Эрцгерцог Иоанн Австрийский был сыном императора Леопольда II и испанской инфанты Марии-Луизы. В 1800 г. во время войны с Францией 18-летним юношей он был поставлен во главе австрийской армии, но в том же году разбит при Гогенлиндене генералом Моро. Войска генерала Моро занимали небольшую поляну и окружающий лес у Гогенлиндена, а австрийская армия пятью отдельными колоннами шла на соединение к Гогенлиндену. Атака эрцгерцога на деревню была отбита, одновременно Моро сражался с подходившими в различные пункты колоннами австрийцев и после жестокого боя разгромил их. Австрийцы потеряли 7 тысяч человек убитыми и ранеными, 12 тысяч пленными и 87 орудий.
В 1805 г. эрцгерцог пытался организовать в Тироле народную войну против французов, командовал корпусом, однако неудачный ход войны привел к потере Тироля уже в следующем году. Иногда эрцгерцога Иоанна называли некоронованным королем Альп, поскольку Штирия и Тироль были его владениями. В 1809 г. он вновь готовил восстание в Тироле, но в июне этого же года потерпел поражение при Раабе. 44-тысячная французская армия под командованием Евгения Богарне встретилась с примерно равными силами австрийцев эрцгерцога Иоанна. Французы атаковали австрийские войска и полностью их разбили. За ночь Иоанн сумел собрать разрозненные части и совершить планомерный отход, хотя его армия и потеряла около 3 тысяч человек. Богарне штурмом взял Рааб и соединился с армией Наполеона у Вены. В войнах с Францией австрийская резервная армия под командованием эрцгерцога в 1815 г. овладела крепостью Гюнинген.
В жизни эрцгерцог Иоанн отличался простотой обращения и широкой доступностью. Его просветительская деятельность и слухи о сочувствии идее объединения Германии, а также женитьба в 1827 г. на дочери простого почтмейстера Анне Плохль, получившей, правда, в 1845 г. титул графини Меран, создали Иоанну широкую популярность в народе. Когда революционные события 1848 г. вынудили императора Фердинанда I покинуть Вену, он назначил эрцгерцога своим наместником. 26 июня Иоанн прибыл в столицу и сразу приступил к исполнению своих новых обязанностей, а уже через три дня Национальное собрание Франкфурта избрало его правителем Германии. 11 июля Иоанн прибыл во Франкфурт, распустил союзный сейм и образовал имперское министерство. Он чувствовал себя, однако, более австрийским эрцгерцогом, чем правителем Германии, и принятая парламентом имперская конституция не претворялась в жизнь во многом благодаря противодействию Иоанна. Он быстро утратил свою популярность, и уже в начале июня 1849 г. германский парламент, заседавший в это время в Штутгарте, объявил полномочия правителя империи прекращенными. Фактически эрцгерцог еще несколькими неделями ранее потерял свое политическое значение и власть.
20 декабря 1849 г. Иоанн окончательно удалился в частную жизнь. В мирное время он занимался историей и естествоведением, объехал Тироль, Штирию, Каринтию, собрал богатые исторические и археологические коллекции, которыми обогатил университет в Инсбруке. В 1878 г. эрцгерцогу Иоанну был поставлен в Граце памятник.