В результате долгой, изнурительной и кровопролитной гражданской войны, прусское государство Тевтонского ордена было разделено, его западная часть с Мариенбургом попала под власть Польши, верховный магистр перебрался в Кенигсберг. А затем произошла упоминавшаяся выше секуляризации прусских владений ордена последним Верховным магистром Альбрехтом Гогенцоллерном в 1525 году. После секуляризации и уклонения бывшего Гохмейстера Альбрехта Бранденбургского в лютеранскую ересь пост руководителя Ордена Пресвятой Девы Марии оказался вакантным. Руководство взял на себя «дейчмейстер» («магистр Германии») Вальтер фон Кронберг. Он перенес резиденцию ордена в Мергентхайм и принял титул «Администратора (исполняющего обязанности) должности Верховного магистра в Пруссии и Магистра в германских и романских землях», а позднее - титул «Гох- унд Дейчмейстер» (Верховный и Германский магистр).
XVI век принес Ордену Пресвятой Девы Марии новые ощутимые потери. Кроме утраты орденских земель в Пруссии «тевтонам» пришлось уйти и из многих других провинций. В Богемии (Чехии) владения ордена были по большей части опустошены еще в ходе гуситских войн XV века и большинство членов ордена перебито. Орденские владения в Греции были завоеваны турками. В результате Тевтонский орден смог сохранить только свои владения на территории «Священной Римской Империи германской нации». В эпоху Реформации многие орденские владения попали под власть князей-протестантов. Некоторые рыцарей и даже магистров Ордена Пресвятой Девы Марии приняли новую веру, вскоре появилось уже немало членов ордена лютеранского и даже кальвинистского вероисповедания. Принцип Аугсбургского вероисповедания «Чья власть, того и вера» не пощадил и Тевтонский орден. Однако вследствие сохранившегося высокого авторитета ордена многие переменившие веру рыцари и священники пожелали остаться членами ордена и в этом плане не рассматривали свою новую веру как препятствие. Сложилась уникальная в своей парадоксальности ситуация, когда под руководством католического Верховного и Германского магистра продолжали нести служение «братья-рыцари» и «братья-священники» трех различных вероисповеданий (римско-католического, евангельски-лютеранского и кальвинистско-реформатского), одни из которых хранили, а другие, напротив, нарушали обет целомудрия, то есть безбрачия (сходные процессы происходили, кстати, и в среде рыцарей другого - иоаннитского - ордена на территории Священной Римской империи»). В германских землях Саксонии, Тюрингии и Гессене члены Тевтонского ордена поголовно перешли в лютеранство, и тем не менее некоторые тамошние комтурии по-прежнему возглавлялись комтурами-католиками, по-прежнему назначавшимися Верховным магистром. Эта фаза в истории Тевтонского ордена известна как эпоха «троеверия» или «триконфессионализма».