Под сводами этого древнего храма нашли вечное упокоение десятки выдающихся лиц, и первым здесь был погребен суздальский епископ Феодор, поставленный самим равноапостольным князем Владимиром. Об этом гласит настенная надпись, сделанная у мощей святителя Феодора в 1635 году: "В лето 990… первый и великий князь Владимир просвети Суждальскую землю святым крещением и паству вручи епископу Феодору". Святитель был похоронен около южной стены собора, а в 1794 году его нетленные мощи были положены в раку из позолоченного серебра, которую поместили по левую сторону от иконостаса.
После епископа Феодора многие пастыри нашли вечный покой в некрополе Богородице-Рождественского собора, и среди них — святитель Иоанн. В "Житии" его сказано, что соборные священнослужители сначала враждебно относились к нему за то, что он нередко наказывал их за предосудительное поведение. И уговорили они перводиакона Елевферия, чтобы тот повсюду разгласил, будто архиерей ведет не сообразную с его саном жизнь. Елевферий согласился, и вскоре по городу разнеслась худая молва.
Суздальские горожане недолго медлили, пришли к архиепископу и с бесчестьем и поруганием стали гнать его из города. Святитель, молча снося все оскорбления, вышел из города, преследуемый священнослужителями и суздальцами. Остановился он на ровном и открытом месте, преклонил колени и, воздев руки к небу, воскликнул: "Господи Боже мой! Я сделался позор миру, ангелам и человекам. Но Ты знаешь мою невинность. Прости им, Господи, и не постави сего в грех".
Едва святитель Иоанн окончил молитву, как в ту же минуту свершился суд Божий над его хулителями, которые тут же ослепли. Увидев это чудо, горожане пали на землю и со слезами просили у святителя прощения и благословения. И преподобный Иоанн всех их простил и благословил, а потом помолился за врагов своих, и Господь по его молитве простил их. Все они тотчас прозрели и дали обет исправить жизнь свою[50].
В XVI веке раку преподобного украшал шитый покров — вклад инокини Евпраксии (Евдокии Старинкой). Помимо вкладной надписи на покрове был вышит тропарь, в котором святитель Иоанн прославляется как чудотворец[51].
У левой стороны западного столпа погребен ученый грек Арсений, бывший архиепископом фессалийского города Элассона. В 1587 году Константинопольский патриарх Иеремия отправил его во Львов, где он два года был преподавателем в новом училище Львовского братства. Потом святитель Арсений сопровождал патриарха Иеремию в Москву для установления на Руси патриаршества и, но некоторым сведениям, с тех пор и остался в российской столице. Высокообразованный и прямолинейный по характеру, он заставил первого самозванца повиниться и на исповеди открыться ему во всем.
В 1612 году святитель Арсений находился в Кремле, занятом поляками. Когда русское воинство по призыву Козьмы Минина и князя Д.М. Пожарского двинулось освобождать Отечество, русских военачальников положено было наставить на ратное дело, сперва помолясь Богу и призвав на помощь Пресвятую Богородицу. Всему воинству русскому был назначен трехдневный пост. И в это время, когда вне Москвы все молились и постились от чистого сердца и с сокрушенным духом, в самой столице святитель Арсений сподобился чудного явления преподобного Сергия Радонежского.
Святитель был очень болен, и когда он уже совсем обессилел от болезни и голода, среди полночной тишины келья его вдруг озарилась необыкновенным светом, и он увидел перед собой молитвенника всей Русской земли. "Арсений! — воззвал к нему преподобный Сергий. — Господь услышал молитву рабов Своих, и молитвы ради Пренепорочной Матери Своей, Пресвятой Владычицы нашей и Приснодевы Марии, и великих чудотворцев Петра, Алексия и Ионы, с ними же и азъ ходатай быхъ. Заутра град сей предает Господь Бог в руце православных христиан, и врагов ваших низложит". И как бы в подтверждение этого пророчества больной вдруг почувствовал, что к нему возвращаются силы и здоровье. Радостная весть об этом дивном явлении, переходя от одного человека к другому, вскоре перенеслась и за городские стены, воспламенив воинство православное необыкновенным мужеством.
Когда Москва была освобождена от иноземных захватчиков, воины и народ вошли в освобожденную столицу, а навстречу им в сопровождении духовенства вышел святитель Арсений, неся в руках Владимирскую икону Божией Матери. При виде сего чудотворного образа все пали наземь и, проливая благодарные слезы, стали усердно молиться Пресвятой Богородице за помощь в освобождении Отечества. В 1613 году святитель Арсений был поставлен на Суздальскую епархию, которой он правил двенадцать лет.
Через 43 года суздальский архиепископ Стефан сообщал патриарху Иоасафу, что "был на гробу его (святителя Арсения. — НИ.) кирпичный свод, и тот свод и персть осыпались, и люди гроб его видят, и подле той гробницы, не починяя, стоять нельзя". Мощи святителя Арсения, обретенные нетленными, положили в новый гроб и погребли на прежнем месте.
У западной стены левого придела находится могила архиепископа Софрония, который поступил на Суздальскую епархию в 1654 году. В том же году, находясь в Москве, он умер от моровой язвы, которая свирепствовала тогда по всей России. Через 60 лет мощи его при суздальском епископе Игнатии были вынуты из земли и переложены в новый гроб, причем не только тело святителя, но и ризы, в которых он был положен, оказались нетленными.
В северо-западном углу собора находится гробница святого угодника Божия митрополита Илариона, о котором говорилось выше. За три года до смерти он ослеп, и в житии его сказано, что ослеп он от слез, часто изливавшихся чувствительным сердцем его, а также от усердного чтения священных книг.
В это время (даже еще раньше) под начало его прислали за какую-то вину Тамбовского епископа Леонтия. Жил тот в Спасо-Евфимиевом монастыре вместе с братией, но служение архиерейское у него было отнято. Митрополит Иларион исходатайствовал ему разрешение служить в Двунадесятые праздники в епископской одежде. Но Леонтий решил воспользоваться слепотой святого митрополита и подсунуть ему заранее заготовленную бумагу, чтобы тот отказался от управления епархией. Когда митрополит отказался подписать бумагу, Леонтий стал грозить, что откроет на него "слово и дело государево".
Митрополит Иларион обо всем сообщил царю, и по приказанию государя был созван собор, на заседания которого в Москву вызвали и епископа Леонтия. Тот подал список различных обвинений против митрополита Илариона и особенно упирал на тот, что по слепоте своей святитель не может быть митрополитом, так как полагает недостойных в священники и диаконы и т. д. Но все эти обвинения собор признал клеветническими, вызванными желанием собственного властительства. И государь сначала повелел сослать Леонтия в дальние пределы, а потом передумал и приказал оставить его в Спасо-Евфимиевой обители под строгим наблюдением. А митрополит Иларион до самой кончины своей пребывая на митрополичьей кафедре. 14 декабря 1707 года он мирно скончался от старости. Над ракой блаженного Илариона поставлено превосходно написанное изображение его в полный рост — в том самом саккосе, который был пожалован ему царем Федором Алексеевичем.
Доныне многие притекают к гробу митрополита Илариона и служат панихиды, ожидая его богоугодных молитв и помощи в тяжких недугах и горестях житейских. Особенно беременные женщины прибегают к нему с молитвой о счастливом разрешении от бремени.
В Богородице-Рождественском соборе погребены многие лица из древних родов князей суздальских — Ногтевых (в том числе отец царя Василия), Горбатовых, Кисловых, Вельских и Скопиных.
Долгое время в соборе сохранялась одна древняя могила, которая впоследствии, к сожалению, была забыта из-за множества перестроек, да и надгробный камень ее уничтожили. А покоился в ней терпеливый страдалец, благоверный князь Святослав Юрьевич, скончавшийся в январе 1174 года. В летописи о нем сказано так: "Избранник Божий бе; от рождества и до совершения мужества бысть ему болезнь зла… кто бо болезнью постражет, якоже книги глаголют, тело его мучится, а душа его спасается. Такоже и той, воистину святой Святослав, Божий угодник, избранный во всех князех; не да ему Бог княжити на земли, но да ему царство небесное".