По завещанию 1423 года великий князь московский Василий I передал Нижний Новгород своему сыну Василию, но Суздаль в этом документе не упоминался. Василий II Васильевич вступил на княжеский престол 10-летним мальчиком, а через четыре года в стране наступили сначала жестокая засуха, а за ней — голод и мор. Внешние враги не преминули воспользоваться этой обстановкой, и уже в 1427 году возобновились нападки литовского князя Витовта, который направил свои войска к Пскову.
Через некоторое время на русский престол стал претендовать звенигородский князь Юрий Дмитриевич (сын Дмитрия Донского и дядя Василия II), и князьям пришлось ехать в Орду, чтобы хан Улуг-Мехмет утвердил одного из них на престоле. Иван Всеволжский (ближний боярин великого князя Василия II) своими хитрыми речами улестил хана, и тот утвердил на московском престоле Василия II. Однако борьба между дядей и племянником продолжалась, а потом в нее втянулись и сыновья Юрия Дмитриевича. Из них настойчивей других к власти стремился Василий Косой. Устав от претензий и интриг двоюродных братьев, Василий II приказал схватить Василия Косого и ослепить его, после чего другие братья — Дмитрий Шемяка и Дмитрий Красный — признали его старшинство.
Внуки Василия Кирдяпы (Василий и Федор Юрьевичи) пытались вернуть Суздалю независимость, и последняя попытка подобного рода относится к весне 1445 года, когда казанский хан Улуг-Мехмет осадил Нижний Новгород, а своих сыновей Мамутека и Ягуба послал к Суздалю.
Русское войско, состоявшее всего из полутора тысяч человек, возглавил московский князь Василий II Васильевич, стан которого расположился близ города — на берегу речки Каменки. Татарские войска перешли Нерль, и у стек Спасо-Евфимьеского монастыря разыгралось кровопролитное сражение. Первым натиском русское войско обратило неприятеля в бегство, но вскоре татары оправились и окружили русских. Многочисленность неприятеля одолела мужество и самоотверженность русских воинов, и те потерпели поражение. Большая часть из них погибла, и лишь немногим удалось спастись. Сам князь, тяжело раненный, и многие знатные бояре попали в плен.
После победы над суздальцами татарские военачальники обосновались в монастыре, но не жгли и не грабили его, а только совершали отсюда набеги на соседние селения. Сняв с пленного князя Московского золотые кресты, они отослали их в Москву к матери его и супруге в знак своей победы над ним.
Так как князь Василий II Васильевич попал в плен, то великий стол московский захватил его двоюродный брат Дми-трий Юрьевич Шемяка, действовавший в союзе с можайским князем Иваном Андреевичем и при поддержке тверского князя Бориса. Дмитрий Шемяка направил хану письмо с просьбой держать у себя пленного князя вечно, а ему отдать ярлык на великое княжение. Но за Василия II заплатили большой выкуп, и в октябре 1445 года хан выпустил его на свободу.
Вернувшись в Москву, великий князь резко увеличил размер дани, а также начал раздавать земли татарам для поселений. Народ возроптал, и число сторонников Дмитрия Шемяки быстро увеличивалось. Он захватил Москву, в отместку за Василия Косого ослепил князя Василия II и сослал его сначала в Углич, а потом в Вологду. Однако Дмитрий Шемяка опасался за совершенное злодеяние народного гнева, поэтому захотел привязать к себе некоторых бояр благодеяниями. Потомки Василия Кирдяпы наследовали гордый дух предков и были враждебно настроены по отношению к Василию II Темному, так что лучших союзников Шемяке и не нужно было.
Он призвал к себе суздальских князей Василия и Федора Юрьевичей, с которыми заключил договор о восстановлении независимости Суздаля (взяв его назад у сподвижника своего Иоанна Можайского). Он отдал им также Городец, Нижний Новгород и Вятку; князья Василий и Федор Юрьевичи стали совершенно независимы от Москвы, и великому князю принадлежало только право старейшинства.
Однако московское боярство стояло за князя Василия II Темного, поэтому сделало все возможное, чтобы возвратить его на московский великокняжеский стол. В 1453 году великий князь сбросил Дмитрия Шемяку с московского стола и поначалу милостиво поступил с суздальскими князьями[18]. Василий и Федор Юрьевичи к этому времени уже умерли, и суздальским князем был Иоанн Васильевич (сын Василия Юрьевича). В деле княжения принимали участие и его братья Андрей и Симеон.
Великий князь Василий И Темный в договоре, заключенном с суздальскими князьями, дозволил им господствовать в уделах, которые они получили от Шемяки. За это они должны были признать его повелителем, отдать все древние ярлыки ханские, новых не брать и вообще прекратить все отношения с Ордой. По договору 1451 года суздальские князья вступили во владение своими суздальскими и шуйскими землями уже как простые вотчинники и перешли, таким образом, в разряд служилого боярства московского.
Последним из удельных князей суздальских был Василий Васильевич по прозванию Гребенка, отдавшийся на волю великого князя Московского.
В 1469 году великий князь Московский Иван III решил пойти в поход на царство Казанское. Часть русских войск села в Суздале на суда и, соединившись на Клязьме с владимирцами, прибыла в Нижний Новгород. В результате этого похода царь Казанский заключил мир с великим князем Иваном III и отпустил всех пленных, взятых в течение 40 лет.
В 1549 году его внук Иван Грозный решился окончательно покорить Казань, а когда это случилось, счастливый царь поспешил отблагодарить Господа за победу и сразу же по приезде в Суздаль поспешил в Покровский монастырь и в знак памяти оставил здесь богатый образ Грузинской Божией Матери. Однако в правление "грозного царя" суздальцы испытали и много бедствий, так как Суздаль вошел в число городов, составивших опричнину. Многие именитые горожане вынуждены были оставить свои дома; лишенные имущества, они уходили куда глаза глядят и гибли от мороза среди глубоких сугробов.