наказом Брюховецького в Гадячі було спалено «пять баб ведьм да шестую гадяцкова полковника жону».
Крім прикрого викидня у гетьманші, джерела фіксують у цей час і проблеми зі здоров'ям у самого Брюховецького. До слова, провину за це також було покладено на спалених за наказом гетьмана жінок: «...мнил на них то, что оне ево гетмана и жену ево портили и чахотную болезнь на них напустили».
Підтвердження інформації щодо проявів 1666 р. середньовічного мракобісся в Гадячі, переданої в Москву стрілецьким сотником, міститься і в повідомленні гадяцького воєводи Федора Протасьєва: «...поговоривают де козаки в войске про гетмана: што де за гетман, что запершись сидит в городе что в лукошке? Хорошо бы де шол и был в войске и всякой бы де промысел чинил над государевими неприятели; а то де толко за гетманом и дела что ведми зжот». Цікаво, що в історичних джерелах спалені «перед всім народом в Гадячом» жінки називаються не інакше як «чесні жони», що постраждали «за малую вину».
Загалом на тлі падіння довіри до нього з боку козацького товариства та посилення провокацій з боку правобережного гетьмана, Брюховецький стає патологічно підозрілим і мстивим. Так, у лютому 1666 р. Іван Мартинович запросив до себе в гетьманську резиденцію лубенського полковника Григорія Гамалію. До Гадяча полковник прибув разом з ігуменом Каллістом і був тут гостинно зустрітий боярином. Упродовж усього дня Гамалія насолоджувався прийомами та частуваннями гетьмана, а ввечері той наказав його заарештувати. Приводом до арешту стали підозри в таємному листуванні вихідця з Правобережжя з правобережним гетьманом. Під караулом Гамалія просидів більше року, але, здається, провина його доведена не була, і вже з кінця 1667 р. він повертається до управління Гетьманатом.
Слідом за Гамалією, уже десь наприкінці 1666 — початку 1667 р., втрачає довіру регіментаря один з найвідданіших йому ще принаймні з 1663 р. старшин — колишній козак-неофіт у часи змагання Брюховецького за гетьманську булаву, а після Ніжинської ради беззмінний полковник ніжинський Матвій Гвинтовка. Невідомо, коли і за яких обставин між гетьманом і ніжинським полковником пробігла чорна кішка, але, вочевидь, причина була доволі серйозна. Адже за наказом Івана Мартиновича Гвинтовку не лише було позбавлено пернача, а й взято під варту. При цьому Брюховецький пояснював свої дії тим, що Гвинтовка надумав зрадити царя. Спочатку нібито він, супроводжуючи гетьмана в поїздці до Москви, довго не погоджувався прикласти руку до «Новопоставлених статей» 1665 р., а по поверненню в Україну відкрито висловлював своє небажання воювати з козаками правобережного гетьмана, заявляючи при цьому, що «ніде того не чиниться, щоб свій свого воював». У Гадяцькій тюрмі Гвинтовка пробув цілий рік. А по тому, у лютому 1668 р., за наказом гетьмана колишнього полковника перепровадили до Ніжина, але з-під варти так і не звільнили.
Крім полковників лубенського і ніжинського, у немилість рейментарську потрапив і генеральний суддя Юрій Незамай. Як і Гамалія, Незамай був вихідцем з Правобережжя, що в умовах активізації агентів гетьмана Дорошенка на Правобережжі було само по собі підозрілим. До того ж генеральний старшина видав дозвіл на повернення на Правобережжя п'ятьом козакам з Канева, захопленим лівобережцями в полон. Спочатку Незамай за наказом Івана Мартиновича був спроваджений до Москви, а вже звідти за царським указом — відправлений у заслання до Казані. Компанію Юрію Незамаю склав і лисянський полковник Височан, котрого Брюховецький вислав до Москви, а цар спровадив аж до Сибіру.