Наступил 1893 год. Незадолго до своей смерти приходит блаж. Паисий к своему племяннику и приносит ему свой образок Казанской Божией Матери.
— Прими, душко, иконочку. Это вам на благословение, я скоро умру.
Предузнав, таким образом, свою кончину, старец заботливо вычистил свою келию и, не желая оставлять будущим заместителям ее следов своего «нестяжания» повыкидывал прочь свою посудинку и черепки.
— Душко, подавай мою сумочку. Принеси палочку, — говорит он своему соседу.
— Что вы, о. Паисий? Опять от нас собираетесь? Куда?
— Далеко, душко, пойду. Больше меня не побачишь.
Помолился о. Паисий Богу и в Лавру пошел. «Вижу я, — говорит монах Иоиль, — блаженный на повозочке с иноками едет; на боку лежит и правой рукой под голову подпирается. «Здравствуйте, о. Паисий. Куда вы?» — «В Лавру, душечко, в Лавру. Помирать еду». Я засмеялся: думаю, старец шутит. — Но это уже была не шутка, а действительность. Это было в начале апреля или в конце марта месяца 1893 года».
По прибытии в Лавру блаженный еще более изнемог, и его поместили в братскую больницу на излечение. Отсюда он уже более не выходил, но с каждым днем все более и более изнемогая, 17 апреля волею Божиею тихо скончался, будучи напутствован перед этим Святыми Тайнами Тела и Крови Христовых.
В момент смерти блаженного часы показывали половину 12-го ночи. Опрятав тело скончавшегося старца и облачив его в иноческие одежды, больничные служители положили его в приготовленный гроб и поставили в церкви больничного Николаевского монастыря.
С рассветом вся Лавра, а за нею и все горожане узнали, что блаженного старца Паисия уже нет в живых. Великая скорбь объяла всех. Многие проливали изобильные слезы. Всем казалось, что со смертью этого дивного старца закатилась звезда настоящей иноческой жизни, ушла в вечность опора немощных и слабых духом и помощь убогих и сирых.
Одежды блаженного, в которых он прибыл в больницу, были разобраны нарасхват. Величественные свечи в память усопшего залили ярким светом всю церковь. Панихиды совершались одна за другой. В течение первого дня их насчитывалось до 40. Почитателей блаженного и богомольцев перебывало у гроба до 15 000 в один день. По причине такого громадного наплыва публики, которая буквально не отходила от гроба блаженного, ворота Лавры не закрывались до позднего вечера.
Отпевание совершал глубокий почитатель старца экклесиарх Лавры архимандрит Валентин соборне. Пели клирошане Великой церкви под управлением уставщика иеромонаха Иерона. Народа была масса.
Отпевание кончилось. Шествие двинулось за святые ворота обители. Здесь совершена заупокойная лития. Певцы запели «Вечную память», и толпа с благоговением опустилась на колени. Гроб с останками установлен в катафалк и направился в лаврскую Спасо-Преображенскую Пустынь на братское кладбище. Раздались оглушительные рыдания и вопли. Некоторые женщины с громким плачем рвались на гроб, более сдержанные умоляюще вопияли к почившему с протянутыми вперед руками.
Через час-два и высокий курган земли уже навеки закрыл собою гроб с останками дивного и святого старца.
Спи же блаженным сном добровольный мученик Христов и молись за нас Господу Вшу! Узким и прискорбным путем шествовал ты по земле, крест непостижимой жизни своей, яко ярем вземши Христу последовал ecu верно. Иди же, и насладись уготованных тебе почестей и венцов небесных.
Ты жизни святостью своею
Себя навек увековечил,
И души гибнущих людей
Обожествил, очеловечил.
Мы же, грешные и презренные, взирающе на окончание жительства твоего, будем, по силе, подражать вере твоей.