Развитие Бранденбургского бальяжа Великого Приорства Германского еще в XIV в. пошло своим путем, отличным от пути развития всего Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В конце концов, Великое Приорство Германское, составной частью которого первоначально являлся Бранденбургский бальяж, было вынуждено предоставить этому бальяжу по Геймбахскому договору 1382 г. особый автономный статус, фактически предоставив этой ветви Ордена почти что полную самостоятельность. Автономный статус Бранденбургского бальяжа включал в себя право самостоятельного избрания его главы, именовавшегося "герренмейстером" (Herrenmeister), чье избрание затем должно было подтверждаться Великим Приором Германским. Самостоятельное развитие Бранденбургского бальяжа получило в XVI в. дополнительный стимул вследствие отпадения входивших в бальяж членов Ордена от католицизма и их перехода в протестантскую (преимущественно лютеранскую) веру. Тем не менее, Великое Приорство Германское и ведомство Великого Магистра католического Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, подчиненного в духовном отношении римскому папе, продолжали рассматривать Бранденбургскаий бальяж - несмотря на поголовное впадение его членов в протестантскую ересь! - вплоть до его упразднения прусским королем в 1811 г., в качестве «некатолической ветви» Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. По меньшей мере странно, что они не проявили такой же братской любви и терпимости к своим православным собратьям из двух Российских Великих Приорств времен 72-го Великого Магистра Ордена Императора Павла I, которым они до сих пор, с достойным поистине лучшего применения упорством, отказывают в законном признании!
Орденская геральдика иоаннитов на территории Бранденбургского бальяжа также отличалась от общеорденской геральдики целым рядом особенностей. Гербы рыцарей бальяжа значительно отличались от гербов католических рыцарей Ордена. Самое главное отличие заключалось в том, что бранденбургские иоанниты вместо червленого орденского щита стали пользоваться черным. Древнейшее изображение черного иоаннитского щита с белым мальтийским крестом, датируемое 1467 г., сохранилось на витраже окна иоаннитского храма в комменде (командорстве) Вербен. Вероятно, использование черного цвета в гербе связано с цветом черного орденского плаща, который члены Ордена с XIII в. носили в мирное время. Что касается формы креста, то бранденбургские иоанниты с начала XV в. использовали преимущественно восьмиконечный мальтийский крест, вытеснивший у них в течение XVI в. из употребления все другие формы орденского креста.
Что касается бранденбургских «герренмейстеров», то они, вслед за Великим Магистром всего Ордена Святого Иоанна Иерусалимского и за Великим Приором Германским, стали пользоваться четырехчастными, с орденским гербом в I и III частях, щитами. Первым «герренмейстером», скреплявшим (начиная с 1517 г.) свои грамоты печатью с подобным гербом, был фра Георг фон Шлабрендорф (1491-1527 гг.). Его преемники также пользовались четырехчастными гербами, под которые они, подобно командорам католического Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, подкладывали восьмиконечные мальтийские кресты. Со временем у рыцарей Бранденбуржского бальяжа вошло в обычай украшать свои фамильные гербы орденским гербовым щитом с серебряным мальтийским крестом в черном поле. Как правило, последний помещался на фамильном гербе рыцаря в качестве сердцевого щитка, но иногда и в оконечности фамильного гербового щита (как, например, на гербе бранденбургского иоаннита Генриха Леопольда графа Рейхенбахского).
Начиная с XVIII в. у бранденбургских иоаннитов вошло в моду увеличивать изображение мальтийского креста и украшать его одноглавыми бранденбургскими орлами между лучами креста. Начиная с 1745 г. красных одноглавых бранденбургских орлов между лучами их крестов стали заменять черными коронованными одноглавыми прусскими орлами, а сам крест – нередко увенчивать прусской королевской короной.