28 октября 1884 года в селе Космодемьянское Орловской губернии в семье крестьян Василия и Матроны Фоминых родился третий сын – Стефан. Василий и Матрона были люди благочестивые, они ездили в Оптину пустынь и брали с собой детей.
В 1888 году Василий умер, а через год скончалась Матрона. Братья остались сиротами – семнадцати, одиннадцати и пяти лет. Средний брат через несколько лет был принят послушником в Иоанно-Предтеченский скит Оптиной пустыни, старший женился, чтобы укрепить семью, а младший, Стефан, остался помогать по хозяйству.
Преподобный Севастиан вспоминал о своем детстве:
“Хотя бы кто-нибудь остался из женского пола: или бабушка, или сестра, или тетя, кто бы о тебе в таком возрасте позаботиться мог. Без матери-то плохо, даже со снохой. Помню, было мне лет восемь. Я попросил у снохи молока, а она мне: „Подожди“. Я рассердился, пошел и побросал на землю конопляные холсты, которые сноха отбеливала и сушила на солнце, и посыпал их грязью. Сноха пожаловалась брату. Брат меня поругал и побил. Побить-то, поругать есть кому, а пожалеть-то некому было”.
Мальчик окончил церковно-приходскую школу. Он оказался очень способным, и священник давал ему книги из своей библиотеки. От рождения Стефан был слаб здоровьем, и на полевых работах трудился мало, в основном проводил время на пастбище, следил за стадом. Сверстники недолюбливали Стефана за его кротость и дразнили “монахом”. Зимой, когда крестьяне отдыхали от полевых работ, Стефан навещал своего брата в монастыре – ему очень нравилось в Оптиной. В возрасте двадцати четырех лет от роду он поступил в эту знаменитую обитель и стал послушником скитского старца.