2 марта 1942 года подводная лодка "Сейлфиш" обнаружил соединение японских кораблей в проливе Ломбок. "Сейлфиш" атаковал эсминец противника, но торпеды прошли мимо цели. В ту же ночь "Сейлфиш" с большой дистанции дал торпедный залп по крупному кораблю, который был принят за авианосец из-за его характерной плоской палубы. Командир лодки видел, как торпеды взорвались у борта цели. Долгое время считалось, что "Сейлфищ" повредил японский авианосец "Кага", входивший в состав авианосного соединения Кидо Бугаи, которое рыскало по всему Тихому океану и уничтожало все на своем пути. Уверенность Вога в том, что это был именно "Кага", усиливалась следующим: этот авианосец не участвовал больше в операциях Кидо Бугаи в марте и апреле. В действительности же "Кага" получил повреждения, налетев на коралловые рифы у островов Голландской Индии. Его отправили в Японию и там поставили в сухой док. В то время мало кто знал о его местонахождении. Это ввело в заблуждение командиров американских подводных лодок, действовавших на Тихом океане. Тем не менее донесений Вога оказались в принципе правильными. В ночной атаке 2 марта "Сеилфиш" потопил "Камогава-мару" — один из самых быстроходных японских торговых судов, переоборудованных в авиатранспорты.
3 марта подводная лодка "Сэмон", четыре раза безуспешно атаковавшая корабли противника, которые были приняты Маккинни за легкие крейсера, предприняла новую, пятую атаку. На этот раз командир подводной лодки был уверен, что его торпеды попали в цель, и доложил о потоплении легкого крейсера. Примерно в то же самое время и на том же месте был серьезна поврежден торпедой, выпущенной с подводной лодки, японский эсминец "Судзукадзе". Очевидно, это и был тот самый корабль, который атаковал "Сэмон".
Между тем из-за сокращения запасов топлива патрулирование вело все меньшее число подводных лодок США. Последней подводной лодкой типа "S", оставшейся в районе к северу от острова Ява, была "S-39". 4 марта она атаковала военный танкер "Еримо". 15 марта Уилкс приказал пяти лодкам типа "S", находившимся в Фримантле, обогнуть Австралию с юга и прибыть в Брисбен, где они должны были встретиться с подводными лодками "S", следовавшими в Брисбен из Панамы. Во Фримантле осталось 20 эскадренных подводных лодок.
Основные силы японского флота продолжали действовать в Малайе и Голландской Индии, где они обеспечивали поддержку и снабжение войск. Чтобы прикрыть с фланга позиции в Бирме, эти силы 23 марта заняли Андаманские острова и примерно в то же время направили через пролив Ломбок экспедиционные силы к острову Рождества, находящемуся в 200 милях к югу от острова Ява. В проливе Ломбок японские силы обнаружили подводную лодку "Сэмон". Маккинни дал оповещение по радио с указанием координат, курса и скорости противника, хотя было мало вероятно, чтобы к югу от острова Ява находились корабли союзников, которые могли бы противодействовать японским силам.
Подводная лодка "Сивулф" получила приказ произвести разведку района острова Рождества и затем следовать во Фримантл. На лодке были на исходе запасы топлива, провизии и торпед. По имевшимся данным, остров Рождества все еще находился в руках союзников, и когда командир получил оповещение "Сэмона", он правильно определил, куда направляются японские экспедиционные силы, и решил ждать встречи с ними. Рано утром 31 марта у острова Рождества "Сивулф" обнаружил японское оперативное соединение. Он установил, что в составе соединения находятся четыре легких крейсера. Они готовились к открытию артиллерийского огня по берегу. Уордер атаковал флагманский корабль из носовых торпедных аппаратов. Опасаясь ответной атаки, Уордер очень осторожно поднял перископ и увидел, как его торпеды взорвались у цели. Весь день эсминцы охотились за "Сивулфом", довольно точно сбрасывая глубинные бомбы. На следующее утро, перед рассветом, "Сивулф" снова обнаружил противника. Командир лодки снова избрал флагманский корабль объектом атаки и дал по нему торпедный залп. Некоторое время спустя тишину разорвал грохот взрывов.
В тот же день, 1 апреля, Уордеру опять сопутствовала удача. На этот раз его целью оказался крейсер. "Сивулф" выпустил по нему свои последние торпеды. Гидроакустик проследил движение торпед вплоть до цели и зафиксировал точное попадание.
На боевой счет "Сивулфа" было отнесено потопление трех крейсеров. Однако в японских документах ничего не говорится о потоплении крейсеров в это время.
К началу марта определились те принципы, на основе которых проводились операции подводных лодок Тихоокеанского флота. Была закончена разведка островов в центральной части Тихого океана и определено местоположение важнейших японских военно-морских баз. У берегов Японии находились пять подводных лодок, у Каролинских островов — одна, на переходе в районы патрулирования — восемь. Командующий подводными силами Тихоокеанского флота Уитерс принял решение переразвернуть все эти подводные лодки для действий против важной цели.
Разведка флота установила, что поврежденный японский авианосец вышел из Палау по направлению к Йокосуке. Очевидно, это был "Кага", который, как полагали, получил попадание одной из торпед "Сейлфиша" в проливе Ломбок. Однако в действительности этот авианосец возвращался в Японию для устранения повреждений в подводной части корпуса, полученных им на рифах. Уитерс предпринял меры к тому, чтобы навести свои подводные лодки на авианосец, но полученная информация была явно неточной, а район, в котором предстояло вести поиск, оказался слишком обширным.
В итоге японский, авианосец обнаружить так и не удалось.
К 4 марта всем подводным, лодкам было приказадо вернуться в назначенные им районы _патрулированйя. В тот же день "Наруал" потопил корабль противника в районе островов Амали, а "Туна" — южнее острова Кюсю.
Главный японский морской штаб в общих чертах рассмотрел план вторжения в Северную Австралию, чтобы не допустить развертывания массированного воздушного наступления на Японию, которое, как предполагали в Японии, будет осуществляться с этого континента. По подсчетам, произведенным командованием японской ар-, ми и, для этой цели ей потребовалось бы десять дивизий. Судов не хватало для перевозки и половины этих войск, даже если бы армия и имела указанное число дивизий По тем же причинам был отвергнут план японского вторжения на Гавайские острова. При этом учитывалось, что на переходе к Гавайям большое число японских судов в течение длительного времени будет подвергаться атакам американских подводных лодок. Учитывая ограниченные возможности материально-технического обеспечения войск на последующем этапе войны, было признано наиболее целесообразным продвижение с постепенным захватом островов. Удар предполагалось наносить через Соломоновы острова, острова Фиджи и Самоа с целью перерезать американские коммуникации с Австралией.
Штаб Объединенного японского флота пришел к совершенно противоположным выводам. Там были очень обеспокоены уязвимостью Японии в результате возобновления рейдов американских авианосных сил из центральной части Тихого океана. В штабе Ямамото считали, что для защиты Японских островов первостепенное значение имеет продвижение на восток. В итоге штаб Объединенного флота выдвинул план захвата атолла Мидуэй, самой западной американской базы в центральной части Тихого океана. В японском военно-морском флоте шла жестокая борьба между сторонниками этих двух стратегических концепций. В конце концов одержала верх точка зрения штаба Объединенного японского флота. 16 апреля император Японии одобрил план нападения на Мидуэй.
Рано утром 18 апреля 16 американских армейских бомбардировщиков В-25 стартовали с палубы авианосца "Хорнет" с целью Нанесения бомбового удара по Токио. Этот налет подтвердил, что опасения, касающиеся возможности налетов авианосной авиации на Японию, были обоснованными.
В день налета на Токио подводная, лодка "Трешер" патрулировала южнее Токио. "Трешер" находился здесь уже несколько дней, ведя метеорологические наблюдения. В Японии знали о присутствий американской лодки в этом районе, поскольку здесь было потоплено японское судно. В ночь на 16 апреля Андерсону (командир "Трешера") предстояло решить специальную задачу. Он покинул свою позицию, чтобы ввести противника в заблуждение, и передал по радио донесение с данными метеорологических наблюдений. Это донесение имело серьезное значение для адмирала Хэлси, который с авианосцами "Хорнет" и "Энтерпрайз" находился в нескольких сотнях миль к востоку.
Урон, причиненный Японии в результате первого в ее истории воздушного налета, был невелик по сравнению с результатами многих других налетов, которые ей пришлось испытать позднее. Однако этот первый налет сильно взволновал японцев. Через пролив Бунго из Внутреннего Японского моря вышел 2-ой флот, только вернувшийся из напряженного похода, который знаменовал собой конец первой фазы войны. С аэродромов острова Хонсю в воздух поднялись бомбардировщики. Все имевшиеся подводные лодки были высланы в море для преследования уходивших американских авианосцев. Вышедшее в Тихий океан через пролив Лусон оперативное соединение Кидо Бугаи также начало поиск противника в водах южнее Японских островов. Было отсрочено выполнение боевых задач авианосцами "Секаку" и "Дзуйкаку" и сокращено время подготовки к выходу в море других авианосцев. Но, несмотря на все эти меры, Хэлси беспрепятственно ушел.
В конце первой фазы войны все японские подводные лодки ушли из Индийского океана и вод Голландской Индии. В середине апреля оперативное соединение, состоявшее из подводных лодок "I-10", "I-16", "I-18", "I-20" и "I-30" и вспомогательных крейсеров "Хококу-мару" и "Айкоку-мару", вышло из Японии в Джорджтаун (Пенанг), где три из этих подводных лодок должны были принять на борт сверхмалые подводные лодки, чтобы затем следовать на выполнение боевого задания к Диего-Суарес (Мадагаскар), где базировалась часть британского Дальневосточного флота. Используя возможность приема топлива в море, "I-30" должна была из Мадагаскара идти на юг, обогнуть мыс Доброй Надежды и через Атлантический океан прибыть в Германию.
Примерно в то же время подводные лодки "I-22", "I-24", "I-28" и "I-29" вышли из Японии к островам Трук. Они должны были действовать в Коралловом море и затем у Соломоновых островов принять на борт сверхмалые подводные лодки для последующих действий у восточных берегов Австралии. Их сопровождали подводные лодки "I-21" и "I-27", которые должны были вести разведку у побережья Австралии. 18 апреля, когда Хэлси совершал воздушный налет на Токио, эти подводные лодки находились в 400 милях к югу от острова Хонсю. Им было приказано изменить маршрут движения и следовать в район восточнее островов Бонин для поиска кораблей Хэлси. Поскольку эти лодки были очень нужны в Коралловом море, они вскоре прекратили поиск и снова двинулись к островам Трук. Большая часть других японских подводных лодок в апреле готовилась к операции у острова Мидуэй.
Возросшие в марте потери на море и нехватка морских транспортных средств для военных операций заставили японское командование обратить внимание на противолодочную оборону, которой оно ранее пренебрегало. 11 апреля для охранения судов, совершавших переходы между Сингапуром и Японией, была создана 1-ая эскортная группа, состоявшая из десяти устаревших эсминцев и семи малых кораблей, 2-ая эскортная группа, состоявшая из четырех устаревших эсминцев и трех малых кораблей, приняла на себя задачу охранения судов между Иокосукой и островами Трук. Однако этих сил охранения было далеко не достаточно.
В Японии не смогли воспользоваться низким качеством американских торпед, которые часто взрывались преждевременно. Некоторые японские корабли возвращались в базы с невзорвавшимися американскими торпедами, которые торчали из корпуса корабля. Многие в Японии считали, что, если даже танкер получит попадание торпед, он не должен затонуть. Предполагая, что так будет продолжаться всегда, капитаны торговых судов предпочитали плавать без охранения, которое уменьшало эффективность морских перевозок. А в свою очередь Объединенный японский флот оказывал сопротивление всякой попытке использовать эскадренные миноносцы для охранения судов.
В юго-западной части Тихого океана перевод базы подводных лодок во Фримантл значительно увеличил расстояние, которое приходилось покрывать подводным лодкам при переходе из базы в район боевых действий. Это резко уменьшило число подводных лодок, которые могли оставаться севернее малайского барьера. Эти несколько подводных лодок с наибольшей пользой могли быть использованы для действий на морских сообщениях Японии, особенно против танкеров, перевозивших нефть с Борнео и Суматры. Однако по разным причинам нередко приходилось от этого отказываться, в частности из-за необходимости помогать войскам, попавшим в трудное положение, или просто-напросто спасать их. В апреле, когда обстановка на острове Коррехидор и полуострове Батан стала крайне напряженной, подводные лодки больше привлекались для снабжения войск. В апреле пять подводных лодок совершили рейсы на Коррехидор, доставив туда продовольствие, боеприпасы и предметы снабжения. Обратным рейсом они вывезли личный состав армии и флота.
Но не только на Коррехидоре проводились подобные операции. Подводная лодка "Сирейвн" по пути к Коррехидору с грузом боеприпасов получила приказ спасти на острове Тимор австралийских солдат, избежавших плена. Было спасено тридцать австралийцев. Позднее подводная лодка "Стёрджон" предприняла неудачную попытку спасти группу австралийских летчиков, которые, как полагали, скрываются от японцев на островке вблизи Тжилатжиапа.
Эти операции отвлекали подводные лодки от выполнения их основных задач уничтожения японских кораблей и, несомненно, уменьшали угрозу японскому судоходству.
Передышка, которую дали Японии американские подводные лодки в юго-западной части Тихого океана, совпала с такой же передышкой в центральной части Тихого океана. Большую часть апреля у побережья Японии и в Восточно-Китайском море находились только две американские подводные лодки. Ввиду ухода союзников с Явы, острова Формоза и Палау оказались вне радиуса действия подводных лодок, базировавшихся на Фримантл, и американское командование в центральной части Тихого океана приняло на себя ответственность за ведение операций в этих районах, хотя в апреле не оказалось подводных лодок, которые можно было туда направить. Наращивание японских сил в Рабауле заставило США обратить особое внимание наложную часть Тихого океана. Для разведки обстановки на островах Трук и в районе Кавиенга была послана подводная лодка "Тэмбор", но в апреле патрулирование здесь американских подводных лодок не дало результатов, Апрель был месяцем переразвертывания подводных лодок.
3 апреля в Датч-Харбор (Аляска) прибыли подводные лодки "S-34" и "S-35", где они встретились с лодками "S-18" и "S-23", которые с началом войны в срочном порядке были направлены сюда из Сан-Диего. На этом этапе войны патрулирование подводных лодок у Алеутских островов носило чисто оборонительный характер, и ни одной из подводных лодок не довелось вступить в бой с противником.
Шесть подводных лодок типа "S" ("S-42", "S-43", "S-44", "S-45", "S-46" и "S-47") под командованием Кристи находились на переходе из Панамы в Брисбен. 15 апреля после сорока пяти дней пребывания в море, упомянутые лодки прибыли в пункт назначения. После прибытия Кристи к нему в оперативное подчинение перешли все подводные лодки, находившиеся в Брисбене.
15 апреля из Фримантла в Брисбен пришла подводная лодка "S-38". Вскоре она вышла на патрулирование в залив Папуа. 21 апреля подводная лодка "S-47" вышла из Брисбена на патрулирование в проливе Святого Георга, между островами Новая Ирландия и Новая Британия. Спустя несколько дней следом за ней в тот же район ушли подводные лодки "S-42" и "S-44".
В начале апреля комитет начальников штабов в Вашингтоне разделил Тихоокеанский театр военных действий. Генерал Макартур стал главнокомандующим войсками союзников в юго-западной части Тихого океана. Под-его командованием находились все вооруженные силы союзников в этом районе. Азиатский флот стал именоваться Военно-морскими силами США в юго-западной части Тихого океана, и их командующим стал вице-адмирал Лири. Вице-адмиралу Лири подчинялись командующие оперативными соединениями подводных лодок -Уилкс во Фримантле и Кристи в Брисбене.
Адмирал Нимиц в Пирл-Харборе помимо обязанностей главнокомандующего Тихоокеанским флотом стал главнокомандующим всеми силами союзников в зоне Тихого океана. Нимицу подчинялся командующий подводными силами Тихоокеанского флота Уитерс. Весь Тихий океан был разделен на северную, центральную и южную части. Командующим силами союзников в южной части Тихого океана был назначен вице-адмирал Гормли.
После оперативного разделения Тихого океана Соломоновы острова, архипелаг Бисмарка и Новая Гвинея оказались отнесенными к юго-западной части, где главнокомандующим был Макартур. Для Макартура основной задачей была оборона Порт-Морсби, а для Нимица — борьба с японским военно-морским флотом. Для разведки обстановки в Коралловом море Нимиц направил оперативное соединение. Подводные лодки в Брисбене находились под командованием Макартура и подчиненных ему флотских офицеров. До того как каждая из подводных лодок Нимица входила в воды юго-западной части Тихого океана, план ее действий должен был быть тщательно согласован с штабом подводных сил юго-западной части Тихого океана во избежание недоразумений, вызванных присутствием в данном районе океана подводных лодок, не подчиненных единому командованию. Отработка взаимодействия между авиацией, надводными силами и подводными лодками, действовавшими в одном и том же районе, — сложное дело, даже когда эти силы подчинены единому командованию. А при разделенном командовании осуществлять такое взаимодействие еще сложнее.
1 мая в Коралловом море, к западу от островов Новые Гебриды, авианосные оперативные соединения встретились с авианосцами "Йорктаун" и "Лексингтон". Командование объединенными силами было возложено на Флетчера. Позднее в состав этих сил вошли два австралийских крейсера и один американский. Это было крупное соединение флота, однако недостаточно мощное по сравнению с противостоявшими японскими силами. В тот же день с островов Трук подошли ударные японские силы с авианосцами "Сёкаку" и "Дзуйкаку", которые должны были обеспечивать японские силы вторжения при высадке десанта, в Порт-Морсби. Шесть японских подводных лодок образовали в Коралловом море завесу. Три американские подводные лодки типа "S" заняли позиции вдоль возможного маршрута движения японских сил. Таким образом, все было подготовлено к бою в Коралловом море.