Кроме лютеран, существовало и другое, более радикальное течение. Лютер называл его представителей словом Schtürmer, что означает «энтузиаст» или «фанатик». Цвингли, которого сам Лютер считал слишком большим экстремистом, именовал их «перекрещенцами». Сегодняшнее наименование это движение также получило от своих недругов. Название одного из наиболее радикальных течений сектантского типа – анабаптистов – произошло от греческого ana, то есть «вновь», и от термина, обозначающего крещение. Сами же его представители чаще именовали друг друга верующими христианами, или братьями. Если религия – это, по выражению Маркса, «опиум для народа», то анабаптизм можно было сравнить с кокаиновым крэком.
У анабаптистов были предшественники. Вальденцы, петробрусиане, генрикиане, альбигойцы, братство общинной жизни, гуситы, община богемских братьев Петра Хельчицкого – в анабаптизме отразились черты всех этих движений. Проблема существовала давно. Хотя идея перекрещения была впервые упомянута в документах II века, многие анабаптисты ссылаются на пример самого апостола Павла (Деян., 19). Во II и III веках Монтан (и его последователи-монтанисты), а также Тертуллиан, отвергавшие крещение во младенчестве, крестились во взрослом возрасте и считали всех прочих «еретиками». В IV веке последователи карфагенского епископа Доната (донатисты) повторно крестили тех, кто уже был крещён епископами, которых они считали отрекшимися от веры и, вопреки заветам Священного Писания, прибегавшими к помощи языческих богов или тех, кто запятнал себя сотрудничеством с такими епископами. Согласно Кодекса Юстиниана (529), перекрещение было преступлением, по политическим соображениям каравшимся смертью.
К ужасу Лютера, в 1521 году прихожане Виттенберга попали под влияние цвиккауских пророков, проповедников анабаптизма. Впрочем, основные принципы анабаптизма были сформулированы только в 1523 году швейцарским реформатором Конрадом Гребелем. Гребель проповедовал невозможность рождения в вере или то, что человек может стать членом церкви, только самолично приняв данное решение. Вхождение в церковь рассматривалось как добровольный шаг, на который могли пойти только взрослые люди путём обряда крещения. Таким образом, крещение младенцев считалось актом, не имевшим значения. Ни Гребель, ни его последователи не использовали терминов «перекрещение» или «анабаптизм», поскольку они отрицали, что обливание головы младенца водой составляет суть христианского крещения. К этим взглядам добавлялись примитивно-коммунистические и хилиастические представления, радикально противоречившие политической системе того времени и прямо угрожавшие социальной стабильности.
Всего за несколько лет влияние анабаптистов распространилось по всей империи. В 1529 году Карл V приказал любыми способами искоренить вредоносное учение. Вскоре последователи анабаптизма ушли в подполье. Они встречались тайно, узнавая друг друга по тайным знакам и став ещё большей угрозой для властей. Анабаптисты были уверены в приближении конца света, что в итоге и произошло в одном из городов севера Германии. Трагедия осады Мюнстера и весь ужас, последовавший за этим, не миновали Фауста.