Столкнувшись во время следствия со странными показаниями свидетелей, генеральный викарий спросил сначала, «всерьез» все это говорил Меноккио или «в шутку», а затем — в своем ли он уме16. В обоих случаях ответ был категорический: Меноккио говорил «всерьез» и был «в своем уме..., не помешанный». После начала допросов уже один из сыновей Меноккио, Заннуто, стал по совету некоторых друзей отца (Себастьяно Себенико и некоего отца Лунардо) ссылаться на его «помешанность» или «одержимость». Но викарий не обратил на это внимания, и процесс продолжился. Была возможность занести идеи Меноккио, и в частности, его космогонию (сыр, молоко, черви-ангелы, Бог-ангел, возникший из хаоса), в разряд нечестивых, но в сущности безобидных чудачеств, но этой возможностью не воспользовались. Век или полтора века спустя Меноккио скорее всего оказался бы в сумасшедшем доме с диагнозом «религиозный бред»17. Но в разгаре Контрреформации способы изоляции были другими и сводились в основном к распознаванию и подавлению ереси.