Смутное время принесло городу разорение, почти равное татарскому нашествию XIII века. То была пора, когда государственная власть, так долго и усиленно укреплявшаяся в Русской земле потомками Ивана Калиты, расшаталась из-за собственных внутренних волнений, а потом пала при вмешательстве в наши дела иноплеменных соседей — подданных короля польского. Московское правительство, по словам инокини Марфы (матери будущего царя Михаила Федоровича), "измалодушествовалось", изменило народным интересам, поддалось чуждому влиянию и было отвергнуто долготерпеливым, но оскорбившимся русским народом.
Особенно несчастным был для суздальцев 1608 год, когда царь Василий Иванович Шуйский был осажден в столице, а самозванец Лжедмитрий II жил в Тушине. Некоторые русские города стояли за царя, другие подчинились Тушинскому вору. В Суздаль явился с товарищами Бекегов, один из преданнейших приверженцев Лжедмитрия II, и объявил царя Василия Шуйского незаконным государем, Горожане, обольщенные его обещаниями и увлеченные примером дворянина Шилова, целовали крест самозванца. Через неделю Лжедмитрий II прислал архиепископу Суздальскому Галактиону и всем гражданам города благодарственное письмо, в котором обещал им различные льготы и милости. Грамота эта заканчивалась следующими словами: "А мы вас, за вашу службу и радение, пожалуем тем, чего у вас и на разуме нет".
Воеводой суздальским был поставлен Федор Плещеев, которого в городе прозвали "вором". Он был верным слугой Лжедмитрия II, и с тех пор Суздаль сделался главным местом сбора в здешнем крае литовцев, поляков и "русских воров". В 1609 году между прочими разорителями Московского государства пришел в Суздаль и удалой предводитель поляков пан Лисовский. Потерпев поражение под стенами Троице-Сергиевой лавры, ушел он от своего предводителя Яна Сапеги, и сначала поляки расположились в Свято-Покровском женском монастыре. Но, по преданию, в одну из ночей пану Лисовскому явилась во сне преподобная Соломония-София в иноческом одеянии, с горящей свечой и стала его жечь. И, проснувшись, польский воевода с ужасом отступил от святой обители…
Свой укрепленный лагерь поляки устроили на этот раз в Спасо-Евфимиевом монастыре. Отсюда они предпринимали походы на города, державшие сторону царя В.И. Шуйского, — Владимир, Ярославль, Шую и др. В Спасо-Евфимиевой обители отряды пана Лисовского держались до весны 1610 года, а когда уже совсем истощились его силы, польский воевода для дальнейшего грабительства отправился с атаманом Просовецким в Псков.
Но хотя суздальцы, присягнув Тушинскому вору, и получили от него похвальную грамоту, город и окрестности все равно подверглись такому жестокому разграблению, что и через двадцать лет следы перенесенных бедствии были еще весьма заметны[22]. В 1609 году воевода Федор Плещеев вынужден был жаловаться гетману Петру Сапеге на самоуправство польских панов: "Пахолики господине, литовские и казаки, стоечи в Суздале, воруют, дворовым и детям боярским и монастырям и посадским людям из Суздальского уезда разорение и насильство великое; женок и девок емлют, и села государевы, и дворянские, и детей боярских, и монастырские вотчины выграбили и пожгли". Однако никакие жалобы не помогали, и поляки продолжали бесчинствовать.
К счастью, "дружба" между поляками и суздальцами длилась недолго. Тяжкие налоги и та жестокость, с которой поляки выбивали их, возбудили негодование горожан, так что некоторые из них снова присягнули царю Василию Шуйскому. Но, окруженные литовцами и изменниками, они ничего не могли предпринять против поляков. Оставалось пока покориться своей участи и терпеть все притеснения грабителей.
Почти два года страдал Суздаль от буйства поляков, терпя тяжкое наказание за свою измену. Наверное, нет никаких причин оправдывать суздальцев, что изменили они по незнанию и сделали это принужденные силой. Были среди них, конечно, и такие, кто думал, что, принимая сторону Лжедмитрия II, они вступаются за правое дело и защищают отрасль рода Рюрикова. Однако многие видели в самозванце обманщика и изначально знали, что поступают против закона и совести, но из корыстных соображений шли на это.
Не имея основы в народной почве, государство Русское в Смутное время неминуемо должно было пасть. Но оно не рухнуло, потому что жив был русский народ, у которого был Бог. Всегда покорный, всегда терпеливый, народ забыл обиды московские и на развалинах скошенного, как трава, государства восстал в блеске и всеоружии Божией правды. На площади Нижнего Новгорода "излюбил" он "выборного от всея земли человека" — Кузьму Минина, "художеством говядаря", а для ратного устроения дел выбрал князя Дмитрия Михайловича Пожарского.
И встал народ с Кузьмой да с князем Дмитрием — "году не прошло, как от поляков, от Литвы и от русских воров" земля Русская была очищена, спасена вера православная и самобытность своя. За спасение свое государство заплатило Козьме Минину думским дворянством, а князю Дмитрию — думским чином.
В 1613 году на царство был избран Михаил Федорович Романов. Они стали служить новому царю, но на этом поприще особой славы не искали и вскоре сделались незаметными в длинном списке служилых людей московских.
Русь постепенно успокаивалась, однако во многих городах долго еще были видны следы страшного опустошения, долго люди русские с ужасом вспоминали о смуте. Суздаль оправлялся медленно, так как к прежним бедам прибавились еще набег крымских татар, грандиозный пожар 1644 года и страшная моровая язва, унесшая жизни более тысячи человек.