Последние годы митрополита были омрачены известиями с театра военных действий. Война, объявленная Турцией России в октябре 1853 года, разгоралась все сильнее. Русские войска заняли Молдавию и Валахию; эскадра под командованием Павла Нахимова прорвалась в Синопскую бухту и наголову разгромила турецкий флот, сорвав высадку турецкого десанта на побережье Грузии. Ряд поражений русские нанесли туркам в Закавказье, где воины Шамиля были отброшены в горы. Спасая Турцию от неминуемого разгрома, Англия и Франция объявили России войну. Эскадра союзников вошла в Балтийское море, блокировала Кронштадт и Свеаборг. На Белом море англичане подвергли варварской бомбардировке Соловецкий монастырь, а на Мурманском побережье сожгли старинный город Колу. Высадившись в Крыму, огромная 60– тысячная армия союзников двинулась на Севастополь. Не решившись атаковать лишенный укреплений и фактически беззащитный город, союзники осадили его и начали планомерную бомбардировку…
Император Николай I мучительно переживал свалившиеся на отечество невзгоды. Жители Петербурга все чаще замечали по ночам высокую фигуру императора, в одиночестве ходившего по Дворцовой набережной. Здоровье все чаще подводило его, но он не обращал на это внимания. В начале февраля 1855 года Николай простудился, но все же поехал на смотр войск. Вечером он слег. Прощаясь с семьей и старшим сыном Александром, император сказал: “Мне хотелось, приняв на себя все трудное, все тяжелое, оставить тебе царство мирное, устроенное и счастливое. Провидение судило иначе. Теперь иду молиться за Россию. После России, я вас любил более всего на свете. Служи России…” 18 февраля 1855 года император Николай I умер.
Россия была потрясена столь внезапной кончиной императора. По всей стране по рукам ходил знаменитый “Плач”, распространявшийся в списках и литографических оттисках: “Царь великий, незабвенный,//батюшка ты наш родной,//перед целою вселенной//охранял ты наш покой…”
Горячо оплакивал своего друга и киевский митрополит Филарет.
– Не стало нашего отца родного, – говорил он прерывающимся от скорби голосом своему келейнику. – Не увидим его более в стенах нашей обители… Не услышим его царственного голоса…
А однажды Филарет сказал камердинеру:
– Помнишь нашу поездку с государем в Китаев?
– Как не помнить, владыка…
– Теперь пророчество Феофила мне ясно как день. Муравьи – это злобствующие враги нашего отечества, стремящиеся истерзать великое тело России, а крестообразно сложенные руки и смеженные веки – внезапная смерть царя-батюшки…